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- PDB-5cth: The 3.7 A resolution structure of a eukaryotic SWEET transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cth
タイトルThe 3.7 A resolution structure of a eukaryotic SWEET transporter
要素Bidirectional sugar transporter SWEET2b
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transport / membrane
機能・相同性: / SWEET sugar transporter / Sugar efflux transporter for intercellular exchange / sugar transmembrane transporter activity / carbohydrate transport / identical protein binding / plasma membrane / Bidirectional sugar transporter SWEET2b
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Feng, L. / Tao, Y. / Perry, K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Alfred P. Sloan Foundation 米国
Harold and Leila Y. Mathers Charitable Foundation 米国
Stanford University 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of a eukaryotic SWEET transporter in a homotrimeric complex.
著者: Tao, Y. / Cheung, L.S. / Li, S. / Eom, J.S. / Chen, L.Q. / Xu, Y. / Perry, K. / Frommer, W.B. / Feng, L.
履歴
登録2015年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bidirectional sugar transporter SWEET2b
B: Bidirectional sugar transporter SWEET2b
C: Bidirectional sugar transporter SWEET2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,98210
ポリマ－74,4883
非ポリマー2,4947
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.980, 95.490, 150.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Trimer by crosslinking studies

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要素

#1: タンパク質 Bidirectional sugar transporter SWEET2b / OsSWEET2b


分子量: 24829.447 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP Residues 1-215 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: SWEET2B, Os01g0700100, LOC_Os01g50460, OsJ_03146, P0047E11.3, P0454A11.22
発現宿主: Komagataella pastoris CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: Q5N8J1
#2: 化合物
ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 27% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.66→50 Å / Num. obs: 14367 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3.66→3.72 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.69→29.553 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3073 1331 10.05 %Random selection
Rwork0.2563 ---
obs0.2615 13250 91.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.69→29.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 153 0 5013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2366934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1771752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.69-3.82140.3716500.315522X-RAY DIFFRACTION40
3.8214-3.9740.41161420.36581213X-RAY DIFFRACTION95
3.974-4.15440.29961320.23261291X-RAY DIFFRACTION100
4.1544-4.37280.28021490.22591274X-RAY DIFFRACTION100
4.3728-4.64580.26491490.20471262X-RAY DIFFRACTION100
4.6458-5.00290.25041370.20121324X-RAY DIFFRACTION100
5.0029-5.50350.29941490.22651273X-RAY DIFFRACTION100
5.5035-6.29310.35181420.26651310X-RAY DIFFRACTION100
6.2931-7.90350.29931520.26621303X-RAY DIFFRACTION99
7.9035-29.55390.32711290.29661147X-RAY DIFFRACTION82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7699-0.40792.05695.8969-1.22595.0753-0.0824-1.8997-0.55983.26340.03610.5877-0.0025-0.1940.04691.9743-0.03850.32981.69830.14540.86650.524-4.540769.8708
26.2013-1.3461-0.55144.77990.26574.82640.1110.526-0.5879-1.5072-0.25861.15960.25-0.2810.11840.96650.101-0.21080.57480.01790.8011-5.7382-3.171437.9917
33.7574-1.0309-0.48154.70042.02936.18960.022-0.7597-0.0580.31570.3828-2.66670.25651.3666-0.42280.7279-0.0576-0.03641.13080.08661.643325.2265-3.619948.5039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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