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- PDB-5css: Crystal structure of triosephosphate isomerase from Thermoplasma ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5css
タイトルCrystal structure of triosephosphate isomerase from Thermoplasma acidophilum with glycerol 3-phosphate
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Triosephosphate isomerase / Thermoplasma acidophilum / TIM / TPI / Glycerol 3-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, archaeal / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Park, S.H. / Kim, H.S. / Song, M.K. / Kim, K.R. / Park, J.S. / Han, B.W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structure and Stability of the Dimeric Triosephosphate Isomerase from the Thermophilic Archaeon Thermoplasma acidophilum.
著者: Park, S.H. / Kim, H.S. / Park, M.S. / Moon, S. / Song, M.K. / Park, H.S. / Hahn, H. / Kim, S.J. / Bae, E. / Kim, H.J. / Han, B.W.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,61412
ポリマ－100,7834
非ポリマー8308
水7,224401
1
A: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8076
ポリマ－50,3922
非ポリマー4154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
2
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8076
ポリマ－50,3922
非ポリマー4154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.633, 84.079, 143.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 214 / Label seq-ID: 3 - 216

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase


分子量: 25195.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (strain ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165) (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: tpiA, Ta0313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HLB6, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.6 M sodium chloride, 9% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 47245 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 20.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CSR

5csr


解像度: 2.17→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.058 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 2391 5.1 %RANDOM
Rwork0.18308 ---
obs0.18516 44788 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.162 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20 Å2-0 Å2
2--0.78 Å2-0 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6640 0 44 401 7085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0196797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.026604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.9869174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.425315252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6385852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33523.803284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.843151208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5411544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8493.0913420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8483.093419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.244.624268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.244.6214269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1523.6333377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1523.6333377
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5485.2084907
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.56425.3477793
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.56425.2427673
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A133180.07
12B133180.07
21A130700.09
22C130700.09
31A131280.08
32D131280.08
41B130990.08
42C130990.08
51B131700.08
52D131700.08
61C131990.07
62D131990.07
LS精密化 シェル解像度: 2.169→2.225 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 191 -
Rwork0.253 3118 -
obs--96.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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