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- PDB-5crl: Crystal Structure of the Transcription Activator Tn501 MerR in Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5crl
タイトルCrystal Structure of the Transcription Activator Tn501 MerR in Complex with Mercury (II)
要素Mercuric resistance operon regulatory protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / transcription activator / MerR / mercury / P. aeruginosa Tn501
機能・相同性
機能・相同性情報


mercury ion binding / response to mercury ion / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Hg(II)-responsive transcriptional regulator / Transcription regulator MerR, DNA binding / MerR, DNA binding / MerR family regulatory protein / MerR-type HTH domain signature. / : / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mercuric resistance operon regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, D. / Gan, J.H. / Chen, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of the Hg(II)-Regulatory Protein Tn501 MerR from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Wang, D. / Huang, S. / Liu, P. / Liu, X. / He, Y. / Chen, W. / Hu, Q. / Wei, T. / Gan, J. / Ma, J. / Chen, H.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22023年4月12日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mercuric resistance operon regulatory protein
B: Mercuric resistance operon regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2854
ポリマ－29,8842
非ポリマー4012
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.011, 75.011, 97.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 7 - 133 / Label seq-ID: 7 - 133

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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要素

#1: タンパク質 Mercuric resistance operon regulatory protein


分子量: 14942.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: merR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P0A183
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M KCl, 0.01M MgCl2, 0.1M Tris (pH 8.5), 30% PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 7897 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 33.979 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.688 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26629 366 4.6 %RANDOM
Rwork0.22991 ---
obs0.2316 7531 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 93.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.12 Å2-1.12 Å20 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3---3.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 2 1 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0331.9792445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8813.0034196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7655228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10822.61984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.86315345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.571522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6152 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 32 -
Rwork0.315 519 -
obs--93.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83540.6695-0.17781.1817-1.40983.7704-0.2397-0.0695-0.07570.05910.1576-0.0369-0.4003-0.0070.08220.5073-0.0202-0.11540.3761-0.04060.27760.041322.4484-17.097
21.42321.79350.20362.91570.82050.83760.0420.0130.17120.3255-0.03680.3292-0.0332-0.204-0.00520.38350.10160.07120.4608-0.07220.3022-11.89624.43720.2144
34.225-0.0125-2.32263.08050.60561.4075-0.07670.01920.03590.2218-0.06240.50450.1218-0.01020.13910.2286-0.00210.08340.6841-0.22750.3414-37.812-4.2625-4.1596
40.45790.46490.04770.54020.06410.5527-0.00210.1071-0.06880.1001-0.0232-0.0459-0.0491-0.14640.02530.37320.03560.02190.52-0.06620.2718-9.83330.5095-4.3231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2A64 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3B7 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4B64 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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