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- PDB-5cr7: Human cytosolic 5'-nucleotidase II in complex with N-(9H-Purin-6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cr7
タイトルHuman cytosolic 5'-nucleotidase II in complex with N-(9H-Purin-6-yl)-3-(3-pyrrol-1-ylphenyl)benzamide
要素Cytosolic purine 5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : ...nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / adenosine metabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / IMP metabolic process / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / allantoin metabolic process / Purine catabolism / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IG, 5'-nucleotidase / Purine 5'-nucleotidase / 5' nucleotidase family / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5WO / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Cytosolic purine 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Aghajari, N. / Preeti, P.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Identification of Noncompetitive Inhibitors of Cytosolic 5'-Nucleotidase II Using a Fragment-Based Approach.
著者: Marton, Z. / Guillon, R. / Krimm, I. / Rahimova, R. / Egron, D. / Jordheim, L.P. / Aghajari, N. / Dumontet, C. / Perigaud, C. / Lionne, C. / Peyrottes, S. / Chaloin, L.
#1: ジャーナル: Biochem. Pharmacol. / 年: 2013
タイトル: Identification and characterization of inhibitors of cytoplasmic 5'-nucleotidase cN-II issued from virtual screening.
著者: Jordheim, L.P. / Marton, Z. / Rhimi, M. / Cros-Perrial, E. / Lionne, C. / Peyrottes, S. / Dumontet, C. / Aghajari, N. / Chaloin, L.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,80332
ポリマ－127,9152
非ポリマー2,88830
水3,567198
1
A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,60664
ポリマ－255,8314
非ポリマー5,77560
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area29930 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area74980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.650, 123.880, 90.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytosolic purine 5'-nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase II


分子量: 63957.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / プラスミド: P28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 6種, 228分子

#2: 化合物 ChemComp-5WO / ~{N}-(7~{H}-purin-6-yl)-3-(3-pyrrol-1-ylphenyl)benzamide


分子量: 380.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H16N6O
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium acetate, Bis-Tris, 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50.9 Å / Num. obs: 31229 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 7.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J2C

2j2c


解像度: 2.9→45.372 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2651 1808 4.99 %0.05
Rwork0.22 ---
obs0.2223 36201 98.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7420 0 172 198 7790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34410559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4172853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7601-2.83470.37211390.29212639X-RAY DIFFRACTION98
2.8347-2.91810.33311400.28132653X-RAY DIFFRACTION99
2.9181-3.01220.30751410.25582683X-RAY DIFFRACTION99
3.0122-3.11990.33421380.25782626X-RAY DIFFRACTION99
3.1199-3.24480.30291410.2392668X-RAY DIFFRACTION99
3.2448-3.39240.29721390.22962658X-RAY DIFFRACTION99
3.3924-3.57120.23321390.21142641X-RAY DIFFRACTION98
3.5712-3.79480.23981390.19792645X-RAY DIFFRACTION98
3.7948-4.08760.2271380.19392625X-RAY DIFFRACTION98
4.0876-4.49870.2351390.17822654X-RAY DIFFRACTION98
4.4987-5.14880.21891390.18372632X-RAY DIFFRACTION98
5.1488-6.4840.26021380.23372630X-RAY DIFFRACTION97
6.484-45.37770.25811380.2282639X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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