[日本語] English
万見
- PDB-5cqf: Crystal structure of L-lysine 6-monooxygenase from Pseudomonas sy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cqf
タイトルCrystal structure of L-lysine 6-monooxygenase from Pseudomonas syringae
要素L-lysine 6-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / natural product synthesis / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta / IODIDE ION / L-lysine 6-monooxygenase, putative
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Weerth, R.S. / Cao, H. / Yennamalli, R. / Phillips Jr., G.N. / Thomas, M.G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM098248 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of L-lysine 6-monooxygenase from Pseudomonas syringae
著者: Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Weerth, R.S. / Cao, H. / Yennamalli, R. / Phillips Jr., G.N. / Thomas, M.G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / ...著者: Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Weerth, R.S. / Cao, H. / Yennamalli, R. / Phillips Jr., G.N. / Thomas, M.G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-lysine 6-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,81112
ポリマ－49,4151
非ポリマー1,39611
水1,47782
1
A: L-lysine 6-monooxygenase
ヘテロ分子

A: L-lysine 6-monooxygenase
ヘテロ分子

A: L-lysine 6-monooxygenase
ヘテロ分子

A: L-lysine 6-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,24348
ポリマ－197,6594
非ポリマー5,58444
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area20020 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area65500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.218, 85.495, 139.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

IOD

21A-509-

IOD

-
要素

#1: タンパク質 L-lysine 6-monooxygenase


分子量: 49414.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (strain DC3000) (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO_2961 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: Q881D3
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NaI, 20% PEG3350, 75 uM FAD, cryo 15% glycrol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→30 Å / Num. obs: 21336 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 23.65
反射 シェル解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.977 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 13.095 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23263 1095 5.1 %RANDOM
Rwork0.18394 ---
obs0.18634 20169 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.28→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3302 0 11 82 3395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193383
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.9484597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76437239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5695418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.14422.262168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.58115520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5651538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2683.4781675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2633.4761674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6625.2092092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6625.2122093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.583.8011707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5813.7961705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2455.5822505
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.20327.5263772
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.20627.4983763
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 76 -
Rwork0.272 1425 -
obs--97.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13290.37240.16462.45850.73380.9861-0.0485-0.07890.1107-0.55660.05380.361-0.0597-0.1026-0.00540.2809-0.0685-0.13880.128-0.01040.182225.470829.72140.7619
22.81230.50130.28480.8774-0.10080.7554-0.12090.17490.0407-0.0553-0.00840.16190.167-0.0360.12930.0651-0.05210.0030.17-0.0040.225214.801223.130767.5961
30.8786-0.8618-0.10041.1067-0.21670.84170.0111-0.0823-0.0124-0.09230.0858-0.09650.095-0.1659-0.09690.208-0.0269-0.01330.15860.04290.177240.514715.637957.0321
40.7436-0.8817-2.2742.10652.37567.0753-0.1062-0.0731-0.0680.0444-0.0480.36020.3060.29770.15420.1213-0.03550.00170.19460.01420.173726.99931.853573.3797
52.98460.09370.71983.0217-1.31840.77540.1257-0.06-0.10840.3177-0.03110.251-0.0990.0051-0.09460.1026-0.03790.06830.13350.00650.230615.966615.675376.262
61.54331.04820.23471.2567-0.36220.5724-0.0828-0.1470.0599-0.342-0.0264-0.05130.1794-0.05280.10930.4275-0.0521-0.03970.0435-0.03130.084531.493814.09942.0468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2A166 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3A241 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4A277 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5A302 - 349
6X-RAY DIFFRACTION6A350 - 428

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る