PDB-5cqc: Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cqc

タイトル

Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ

要素

putative RavZ protein

キーワード

HYDROLASE / Ulp-family cysteine protease / autophagy inhibitor / PI3P binding domain / legionella pneumophila effector protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host intracellular membrane-bounded organelle / protein delipidation / symbiont-mediated suppression of host autophagy / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cysteine-type peptidase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.985 Å

データ登録者

Horenkamp, F.A. / Reinisch, K.M.

引用

ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2015
タイトル: The Legionella Anti-autophagy Effector RavZ Targets the Autophagosome via PI3P- and Curvature-Sensing Motifs.
著者: Horenkamp, F.A. / Kauffman, K.J. / Kohler, L.J. / Sherwood, R.K. / Krueger, K.P. / Shteyn, V. / Roy, C.R. / Melia, T.J. / Reinisch, K.M.

履歴

登録	2015年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cqc.cif.gz	151.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cqc.ent.gz	119 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/5cqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/5cqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3a3j-d 7jn2-d 3mj5-1 7jiv-d 2i36-1 7kol-d 6xg3-d 7d7l-1 5xw7-3 5z5o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative RavZ protein

ヘテロ分子

47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	221.778, 221.778, 72.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	putative RavZ protein 分子量: 47118.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: lpg1683 / プラスミド: pGex6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5ZUV9
#2: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.01 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.2 M BaCl2, 0.1 M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月9日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.98→110 Å / Num. all: 18551 / Num. obs: 18194 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.98→3.14 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.985→68.942 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2504	1818	10 %	random selection
R_work	0.2143	-	-	-
obs	0.218	18179	97.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.985→68.942 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2606	0	1	1	2608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.329	3609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.432	903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	428
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9849-3.0656	0.4484	108	0.3916	966	X-RAY DIFFRACTION	77
3.0656-3.1558	0.4266	139	0.3682	1249	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1558-3.2577	0.3857	139	0.309	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2577-3.3741	0.3142	142	0.2641	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3741-3.5092	0.3075	140	0.2878	1259	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5092-3.6689	0.3024	142	0.2164	1290	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6689-3.8623	0.2469	140	0.2198	1255	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8623-4.1042	0.2904	144	0.2042	1291	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1042-4.4211	0.2931	140	0.1892	1272	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4211-4.8659	0.1864	145	0.1703	1299	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8659-5.5697	0.1985	144	0.1868	1291	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5697-7.0162	0.2539	144	0.2449	1303	X-RAY DIFFRACTION	99
7.0162-68.9606	0.2267	151	0.2015	1355	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1532	0.3505	0.4688	4.644	2.8961	8.1669	-0.2944	0.0486	0.3533	-0.3192	0.0667	-0.0586	-0.5721	-0.1821	0.286	0.6985	-0.0739	-0.016	0.448	0.0834	0.6864	277.717	187.2208	3.1378
2	2.521	-3.5722	-0.9987	7.4004	-1.6236	4.8628	0.0018	0.4952	0.9204	-0.3643	-0.0905	-0.8412	-0.5009	0.7819	0.0946	0.9138	-0.1783	0.0335	0.762	0.067	0.8192	288.9077	180.9791	-6.3251
3	1.155	0.2186	-0.1395	1.8226	2.1508	5.5478	0.0697	-0.1239	0.719	-0.128	-0.0256	0.113	-1.7614	0.2896	-0.1124	1.512	-0.1154	-0.0563	0.5664	-0.0836	1.2897	279.7884	203.568	22.7047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 167 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 168 through 256 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 257 through 429 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)