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- PDB-5cqb: Crystal structure of E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cqb
タイトルCrystal structure of E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase
要素Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
キーワードTRANSFERASE / cell wall / wall teichoic acid / antibacterial
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding ...Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Conrady, D.G. / Strynadka, N.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Antagonism screen for inhibitors of bacterial cell wall biogenesis uncovers an inhibitor of undecaprenyl diphosphate synthase.
著者: Farha, M.A. / Czarny, T.L. / Myers, C.L. / Worrall, L.J. / French, S. / Conrady, D.G. / Wang, Y. / Oldfield, E. / Strynadka, N.C. / Brown, E.D.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
B: Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8503
ポリマ－56,7002
非ポリマー1501
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.981, 68.229, 111.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific) / Ditrans / polycis-undecaprenylcistransferase / Undecaprenyl diphosphate synthase / UDS / ...Ditrans / polycis-undecaprenylcistransferase / Undecaprenyl diphosphate synthase / UDS / Undecaprenyl pyrophosphate synthase / UPP synthase


分子量: 28349.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ispU, rth, uppS, yaeS, b0174, JW0169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P60472, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M ADA 6.5, 12 % w/v PEG 4K, 20 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.28 Å / Num. obs: 25073 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 32.75 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 134678
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.2-2.275.41.1421.81149421360.5840.527100
9.07-46.284.40.02453.218284190.9990.01398.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→46.279 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 1218 4.87 %
Rwork0.1917 23799 -
obs0.1943 25017 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.76 Å2 / Biso mean: 40.73 Å2 / Biso min: 15.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3295 0 10 74 3379
Biso mean--58.34 37.55 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0314563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1611226
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.28810.32311420.256125852727
2.2881-2.39220.27691350.239925882723
2.3922-2.51830.27291330.221926342767
2.5183-2.67610.27221200.214326132733
2.6761-2.88270.23251150.206226312746
2.8827-3.17270.3431110.208226602771
3.1727-3.63170.23931220.178626582780
3.6317-4.57490.21661630.158926652828
4.5749-46.28870.21621770.180627652942
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3628-0.1845-0.55350.1409-0.21450.4423-0.04810.2058-0.07930.0762-0.09830.02210.1293-0.054-0.00030.2869-0.0002-0.04520.2495-0.00490.241359.863266.0558107.6144
20.24970.17510.25240.3779-0.12520.38150.0904-0.16570.14020.0719-0.2040.29720.1742-0.6208-0.00080.2899-0.04830.0070.4074-0.0310.370147.199862.313116.4337
30.6860.02850.22251.0312-0.0710.76470.0316-0.0631-0.0746-0.0064-0.07310.11570.183-0.049900.2305-0.02740.01870.21930.00470.264461.257264.6804125.8751
40.35770.0314-0.01450.39730.29510.82060.0068-0.1151-0.0857-0.1690.10260.0105-0.08490.218-0.00010.1889-0.00120.02050.2476-0.00310.232786.415673.7095132.5228
50.1004-0.04190.02470.0217-0.00960.028-0.2432-0.2364-0.2756-0.37960.0137-0.54410.56510.9527-0.00880.45120.17320.03760.536-0.05390.463987.954678.156146.7335
60.69120.43930.80361.59770.54680.60910.0886-0.10470.07220.1161-0.10260.0619-0.028-0.0468-0.00140.2001-0.01590.03510.2024-0.02190.184571.895275.6153137.6673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 60 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 146 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 147 through 239 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 16 through 87 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 88 through 102 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 103 through 238 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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