PDB-5cpb: The effect of isoleucine to alanine mutation on InhA enzyme cryst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cpb

タイトル

The effect of isoleucine to alanine mutation on InhA enzyme crystallization pattern and inhibition by ligand PT70 (TCU)

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Fatty acid biosynthesis inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.997 Å

データ登録者

Li, H.-J. / Lai, C.-T. / Liu, N. / Yu, W. / Shah, S. / Bommineni, G.R. / Perrone, V. / Garcia-Diaz, M. / Tonge, P.J. / Simmerling, C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM102864	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	P41RR012408	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Rational Modulation of the Induced-Fit Conformational Change for Slow-Onset Inhibition in Mycobacterium tuberculosis InhA.
著者: Lai, C.T. / Li, H.J. / Yu, W. / Shah, S. / Bommineni, G.R. / Perrone, V. / Garcia-Diaz, M. / Tonge, P.J. / Simmerling, C.

履歴

登録	2015年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cpb.cif.gz	314.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cpb.ent.gz	255.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/5cpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/5cpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5coqC 5cp8C 5cpfC 2b37S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4uvi-d 5g0v-d 5oif-1 4oxy-d 5g0t-d 3fne-d 1dfh-1 4bqr-d 5ugs-2 5g0s-d 7k73-d 5ugs-1 3oew-1 4u0k-1 2x23-d 5g0w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

188 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.319, 100.234, 379.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 分子量: 30684.053 Da / 分子数: 6 / 変異: I215A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: inhA, BN1213_03046, BN1303_01560, ERS024750_02142, ERS024751_00017, ERS024758_00017, ERS024764_00702, ERS094182_01549, ERS124362_00658, ERS124821_01119, ERS124823_00182, ERS124824_02080, ...遺伝子: inhA, BN1213_03046, BN1303_01560, ERS024750_02142, ERS024751_00017, ERS024758_00017, ERS024764_00702, ERS094182_01549, ERS124362_00658, ERS124821_01119, ERS124823_00182, ERS124824_02080, ERS124825_02290, ERS124826_03418, ERS124827_02051, ERS124828_01823, ERS124829_02123, ERS124830_01969, ERS124831_03317, ERS124832_00615, IQ38_05315, IQ40_05150, IQ42_05170, IQ45_05150, IQ47_05130, IQ48_05150, IU13_05205, IU15_05310, IU16_05150, IU17_05135, T209_05135 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: M9TGV3, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	The authors state that ligand PT70 (TCU) was the inhibitor ligand in the crystal, but was not ...The authors state that ligand PT70 (TCU) was the inhibitor ligand in the crystal, but was not included in the model due to disorder.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Sodium malonate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.997→50 Å / Num. obs: 106047 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 24.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
CBASS		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B37

2b37

解像度: 1.997→48.734 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	5283	4.99 %
R_work	0.2	-	-
obs	0.2024	105969	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.916 Å² / k_sol: 0.365 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6013 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.4894 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.0907 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.997→48.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11644	0	264	535	12443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	16548
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.429	4571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1841
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2111

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9967-2.0194	0.3617	147	0.3085	3073	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0194-2.0431	0.3146	165	0.2671	3269	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0431-2.068	0.2928	173	0.2514	3266	X-RAY DIFFRACTION	98
2.068-2.0942	0.3108	168	0.2612	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0942-2.1218	0.3234	171	0.2484	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1218-2.1508	0.2847	163	0.2278	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1508-2.1816	0.2828	177	0.2275	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1816-2.2141	0.2962	160	0.2283	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2141-2.2487	0.292	154	0.2199	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2487-2.2856	0.2615	178	0.2155	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2856-2.325	0.2426	195	0.2014	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.325-2.3673	0.2752	177	0.2007	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3673-2.4128	0.2478	179	0.2019	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4128-2.462	0.2649	186	0.2067	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.5156	0.2835	168	0.23	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5156-2.5741	0.3096	174	0.2187	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5741-2.6385	0.2724	182	0.2118	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6385-2.7098	0.2634	179	0.2004	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7098-2.7895	0.2904	173	0.2044	3349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7895-2.8796	0.2815	186	0.2151	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8796-2.9825	0.2443	177	0.1995	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9825-3.1019	0.2867	188	0.2034	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1019-3.243	0.2483	186	0.195	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.243-3.4139	0.2594	189	0.1936	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4139-3.6278	0.2005	179	0.1839	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6278-3.9078	0.2338	170	0.1833	3383	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9078-4.3008	0.2095	191	0.1732	3370	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3008-4.9226	0.2115	165	0.1676	3346	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9226-6.2	0.2295	198	0.2017	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-48.7484	0.2008	185	0.191	3578	X-RAY DIFFRACTION	99

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