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- PDB-5cor: X-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cor
タイトルX-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3) N-TERMINAL-SWITCH POLYMER
要素C-C motif chemokine 3
キーワードCYTOKINE / CC chemokine / CCL3 / OLIGOMER / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / CCR chemokine receptor binding ...lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / CCR chemokine receptor binding / regulation of sensory perception of pain / signaling / negative regulation of bone mineralization / positive regulation of microglial cell activation / cell activation / T cell chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / response to cholesterol / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / phospholipase activator activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / negative regulation of osteoclast differentiation / exocytosis / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / host-mediated suppression of viral transcription / cytoskeleton organization / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-1 beta production / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / calcium ion transport / osteoblast differentiation / positive regulation of tumor necrosis factor production / kinase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / regulation of cell shape / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEXANE-1,6-DIOL / C-C motif chemokine 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.548 Å
データ登録者Liang, W.G. / Tang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oligomerization and glycosaminoglycan binding of CCL5 and CCL3.
著者: Liang, W.G. / Triandafillou, C.G. / Huang, T.Y. / Zulueta, M.M. / Banerjee, S. / Dinner, A.R. / Hung, S.C. / Tang, W.J.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3) N-TERMINAL-SWITCH POLYMER
著者: Liang, W.G. / Tang, W.
履歴
登録2015年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年5月4日Group: Database references
改定 1.32016年5月18日Group: Database references
改定 1.42020年1月15日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 3
B: C-C motif chemokine 3
C: C-C motif chemokine 3
D: C-C motif chemokine 3
E: C-C motif chemokine 3
F: C-C motif chemokine 3
G: C-C motif chemokine 3
H: C-C motif chemokine 3
I: C-C motif chemokine 3
J: C-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,29623
ポリマ－77,93710
非ポリマー1,35913
水2,504139
1
A: C-C motif chemokine 3
C: C-C motif chemokine 3
E: C-C motif chemokine 3
G: C-C motif chemokine 3
I: C-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,79513
ポリマ－38,9685
非ポリマー8278
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: C-C motif chemokine 3
D: C-C motif chemokine 3
F: C-C motif chemokine 3
H: C-C motif chemokine 3
J: C-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,50010
ポリマ－38,9685
非ポリマー5325
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.073, 112.592, 179.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
C-C motif chemokine 3 / G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT ...G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT 464.1 / SIS-beta / Small-inducible cytokine A3 / Tonsillar lymphocyte LD78 alpha protein


分子量: 7793.664 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL3, G0S19-1, MIP1A, SCYA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10147
#2: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.68 %
結晶化温度: 291.16 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.01 M Cobalt (II) chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.0 M 1,6-Hexanediol
PH範囲: 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.746 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.746 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.548→50 Å / Num. obs: 38583 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 0.868 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X69

2x69


解像度: 2.548→48.966 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 1891 5.29 %
Rwork0.1802 --
obs0.1823 37824 85.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.548→48.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5382 0 92 139 5613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5627546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2342041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022837
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002971
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5484-2.58480.4232630.29631162X-RAY DIFFRACTION40
2.5848-2.62340.2801760.29361351X-RAY DIFFRACTION47
2.6234-2.66440.3057890.27291545X-RAY DIFFRACTION54
2.6644-2.70810.3221940.26041666X-RAY DIFFRACTION58
2.7081-2.75480.27381010.2421826X-RAY DIFFRACTION64
2.7548-2.80490.33311120.21971982X-RAY DIFFRACTION69
2.8049-2.85880.27041230.22782111X-RAY DIFFRACTION73
2.8588-2.91710.33441240.2272210X-RAY DIFFRACTION79
2.9171-2.98060.27171500.22382506X-RAY DIFFRACTION86
2.9806-3.04990.30481470.21962628X-RAY DIFFRACTION92
3.0499-3.12620.25871590.20522855X-RAY DIFFRACTION99
3.1262-3.21070.3151630.22352859X-RAY DIFFRACTION100
3.2107-3.30510.25821590.22112892X-RAY DIFFRACTION100
3.3051-3.41180.25521590.18072892X-RAY DIFFRACTION100
3.4118-3.53370.22941600.17442876X-RAY DIFFRACTION100
3.5337-3.67510.19061580.16622817X-RAY DIFFRACTION100
3.6751-3.84230.15241640.15582892X-RAY DIFFRACTION100
3.8423-4.04480.20581570.16442879X-RAY DIFFRACTION100
4.0448-4.29810.19691610.14662854X-RAY DIFFRACTION100
4.2981-4.62970.17221550.13782882X-RAY DIFFRACTION100
4.6297-5.09520.16191630.14222881X-RAY DIFFRACTION100
5.0952-5.83140.18861540.15492865X-RAY DIFFRACTION100
5.8314-7.3430.20461580.18722891X-RAY DIFFRACTION100
7.343-48.97530.1881580.1682858X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.7045 Å / Origin y: 64.6923 Å / Origin z: 76.2111 Å
111213212223313233
T0.1894 Å20.0037 Å20.0466 Å2-0.2266 Å20.0088 Å2--0.2344 Å2
L0.1469 °2-0.0555 °20.0928 °2-0.3608 °20.0751 °2--0.3033 °2
S-0.075 Å °-0.0407 Å °-0.0324 Å °-0.0454 Å °-0.0437 Å °0.059 Å °0.1051 Å °0.0357 Å °0.12 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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