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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5com | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Uncharacterized Protein Q187F5 from Clostridium difficile 630 | ||||||
要素 | Putative conjugative transposon protein Tn1549-like, CTn5-Orf2 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / DUF1706 / DfsB / replication | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF1706 / Protein of unknown function (DUF1706) / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / D(-)-TARTARIC ACID / Putative conjugative transposon protein Tn1549-like, CTn5-Orf2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Peptoclostridium difficile 630 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, J.D. / Taylor, G. / Matthews, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016 タイトル: Structures of the DfsB Protein Family Suggest a Cationic, Helical Sibling Lethal Factor Peptide. 著者: Taylor, J.D. / Taylor, G. / Hare, S.A. / Matthews, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5com.cif.gz | 166.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5com.ent.gz | 139 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5com.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5com_validation.pdf.gz | 439.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5com_full_validation.pdf.gz | 442 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5com_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5com_validation.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5com ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5com | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22141.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile 630 (バクテリア) 遺伝子: CD630_18460 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q187F5 #2: 化合物 | ChemComp-TAR / | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate 0.1 M Tris, 0.1 M Bicine, pH 8.5, 12% ...詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate 0.1 M Tris, 0.1 M Bicine, pH 8.5, 12% PEG 550 MME, 6% PEG 20,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→61.74 Å / Num. obs: 80903 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 69.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→61.74 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→61.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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