PDB-5coh: Crystal structure of a novel disulfide oxidoreductase from Deinoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5coh

タイトル

Crystal structure of a novel disulfide oxidoreductase from Deinococcus radiodurans crystallized in presence of beta-mercaptoethanol

要素

FrnE protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Disulfide oxidoreductase / Disulfide isomerase / FrnE

機能・相同性

DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / oxidoreductase activity / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FrnE protein

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Bihani, S.C. / Panicker, L. / Kumar, V.

引用

ジャーナル: Antioxid. Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: drFrnE Represents a Hitherto Unknown Class of Eubacterial Cytoplasmic Disulfide Oxido-Reductases.
著者: Bihani, S.C. / Panicker, L. / Rajpurohit, Y.S. / Misra, H.S. / Kumar, V.

履歴

登録	2015年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5coh.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5coh.ent.gz	82.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5coh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5coh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5coh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cnwSC 5co3C 5e59C 5cp1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cnw-d 5e59-d 5xwh-d 7c82-d 7c2a-d 3ghp-1 5co3-d 4dzo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FrnE protein

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.856, 62.350, 86.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-506- HOH

#1: タンパク質	FrnE protein 分子量: 28493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RWK7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 8000, Glycerol, Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 1.54056 Å
検出器	タイプ: OXFORD TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→15.77 Å / Num. obs: 24630 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1682)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
CrysalisPro		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
CrysalisPro		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CNW

5cnw

解像度: 1.801→14.97 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	1255	5.11 %
R_work	0.1741	23299	-
obs	0.1763	24554	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.1 Å² / B_iso mean: 27.9995 Å² / B_iso min: 9.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→14.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1771	0	0	228	1999
B_iso mean	-	-	-	35.3	-
残基数	-	-	-	-	231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.877	2456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	329
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.828	657

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.801-1.873	0.3367	147	0.2705	2529	2676	99
1.873-1.9581	0.2605	134	0.238	2511	2645	99
1.9581-2.0611	0.2664	156	0.2141	2534	2690	100
2.0611-2.1898	0.2566	143	0.1883	2553	2696	100
2.1898-2.3583	0.2403	148	0.1817	2556	2704	100
2.3583-2.5945	0.2527	132	0.1861	2599	2731	100
2.5945-2.9674	0.2358	134	0.1722	2599	2733	100
2.9674-3.729	0.1963	131	0.1583	2649	2780	100
3.729-14.9705	0.1578	130	0.146	2769	2899	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3455	0.9077	-1.4449	0.7599	-0.1661	1.4113	-0.0405	-0.2652	-0.4087	0.1568	-0.0362	0.1438	0.1812	0.0657	0.1643	0.2462	0.0054	0.0739	0.1458	0.0881	0.2785	1.5805	74.5791	107.6373
2	1.4742	0.1163	-0.5494	0.359	0.1845	0.3879	-0.0397	-0.0501	-0.2231	0.0123	0.1166	0.2197	0.1363	-0.1294	-0.0756	0.1591	-0.0029	0.0013	0.1702	0.0853	0.2398	-2.5328	81.4023	107.038
3	0.2017	0.0482	-0.132	0.7861	-1.0128	1.3265	-0.1495	0.4011	-0.3218	-0.4145	0.0627	-0.0876	0.3491	0.1634	0.0819	0.3188	-0.0143	0.1005	0.3357	-0.0187	0.2087	18.1783	83.034	90.4824
4	1.3421	0.069	-0.0411	0.8455	-0.1337	0.9611	-0.0354	0.2027	-0.1594	-0.108	0.0544	0.0321	0.0333	-0.0102	-0.0085	0.1365	0.014	0.0353	0.1743	0.0322	0.1272	10.8147	87.6476	99.0406
5	0.5314	0.1387	0.1564	0.6129	0.0153	1.0154	-0.1128	-0.3278	-0.257	0.0981	-0.0231	-0.0605	-0.0118	0.29	0.1015	0.1447	0.0297	0.021	0.2338	0.0704	0.1269	16.7497	86.0477	111.076
6	0.8203	0.0681	0.5372	0.6278	0.2894	0.4447	-0.0973	-0.0748	-0.443	-0.0793	-0.0682	-0.0377	0.3715	0.0753	-0.3618	0.4081	0.0492	0.1393	0.0918	0.0692	0.4428	10.9124	68.6759	102.2588
7	0.704	-0.0051	-0.556	0.1209	0.0711	0.4774	-0.0464	0.0543	-0.4004	-0.1792	0.1349	0.1966	0.1821	-0.2477	-0.0243	0.2476	-0.084	-0.0257	0.1975	0.0875	0.3579	-7.8967	73.6843	103.0234
8	0.4635	-0.4503	0.3559	1.2488	-0.1667	0.3082	-0.049	-0.1334	0.173	0.3732	-0.0132	0.0378	-0.1691	-0.0008	0.0502	0.3827	0.0192	0.0406	0.234	0.0581	0.4505	-23.0594	55.7325	120.1927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 22 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 51 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 77 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 122 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 172 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 173 through 192 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 193 through 221 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 222 through 239 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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