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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cof | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Uncharacterised protein Q1R1X2 from Escherichia coli UTI89 | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Bacteriocin / sporulation / DUF1706 / cell cycle | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF1706 / Protein of unknown function (DUF1706) / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / metal ion binding / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taylor, J.D. / Hare, S. / Matthews, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the DfsB Protein Family Suggest a Cationic, Helical Sibling Lethal Factor Peptide. 著者: Taylor, J.D. / Taylor, G. / Hare, S.A. / Matthews, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19931.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: UTI89 / UPEC / 遺伝子: UTI89_P066 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 359分子 ![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 60 mM Magnesium chloride hexahydrate, 60 mM Calcium chloride dihydrate, 0.1 M imidazole, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 12.5% MPD, 12.5 % PEG 1000, 12.5% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→41.34 Å / Num. obs: 38126 / % possible obs: 98.93 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 89.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.489 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→41.29 Å
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拘束条件 |
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