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- PDB-5co0: Crystal Structure of the MTERF1 Y288A substitution bound to the t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5co0
タイトルCrystal Structure of the MTERF1 Y288A substitution bound to the termination sequence.
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*T)-3')
  • Transcription termination factor 1, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein-DNA / Transcription Factor / Mitochondria / Termination / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


termination of mitochondrial transcription / Mitochondrial transcription termination / DNA geometric change / mitochondrial nucleoid / DNA-templated transcription termination / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / double-stranded DNA binding / nucleic acid binding / mitochondrial matrix / regulation of DNA-templated transcription ...termination of mitochondrial transcription / Mitochondrial transcription termination / DNA geometric change / mitochondrial nucleoid / DNA-templated transcription termination / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / double-stranded DNA binding / nucleic acid binding / mitochondrial matrix / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial termination factor repeats / Transcription termination factor, mitochondrial/chloroplastic / MTERF superfamily, mitochondrial/chloroplastic / mTERF
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Mitochondrial transcription termination factor 1 / Transcription termination factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
Model detailsR162A
データ登録者Byrnes, J. / Hauser, K. / Norona, L. / Mejia, E. / Simmerling, C. / Garcia-Diaz, M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R00-ES015421 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM100021 米国
United Mitochondrial Disease FoundationUMDF to M.G.D. 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM092714 米国
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Base Flipping by MTERF1 Can Accommodate Multiple Conformations and Occurs in a Stepwise Fashion.
著者: Byrnes, J. / Hauser, K. / Norona, L. / Mejia, E. / Simmerling, C. / Garcia-Diaz, M.
#1: ジャーナル: Cell / 年: 2010
タイトル: Helix unwinding and base flipping enable human MTERF1 to terminate mitochondrial transcription.
著者: Yakubovskaya, E. / Mejia, E. / Byrnes, J. / Hambardjieva, E. / Garcia-Diaz, M.
履歴
登録2015年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Transcription termination factor 1, mitochondrial
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6624
ポリマ－50,6233
非ポリマー391
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.537, 90.440, 160.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Transcription termination factor 1, mitochondrial / cDNA FLJ51270 / highly similar to Transcription termination factor / mitochondrial


分子量: 37119.086 Da / 分子数: 1 / 変異: Y288A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTERF1 / プラスミド: PTEV-HMBP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express DE3 / 参照: UniProt: B4DPR9, UniProt: Q99551*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*TP*A)-3')


分子量: 6678.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6825.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium Acetate, 01.M Tris HCl pH 8.0, 15.5% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→80.26 Å / Num. obs: 21454 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 26.3 / Num. measured all: 155685
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.54-2.847.40.71234437360130.8530.281100
5.68-80.266.80.01973.413879203610.00899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MVA

3mva


解像度: 2.65→80.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 11.368 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 972 5.1 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
obs0.2091 17909 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.36 Å2 / Biso mean: 59.248 Å2 / Biso min: 25.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→80.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2589 896 1 24 3510
Biso mean--116.29 47.63 -
残基数----368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0173630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.7375083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0137257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1865323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57924.087115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.74115520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1351521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02804
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.717 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 58 -
Rwork0.358 1312 -
all-1370 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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