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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cnv | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the dATP inhibited E. coli class Ia ribonucleotide reductase complex bound to GDP and TTP at 3.20 Angstroms resolution | ||||||||||||
![]() | (Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit ...) x 2 | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / allostery / substrate specificity / ribonucleotide reductase / nucleotide metabolism | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / DNA replication / iron ion binding ...ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / DNA replication / iron ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chen, P.Y.-T. / Zimanyi, C.M. / Funk, M.A. / Drennan, C.L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for allosteric specificity regulation in class Ia ribonucleotide reductase from Escherichia coli. 著者: Zimanyi, C.M. / Chen, P.Y. / Kang, G. / Funk, M.A. / Drennan, C.L. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 858 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 707.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 5.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 142.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 190.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit ... , 2種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 85877.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: nrdA, dnaF, b2234, JW2228 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00452, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: タンパク質 | 分子量: 43426.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: nrdB, ftsB, b2235, JW2229 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P69924, ribonucleoside-diphosphate reductase |
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-非ポリマー , 6種, 89分子 ![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/DAT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/TTP.gif)
![](data/chem/img/FEO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DAT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/TTP.gif)
![](data/chem/img/FEO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / #4: 化合物 | ChemComp-DAT / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-TTP / #7: 化合物 | ChemComp-FEO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% (w/v) PEG 3350, 100 mM MOPS pH 7.5, 300 mM Mg(CH3COO)2, 30 mM MgCl2, and 5% (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→49.74 Å / Num. obs: 102713 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/av σ(I): 11.8 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ERM 解像度: 3.2→49.732 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.732 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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