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- PDB-5cnr: Crystal structure-guided design of self-assembling RNA nano triangles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cnr
タイトルCrystal structure-guided design of self-assembling RNA nano triangles
要素
  • RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*CP*C)-3')
キーワードRNA / seneca valley virus / nanotriangle / self-assembly
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Seneca valley virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Boerneke, M. / Dibrov, S. / Hermann, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
UCSD Academic SenateRM069B 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Crystal-Structure-Guided Design of Self-Assembling RNA Nanotriangles.
著者: Boerneke, M.A. / Dibrov, S.M. / Hermann, T.
履歴
登録2015年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*CP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2225
ポリマ－17,1874
非ポリマー351
水00
1
A: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6293
ポリマ－8,5932
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5340 Å2
手法PISA
2
E: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*CP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5932
ポリマ－8,5932
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.934, 59.934, 262.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*CP*UP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 4968.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Seneca valley virus (ウイルス)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3624.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Seneca valley virus (ウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: drop: 20% MPD, 55 mM NaCl, 12 mM spermine, 40 mM Tris well: 18% MPD, 120 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.3 Å / Num. obs: 5011 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 17.6 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 11.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P97

4p97


解像度: 2.59→19.403 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 500 10.03 %
Rwork0.1925 --
obs0.1979 4985 83.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 91.673 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.4768 Å20 Å2-0 Å2
2---21.4768 Å20 Å2
3----52.3477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→19.403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1136 1 0 1137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4451966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.08632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5963-2.85680.4811530.4279474X-RAY DIFFRACTION36
2.8568-3.26850.41521410.32091271X-RAY DIFFRACTION98
3.2685-4.11160.26211480.24731338X-RAY DIFFRACTION100
4.1116-19.40320.19861580.14181402X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4743-0.48920.62730.575-0.60490.8175-0.0690.51820.1884-0.757-0.4073-0.5961.11670.51050.00120.73320.07740.05380.7677-0.1790.878148.03419.191314.9542
20.1278-0.20310.04860.45450.09820.2167-0.21470.8948-0.1075-0.11130.1664-0.6507-0.1178-0.69490.0010.7613-0.0074-0.02080.589-0.02860.711545.93971.1546319.9836
30.24250.09930.29360.05890.18160.486-0.67570.19550.5104-0.28930.2143-0.12260.1176-0.11090.00060.717-0.04970.11970.5672-0.10610.800751.109713.715315.601
40.5954-0.24390.39160.9703-0.6950.57830.03480.952-1.113-0.35580.8787-0.06190.53390.41620.01370.6469-0.0321-0.04240.9556-0.05531.07869.543619.8698319.0855
55.4197-0.67890.20310.75990.42930.3298-0.4373-0.92630.09951.47560.4195-0.50351.34810.13970.60661.7978-0.0785-0.44492.02050.24520.715870.3314-10.4381357.8871
60.0046-0.02020.00470.0691-0.01840.0068-0.0899-0.20280.50010.83890.7471-1.0786-0.6920.34150.0061.03740.0893-0.20181.4578-0.18770.721478.525-24.8887367.4228
73.7834-1.0847-1.67890.35010.49150.7462-0.941-0.4720.0443-0.50190.0801-0.11310.33050.4012-1.52261.39510.1623-0.40071.9950.02970.629675.3178-10.7416359.4929
80.075-0.3101-0.09321.54180.52620.18530.1724-0.2893-0.90521.70910.4424-0.17360.71030.5820.70821.5402-0.2033-0.01881.8470.53610.961287.23684.6765362.7994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:11)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 12:18)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 37:42)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 43:47)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resseq 3:13)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resseq 14:18)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resseq 37:42)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resseq 43:47)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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