PDB-5cm5: Structure of Hydroxyethylthiazole Kinase ThiM from Staphylococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cm5

タイトル

Structure of Hydroxyethylthiazole Kinase ThiM from Staphylococcus aureus

要素

Hydroxyethylthiazole kinase

キーワード

TRANSFERASE / Bacterial Thiamine Biosynthesis / Hydroxyethylthiazole Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxyethylthiazole kinase / hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Drebes, J. / Kuenz, M. / Eberle, R.J. / Oberthuer, D. / Cang, H. / Wrenger, C. / Betzel, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure of ThiM from Vitamin B1 biosynthetic pathway of Staphylococcus aureus - Insights into a novel pro-drug approach addressing MRSA infections.
著者: Julia Drebes / Madeleine Künz / Björn Windshügel / Alexey G Kikhney / Ingrid B Müller / Raphael J Eberle / Dominik Oberthür / Huaixing Cang / Dmitri I Svergun / Markus Perbandt / ...
要旨: Infections caused by the methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are today known to be a substantial threat for global health. Emerging multi-drug resistant bacteria have created a ...

履歴

登録	2015年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cm5.cif.gz	577.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cm5.ent.gz	480.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cm5_validation.pdf.gz	481.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cm5_full_validation.pdf.gz	497.2 KB	表示
XML形式データ	5cm5_validation.xml.gz	57.3 KB	表示
CIF形式データ	5cm5_validation.cif.gz	81 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDAX8C 5cgaC 5cgeC 5cojC 1c3qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cge-1 5cge-2 3hpd-1 5cga-2 3dzv-1 5coj-2 1ekq-2 1ekq-1 5kod-4 3k8t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydroxyethylthiazole kinase

B: Hydroxyethylthiazole kinase

C: Hydroxyethylthiazole kinase

D: Hydroxyethylthiazole kinase

E: Hydroxyethylthiazole kinase

F: Hydroxyethylthiazole kinase

179 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydroxyethylthiazole kinase

B: Hydroxyethylthiazole kinase

C: Hydroxyethylthiazole kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Hydroxyethylthiazole kinase

E: Hydroxyethylthiazole kinase

F: Hydroxyethylthiazole kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.561, 103.519, 126.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	A	A	1 - 262	1 - 262
2	1	VAL	VAL	B	B	1 - 262	1 - 262
1	2	VAL	VAL	A	A	1 - 262	1 - 262
2	2	VAL	VAL	C	C	1 - 262	1 - 262
1	3	VAL	VAL	A	A	1 - 262	1 - 262
2	3	VAL	VAL	D	D	1 - 262	1 - 262
1	4	VAL	VAL	A	A	1 - 262	1 - 262
2	4	VAL	VAL	E	E	1 - 262	1 - 262
1	5	GLU	GLU	A	A	1 - 261	1 - 261
2	5	GLU	GLU	F	F	1 - 261	1 - 261
1	6	VAL	VAL	B	B	1 - 262	1 - 262
2	6	VAL	VAL	C	C	1 - 262	1 - 262
1	7	GLU	GLU	B	B	1 - 264	1 - 264
2	7	GLU	GLU	D	D	1 - 264	1 - 264
1	8	GLU	GLU	B	B	1 - 261	1 - 261
2	8	GLU	GLU	E	E	1 - 261	1 - 261
1	9	GLN	GLN	B	B	1 - 260	1 - 260
2	9	GLN	GLN	F	F	1 - 260	1 - 260
1	10	VAL	VAL	C	C	1 - 262	1 - 262
2	10	VAL	VAL	D	D	1 - 262	1 - 262
1	11	VAL	VAL	C	C	1 - 262	1 - 262
2	11	VAL	VAL	E	E	1 - 262	1 - 262
1	12	GLU	GLU	C	C	1 - 261	1 - 261
2	12	GLU	GLU	F	F	1 - 261	1 - 261
1	13	VAL	VAL	D	D	1 - 262	1 - 262
2	13	VAL	VAL	E	E	1 - 262	1 - 262
1	14	GLU	GLU	D	D	1 - 261	1 - 261
2	14	GLU	GLU	F	F	1 - 261	1 - 261
1	15	GLN	GLN	E	E	1 - 260	1 - 260
2	15	GLN	GLN	F	F	1 - 260	1 - 260

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Hydroxyethylthiazole kinase / 4-methyl-5-beta-hydroxyethylthiazole kinase / Thz kinase 分子量: 29827.801 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: thiM, SAR2181 / プラスミド: pASK-IBA3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GEY3, hydroxyethylthiazole kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Hydroxyethylthiazole kinase / 4-methyl-5-beta-hydroxyethylthiazole kinase / Thz kinase

分子量: 29827.801 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: thiM, SAR2181 / プラスミド: pASK-IBA3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GEY3, hydroxyethylthiazole kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化	温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18 - 22 % PEG 3,350 (w/v), 0.2 M magnesium formate, 5 % isopropanol (v/v),

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→20 Å / Num. obs: 93740 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1C3Q

1c3q

解像度: 2.09→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 11.459 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2304	4693	5 %	RANDOM
R_work	0.20342	-	-	-
obs	0.20479	88976	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.648 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.76 Å²	0 Å²	-1.24 Å²
2-	-	6.68 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.09→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11439	0	0	552	11991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	11625
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	11483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.615	1.978	15821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.455	3	26382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.521	5	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.569	26.308	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.54	15	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.76	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	13297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.452	1.306	6105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.45	1.306	6104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.382	1.946	7616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.382	1.946	7617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.773	1.517	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.773	1.516	5518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.835	2.186	8203
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.909	10.857	13163
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.862	10.593	12968
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15276	0.08
1	2	B	15276	0.08
2	1	A	15601	0.09
2	2	C	15601	0.09
3	1	A	15267	0.09
3	2	D	15267	0.09
4	1	A	15277	0.09
4	2	E	15277	0.09
5	1	A	15082	0.09
5	2	F	15082	0.09
6	1	B	15312	0.09
6	2	C	15312	0.09
7	1	B	15606	0.08
7	2	D	15606	0.08
8	1	B	15446	0.08
8	2	E	15446	0.08
9	1	B	15175	0.08
9	2	F	15175	0.08
10	1	C	15179	0.09
10	2	D	15179	0.09
11	1	C	15313	0.08
11	2	E	15313	0.08
12	1	C	15122	0.09
12	2	F	15122	0.09
13	1	D	15289	0.09
13	2	E	15289	0.09
14	1	D	14884	0.1
14	2	F	14884	0.1
15	1	E	14968	0.09
15	2	F	14968	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	378	-
R_work	0.273	6439	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1539	-0.0846	-0.2038	1.7138	-0.1806	1.0325	-0.0461	-0.2084	-0.1114	0.0398	0.0551	0.138	0.1422	-0.0922	-0.009	0.2643	-0.016	0.0253	0.0548	0.0277	0.2942	-4.588	-0.546	60.4
2	1.3705	-0.0883	-0.1273	1.4676	0.4114	1.356	0.0032	0.2392	0.1129	-0.2275	0.0074	0.0487	-0.0113	-0.0827	-0.0105	0.2234	-0.0167	0.0069	0.0464	0.0245	0.2703	-8.216	9.733	29.63
3	2.3726	-0.4916	-0.1533	0.9306	0.0825	1.0355	0.0003	-0.1031	0.1909	0.0871	-0.0261	-0.1733	-0.0312	0.1551	0.0258	0.1951	-0.0188	0.0274	0.03	0.0024	0.3468	19.664	17.744	46.592
4	1.7482	-0.0489	0.2944	0.7908	-0.5937	2.2005	0.0556	0.2721	0.0234	-0.1016	-0.0364	0.0658	0.1752	-0.0665	-0.0192	0.3038	-0.0078	-0.0056	0.0557	0.018	0.2866	16.803	21.652	88.206
5	2.5066	0.3436	0.2547	0.6477	-0.2199	1.7757	-0.0106	0.1175	-0.146	-0.0846	-0.057	-0.1267	0.1625	0.5003	0.0675	0.2364	0.0232	0.0074	0.209	0.0774	0.3012	40.399	15.508	110.724
6	1.2726	0.323	0.142	2.4162	-0.6101	1.7187	-0.0096	-0.3926	0.3	0.4044	0.1102	0.1327	-0.3637	-0.2357	-0.1005	0.3325	0.0525	0.04	0.1651	-0.0106	0.4281	13.607	32.196	118.87

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 262
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 262
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 265
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 262
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)