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万見
- PDB-5cm2: Structure of Y. lipolytica Trm9-Trm112 complex, a methyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cm2
タイトルStructure of Y. lipolytica Trm9-Trm112 complex, a methyltransferase modifying U34 in the anticodon loop of some tRNAs
要素
  • TRNA METHYLTRANSFERASE
  • TRNA METHYLTRANSFERASE ACTIVATOR SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / CLASS I METHYLTRANSFERASE / TRNA METHYLTRANSFERASE / METHYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (uridine) methyltransferase activity / peptidyl-glutamine methylation / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA wobble uridine modification / tRNA methylation / tRNA binding / protein heterodimerization activity / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable tRNA methyltransferase 9-like protein / Multifunctional methyltransferase subunit Trm112 / Trm112-like / Trm112p-like protein / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Vaccinia Virus protein VP39 ...Probable tRNA methyltransferase 9-like protein / Multifunctional methyltransferase subunit Trm112 / Trm112-like / Trm112p-like protein / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YALI0E24761p / YALI0D12837p
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica CLIB122 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Letoquart, J. / van Tran, N. / Caroline, V. / Aleksandrov, A. / Lazar, N. / Van Tilbeurgh, H. / Liger, D. / Graille, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Insights into molecular plasticity in protein complexes from Trm9-Trm112 tRNA modifying enzyme crystal structure.
著者: Letoquart, J. / van Tran, N. / Caroline, V. / Aleksandrov, A. / Lazar, N. / van Tilbeurgh, H. / Liger, D. / Graille, M.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22021年3月17日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: TRNA METHYLTRANSFERASE
M: TRNA METHYLTRANSFERASE ACTIVATOR SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2703
ポリマ－38,2042
非ポリマー651
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.200, 176.200, 176.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 TRNA METHYLTRANSFERASE


分子量: 23787.746 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 38-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica CLIB122 (酵母) / 遺伝子: YALI0_D12837g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6C999
#2: タンパク質 TRNA METHYLTRANSFERASE ACTIVATOR SUBUNIT


分子量: 14416.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica CLIB122 (酵母) / 遺伝子: YALI0_E24761g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6C4P5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100MM TRI-SODIUM CITRATE, 20% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (PEG4K), 20% 2-PROPANOL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.9801
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 121.2819, 1.2826, 1.2753
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2012年5月11日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2012年5月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTALMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98011
21.28191
31.28261
41.27531
反射解像度: 2.494→50 Å / Num. obs: 16239 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.85 % / Biso Wilson estimate: 52.14 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 4.85 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.05 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 812 5 %Random selection
Rwork0.199 ---
obs0.201 16234 97.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2462 0 1 76 2539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1933409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.355925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4943-2.65060.30051320.24392520X-RAY DIFFRACTION98
2.6506-2.85520.3171350.24672557X-RAY DIFFRACTION100
2.8552-3.14250.27191360.24222589X-RAY DIFFRACTION100
3.1425-3.5970.2721360.2242579X-RAY DIFFRACTION99
3.597-4.53110.24071350.1822560X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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