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万見
- PDB-5cm0: Crystal structure of branched-chain aminotransferase from thermop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cm0
タイトルCrystal structure of branched-chain aminotransferase from thermophilic archaea Geoglobus acetivorans
要素Branched-chain transaminase
キーワードTRANSFERASE / aminotransferase / branched-chain / PLP / BCAT / Geoglobus acetivorans
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal ...Branched-chain amino acid aminotransferase I / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Geoglobus acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Stekhanova, T.N. / Mardanov, A.V. / Rakitin, A.L. / Ravin, N.V. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Scientific Fund ロシア
ERA-IB ("Thermogene") 7th EU Framework Programme
引用ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2019
タイトル: Thermostable Branched-Chain Amino Acid Transaminases From the Archaea Geoglobus acetivorans and Archaeoglobus fulgidus : Biochemical and Structural Characterization.
著者: Isupov, M.N. / Boyko, K.M. / Sutter, J.M. / James, P. / Sayer, C. / Schmidt, M. / Schonheit, P. / Nikolaeva, A.Y. / Stekhanova, T.N. / Mardanov, A.V. / Ravin, N.V. / Bezsudnova, E.Y. / Popov, ...著者: Isupov, M.N. / Boyko, K.M. / Sutter, J.M. / James, P. / Sayer, C. / Schmidt, M. / Schonheit, P. / Nikolaeva, A.Y. / Stekhanova, T.N. / Mardanov, A.V. / Ravin, N.V. / Bezsudnova, E.Y. / Popov, V.O. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Structure summary
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_ec
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain transaminase
B: Branched-chain transaminase
C: Branched-chain transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8988
ポリマ－97,9723
非ポリマー9265
水11,277626
1
A: Branched-chain transaminase
B: Branched-chain transaminase
C: Branched-chain transaminase
ヘテロ分子

A: Branched-chain transaminase
B: Branched-chain transaminase
C: Branched-chain transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,79516
ポリマ－195,9446
非ポリマー1,85110
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area29580 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area53530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.650, 117.650, 135.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-597-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Branched-chain transaminase


分子量: 32657.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geoglobus acetivorans (古細菌) / 遺伝子: GACE_1900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7GJ30
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Na acetate, 20% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→58.83 Å / Num. obs: 85638 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 36.772 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 31.75 / Num. measured all: 1696134
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.9-20.9290.7714.0223020512122119490.79298.6
2-2.10.9720.4676.72191595993799260.47999.9
2.1-2.40.9930.23713.5442644020879208080.24399.7
2.4-2.630.9980.12523.9520143010160101510.12899.9
2.63-2.810.9990.09233.3121538584958490.095100
2.81-3.030.9990.07242.96109827536753670.074100
3.03-3.320.9990.05454.2196204509150700.05599.6
3.32-3.7110.04271.5193005461546120.04399.9
3.71-4.2710.03582.9277565401640120.03699.9
4.27-5.210.03188.1262302345834500.03199.8
5.2-7.2410.0388.5655101274927490.031100
7.24-8010.02310030922169916950.02399.8
803

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EIY

2eiy


解像度: 1.9→101.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.835 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1879 4226 4.9 %RANDOM
Rwork0.15143 ---
obs0.1533 81410 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å2-0 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----1.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→101.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6624 0 12 626 7262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0196791
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9881.9859216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.144315011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5955843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67224.129310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69151122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2021550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3843.5673392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3843.5663391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1635.3234227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1635.3244228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2353.933399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2353.933399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8025.7484987
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.27629.8748093
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.27629.8798094
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 315 -
Rwork0.291 5791 -
obs--97.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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