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- PDB-5cld: Alkylpurine DNA glycosylase AlkD bound to DNA containing an oxoca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cld
タイトルAlkylpurine DNA glycosylase AlkD bound to DNA containing an oxocarbenium-intermediate analog and a free 3-methyladenine nucleobase
要素
  • AlkD
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*(NRI)P*AP*GP*TP*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*G)-3')
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA glycosylase / HEAT-like repeat / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Leucine-rich Repeat Variant - #90 / DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / DNA / DNA (> 10) / DNA alkylation repair protein / DNA alkylation repair enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.541 Å
データ登録者Mullins, E.A. / Eichman, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1122098 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: The DNA glycosylase AlkD uses a non-base-flipping mechanism to excise bulky lesions.
著者: Mullins, E.A. / Shi, R. / Parsons, Z.D. / Yuen, P.K. / David, S.S. / Igarashi, Y. / Eichman, B.F.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年11月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlkD
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*(NRI)P*AP*GP*TP*CP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9204
ポリマ－35,7713
非ポリマー1491
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.202, 92.826, 48.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AlkD


分子量: 28578.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: IKE_03968 / プラスミド: pBG103 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174
参照: UniProt: R8GWR7, UniProt: Q816E8*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*AP*(NRI)P*AP*GP*TP*CP*CP*G)-3')


分子量: 3498.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3694.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ADK / 3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / 3-METHYLADENINE / 3-メチルアデニン


分子量: 149.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7N5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 19% w/v PEG4000, 42 mM sodium acetate, pH 4.6, 85 mM ammonium acetate, 5% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月2日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 44235 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 12.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.195 / Net I/av σ(I): 26.213 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 313407
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.54-1.576.40.2556.90220710.9720.1050.2770.93592.2
1.57-1.66.80.23221830.9780.0930.2510.97595.3
1.6-1.6370.20921370.9780.0840.2251.04395.6
1.63-1.666.80.18421960.9850.0730.1981.11594.9
1.66-1.696.90.1621480.9860.0640.1721.2196.8
1.69-1.736.80.14622040.9880.0590.1581.27795.5
1.73-1.786.90.13321630.9910.0530.1431.36396.3
1.78-1.836.80.11822030.9910.0480.1281.42797.3
1.83-1.886.90.10721830.9930.0430.1161.55496.8
1.88-1.946.90.09922250.9930.040.1071.65396.9
1.94-2.016.80.08922480.9940.0360.0961.53997.4
2.01-2.0970.0821910.9950.0320.0861.60898.2
2.09-2.197.10.07122380.9960.0290.0771.2798.3
2.19-2.37.20.06722270.9960.0270.0721.11798.4
2.3-2.447.30.06122520.9970.0240.0651.24599.2
2.44-2.637.50.06122510.9970.0240.0651.14599.4
2.63-2.97.70.0622730.9970.0230.0641.1299.2
2.9-3.327.70.05322660.9980.0210.0571.08199.6
3.32-4.187.70.0423090.9990.0150.0430.79399.8
4.18-507.40.03622670.9990.0140.0380.58197.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BVS

3bvs


解像度: 1.541→34.979 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1792 1997 4.52 %Random selection
Rwork0.1494 42197 --
obs0.1508 44194 97.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.54 Å2 / Biso mean: 20.2579 Å2 / Biso min: 6.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.541→34.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1951 476 11 415 2853
Biso mean--19.59 31.92 -
残基数----255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0493594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.008995
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5407-1.57930.17931374.5470.153287693
1.5793-1.6220.19891374.49030.151291495
1.622-1.66970.20341394.42960.1537299995
1.6697-1.72360.18561424.60290.151294396
1.7236-1.78520.17961374.41080.1467296996
1.7852-1.85660.17721364.32980.1515300597
1.8566-1.94110.1751444.54690.1515302398
1.9411-2.04350.16491444.58160.1591299998
2.0435-2.17150.18981494.65480.1455305298
2.1715-2.33910.18471464.55540.1463305998
2.3391-2.57440.16911454.51290.1564306899
2.5744-2.94680.21251434.41360.1646309799
2.9468-3.7120.16881494.5790.14883105100
3.712-34.98750.16521494.6030.1356308898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2941-0.6107-0.40663.86263.90585.15060.0410.0045-0.24190.2056-0.00580.02010.4834-0.0326-0.06760.170.0018-0.02550.11770.00280.1501-6.4559-21.207565.5857
22.6322-0.45071.84532.1396-0.87043.5751-0.1039-0.23520.00480.09870.11890.0882-0.0541-0.2511-0.01280.09050.00410.01090.1182-0.00560.0832-18.974-7.336470.5247
32.5858-1.0222-0.73673.05731.90273.14110.0156-0.0029-0.0559-0.02350.1331-0.29140.03010.322-0.1410.1128-0.00420.0070.1432-0.00310.1252-0.8944-12.851462.105
43.0078-1.0557-2.53642.63951.74115.5134-0.13750.0714-0.19790.03790.0467-0.04970.4387-0.01130.12010.1248-0.0016-0.01480.09250.00030.1186-11.3942-20.518955.5452
50.4774-0.3077-0.14770.6240.08131.23780.003-0.00250.0241-0.04140.0273-0.03880.00070.0736-0.03180.1005-0.0083-0.00670.0947-0.00010.0896-14.1728-11.488151.3855
60.9289-0.19390.42241.21520.06931.5440.0560.0581-0.1033-0.0632-0.0116-0.0343-0.01370.0101-0.03320.1011-0.0025-0.00510.1065-0.0060.0957-20.6842-8.668739.0626
72.49290.6621-0.76263.3563-1.42963.79980.05850.00650.1527-0.0945-0.0182-0.1512-0.19020.1639-0.03750.0686-0.0033-0.00080.0527-0.01270.0643-20.3709-0.266943.2166
82.75570.24950.17012.3028-0.11182.14510.08180.20510.0863-0.21860.02380.063-0.0865-0.2013-0.10510.09130.0149-0.00620.05260.00930.0612-30.7991.665741.0634
91.22430.2946-0.03421.733-0.4411.1042-0.06010.02490.1397-0.13830.0164-0.057-0.10570.02990.04110.1186-0.00740.00090.0670.00310.0796-25.140110.070544.4827
100.9852-0.0026-0.70294.1596-0.83240.97670.0053-0.07130.10440.2647-0.0054-0.0516-0.1235-0.01020.01150.1636-0.0015-0.01840.11630.00330.1255-28.797516.684648.0345
110.219-0.53010.3891.9948-0.09881.6925-0.2591-0.38070.55380.19170.1440.0555-0.14830.1308-0.01340.17410.0365-0.04480.2242-0.07490.2496-21.55969.962663.3259
124.2840.64020.78611.4371-0.1620.2031-0.20510.45880.47360.07510.1454-0.0271-0.062-0.1142-0.08810.16840.0379-0.05770.4726-0.21230.5438-28.544514.049263.7751
133.6011.33950.85795.8232-0.48810.9486-0.2810.16650.4952-0.50580.2057-0.75530.4340.4880.12730.25340.08240.04150.3130.02850.2749-10.1425.562860.8196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 15 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 38 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 57 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 58 through 73 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 118 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 119 through 143 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 144 through 162 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 163 through 178 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 179 through 206 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 207 through 229 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 12 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 6 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 7 through 12 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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