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Yorodumi- PDB-5cld: Alkylpurine DNA glycosylase AlkD bound to DNA containing an oxoca... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cld | ||||||
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Title | Alkylpurine DNA glycosylase AlkD bound to DNA containing an oxocarbenium-intermediate analog and a free 3-methyladenine nucleobase | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / DNA glycosylase / HEAT-like repeat / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.541 Å | ||||||
Authors | Mullins, E.A. / Eichman, B.F. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2015 Title: The DNA glycosylase AlkD uses a non-base-flipping mechanism to excise bulky lesions. Authors: Mullins, E.A. / Shi, R. / Parsons, Z.D. / Yuen, P.K. / David, S.S. / Igarashi, Y. / Eichman, B.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cld.cif.gz | 150.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cld.ent.gz | 112.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cld.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cld_validation.pdf.gz | 444.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5cld_full_validation.pdf.gz | 444.6 KB | Display | |
Data in XML | 5cld_validation.xml.gz | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5cld_validation.cif.gz | 24.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/5cld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/5cld | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5cl3C 5cl4C 5cl5C 5cl6C 5cl7C 5cl8C 5cl9C 5claC 5clbC 5clcC 5cleC 3bvsS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28578.043 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) / Gene: IKE_03968 / Plasmid: pBG103 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HMS174 References: UniProt: R8GWR7, UniProt: Q816E8*PLUS, Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds |
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#2: DNA chain | Mass: 3498.286 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 3694.402 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Chemical | ChemComp-ADK / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.7 Details: 19% w/v PEG4000, 42 mM sodium acetate, pH 4.6, 85 mM ammonium acetate, 5% v/v glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.54→50 Å / Num. obs: 44235 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 12.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.195 / Net I/av σ(I): 26.213 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 313407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3BVS Resolution: 1.541→34.979 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 16.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.54 Å2 / Biso mean: 20.2579 Å2 / Biso min: 6.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.541→34.979 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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