+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cl7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Alkylpurine DNA glycosylase AlkD bound to DNA containing a 3-methyladenine analog or DNA containing an abasic site and a free nucleobase (18% substrate/82% product at 96 hours) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/DNA / DNA glycosylase / HEAT-like repeat / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mullins, E.A. / Eichman, B.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The DNA glycosylase AlkD uses a non-base-flipping mechanism to excise bulky lesions. 著者: Mullins, E.A. / Shi, R. / Parsons, Z.D. / Yuen, P.K. / David, S.S. / Igarashi, Y. / Eichman, B.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 158.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 450.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5cl3C ![]() 5cl4C ![]() 5cl5C ![]() 5cl6C ![]() 5cl8C ![]() 5cl9C ![]() 5claC ![]() 5clbC ![]() 5clcC ![]() 5cldC ![]() 5cleC ![]() 3bvsS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28578.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: R8GWR7, UniProt: Q816E8*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 3645.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 3694.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 化合物 | ChemComp-54K / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | Chain B contains microheterogeneity at position 6 (DZM versus ORP). |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 15% w/v PEG4000, 42 mM sodium acetate, pH 4.6, 85 mM ammonium acetate, 5% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月31日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.436→50 Å / Num. obs: 54698 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 3.526 / % possible all: 93.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3BVS 解像度: 1.44→35.39 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.7 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.44→35.39 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|