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- PDB-5ckw: Crystal structure of LegK4_AMPPNP Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ckw
タイトルCrystal structure of LegK4_AMPPNP Kinase
要素LegK4
キーワードTRANSFERASE / Legionella / Bacterial effectors / serine/threonine kinase / type IV secretion system
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Flayhan, A. / Terradot, L.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: The structure of Legionella pneumophila LegK4 type four secretion system (T4SS) effector reveals a novel dimeric eukaryotic-like kinase.
著者: Flayhan, A. / Berge, C. / Bailo, N. / Doublet, P. / Bayliss, R. / Terradot, L.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: LegK4
A: LegK4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,31610
ポリマ－102,1262
非ポリマー1,1908
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area38160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.684, 76.871, 86.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LegK4


分子量: 51063.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (strain Lens) (バクテリア)
遺伝子: lpl0262 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5WZW9
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 20000, 20% (w/v) PEG 550 mono-methyl ether, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2 and 100 mM Tris/Bicine pH 8.3.

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 37547 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1149 / Net I/σ(I): 11.14
反射 シェル解像度: 2.49→2.579 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured obs: 12847 / Num. unique all: 3570 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CLR

5clr


解像度: 2.49→40.347 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 1878 5 %
Rwork0.2037 --
obs0.2066 37542 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→40.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6218 0 68 192 6478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3498647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3182405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521000
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4901-2.55740.30441370.27242592X-RAY DIFFRACTION94
2.5574-2.63260.29991430.262726X-RAY DIFFRACTION100
2.6326-2.71760.32841430.25472707X-RAY DIFFRACTION100
2.7176-2.81470.3261450.25522771X-RAY DIFFRACTION100
2.8147-2.92730.35381440.24752720X-RAY DIFFRACTION100
2.9273-3.06050.31521450.24282770X-RAY DIFFRACTION100
3.0605-3.22180.30971450.24122744X-RAY DIFFRACTION100
3.2218-3.42360.28261440.2292733X-RAY DIFFRACTION100
3.4236-3.68770.271440.19892736X-RAY DIFFRACTION100
3.6877-4.05850.22831460.17162774X-RAY DIFFRACTION100
4.0585-4.64510.20311460.16262786X-RAY DIFFRACTION100
4.6451-5.84950.20521460.17542775X-RAY DIFFRACTION100
5.8495-40.35190.22931500.18122830X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3480.00510.46640.74120.64851.32540.05580.28960.2428-0.34460.058-0.1714-0.13890.0625-0.22441.28080.06490.32430.4872-0.0290.48586.5994-9.6815-11.0386
21.7517-0.0674-1.00981.09590.1912.94050.1008-0.00840.231-0.14660.0747-0.1796-0.2979-0.08330.07221.4128-0.00060.35170.4056-0.0810.35280.8682-4.6505-3.3027
31.4627-0.357-0.37441.06270.26990.9940.178-0.04380.0514-0.74850.0846-0.1493-0.1412-0.0054-0.06540.5225-0.10230.13030.2947-0.0140.1913-6.3003-6.924122.3413
41.6786-0.19960.03131.3761-0.28030.7594-0.2679-0.3509-0.3698-0.16290.4343-0.190.08220.3637-0.04130.2259-0.00960.11860.4981-0.0450.401110.3367-24.551243.5396
51.12120.355-0.540.33540.33091.40520.18630.5344-0.316-0.48240.15460.00080.1343-0.1378-0.2751.48940.0904-0.70090.87130.1171.5313-48.9052-25.9918-9.6522
61.27670.50791.32751.98840.31292.0305-0.25050.52080.0376-0.3517-0.0119-0.2207-0.28710.27760.08581.41160.0242-0.97420.7216-0.08791.5904-41.3031-32.8011-5.2865
71.5034-1.12250.2162.5158-0.33141.47450.11290.0503-0.2212-0.0812-0.0858-0.05250.34590.3213-0.18281.49380.121-1.1180.52010.22731.6197-40.1488-34.22012.3374
81.04930.3198-0.16751.2506-0.52870.23080.09110.3343-0.5025-0.6403-0.07450.12180.3140.0232-0.57771.3988-0.1027-1.04050.472-0.02342.041-40.958-41.97545.9591
90.62310.23470.37750.7992-0.04141.13750.3532-0.2841-0.7566-0.69510.25141.16240.455-0.10890.01540.5972-0.1051-0.4340.25630.29631.2083-30.3637-27.949225.5963
103.9159-2.9246-0.56562.47220.71670.6090.1519-0.3446-0.48480.2292-0.20250.1379-0.0729-0.17180.00030.2811-0.09030.05380.60440.26881.1176-41.9715-22.257839.0326
114.8207-0.1615-0.28264.5486-0.65263.15080.0801-1.0266-0.75410.369-0.5288-0.24470.18620.21940.12220.4633-0.11590.30810.77450.14741.0478-53.0397-17.193950.23
125.0723-0.48270.0940.42060.66391.95750.0664-0.9076-0.12610.4138-0.3403-0.1024-0.10370.16740.00150.3894-0.05610.1380.68240.25870.9904-43.3658-11.53647.3176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 6 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 59 through 105 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 106 through 331 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 332 through 404 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 21 through 49 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 50 through 92 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 93 through 117 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 118 through 152 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 153 through 305 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 306 through 352 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 353 through 371 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 372 through 404 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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