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- PDB-5ckv: DAHP synthase from Mycobacterium tuberculosis, fully inhibited by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ckv
タイトルDAHP synthase from Mycobacterium tuberculosis, fully inhibited by tyrosine, phenylalanine, and tryptophan
要素Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
キーワードTRANSFERASE / TIM-barrel / shikimate pathway / feedback inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHENYLALANINE / TRYPTOPHAN / TYROSINE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.787 Å
データ登録者Munack, S. / Krengel, U.
資金援助 ノルウェー, スイス, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway143645 ノルウェー
Swiss National Science Foundation31003A-116475, 31003A-135651, and 31003A_156453 スイス
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Remote Control by Inter-Enzyme Allostery: A Novel Paradigm for Regulation of the Shikimate Pathway.
著者: Munack, S. / Roderer, K. / Okvist, M. / Kamarauskaite, J. / Sasso, S. / van Eerde, A. / Kast, P. / Krengel, U.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,82521
ポリマ－103,7832
非ポリマー2,04219
水73941
1
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
ヘテロ分子

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,64942
ポリマ－207,5664
非ポリマー4,08338
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area17860 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area60330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.760, 204.760, 66.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 51891.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: aroG, Rv2178c / プラスミド: pKTDS-HN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O53512, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

-
非ポリマー , 8種, 60分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#8: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: ammonium sulfate, glycerol, magnesium chloride, TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.787→47.304 Å / Num. obs: 40049 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 321302
反射 シェル解像度: 2.787→2.89 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NV8

3nv8


解像度: 2.787→47.304 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 2008 5.01 %
Rwork0.1748 --
obs0.1774 40044 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.787→47.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6916 0 126 41 7083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7739766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7544313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7874-2.85710.30731050.31662504X-RAY DIFFRACTION93
2.8571-2.93430.30921710.25132714X-RAY DIFFRACTION100
2.9343-3.02060.2961410.24722705X-RAY DIFFRACTION100
3.0206-3.11810.30791400.24162701X-RAY DIFFRACTION100
3.1181-3.22950.27391780.2252668X-RAY DIFFRACTION100
3.2295-3.35880.26931490.21582744X-RAY DIFFRACTION100
3.3588-3.51160.25151240.18042733X-RAY DIFFRACTION100
3.5116-3.69670.20981610.15992696X-RAY DIFFRACTION100
3.6967-3.92820.21851420.14882740X-RAY DIFFRACTION100
3.9282-4.23130.18651260.13752725X-RAY DIFFRACTION100
4.2313-4.65680.17921470.13952735X-RAY DIFFRACTION100
4.6568-5.32980.17951200.14472762X-RAY DIFFRACTION100
5.3298-6.7120.23381610.18392770X-RAY DIFFRACTION100
6.712-47.31110.19861430.16372839X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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