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- PDB-5cka: Human beta-2 microglobulin double mutant W60G-N83V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cka
タイトルHuman beta-2 microglobulin double mutant W60G-N83V
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Aggregation propensity / Amyloid / beta-sandwitch / fold stability
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sala, B.M. / De Rosa, M. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of University and ResearchFIRB RBFR109EOS イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Rational design of mutations that change the aggregation rate of a protein while maintaining its native structure and stability.
著者: Camilloni, C. / Sala, B.M. / Sormanni, P. / Porcari, R. / Corazza, A. / De Rosa, M. / Zanini, S. / Barbiroli, A. / Esposito, G. / Bolognesi, M. / Bellotti, V. / Vendruscolo, M. / Ricagno, S.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1446
ポリマ－11,7351
非ポリマー4085
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.980, 28.910, 57.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-265-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11735.227 Da / 分子数: 1 / 断片: resideus 21-119 / 変異: W60G, N83V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET29B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 21% w/v PEG 4000, 15% glycerol, 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25.75 Å / Num. obs: 10677 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2z9t

2z9t


解像度: 1.7→25.75 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 1068 10.01 %
Rwork0.1763 --
obs0.1813 10671 96.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数819 0 27 71 917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.381291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.284363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.77740.27031270.19881188X-RAY DIFFRACTION97
1.7774-1.8710.24061310.19311198X-RAY DIFFRACTION97
1.871-1.98820.25241310.17581166X-RAY DIFFRACTION95
1.9882-2.14170.23981310.17531219X-RAY DIFFRACTION97
2.1417-2.35710.20461310.17551185X-RAY DIFFRACTION96
2.3571-2.69780.26771360.19291186X-RAY DIFFRACTION95
2.6978-3.39770.20531390.17381228X-RAY DIFFRACTION97
3.3977-25.75310.21381420.16571233X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.702-2.72147.11313.2561-1.86675.20070.1649-0.1754-0.03740.07690.09010.2120.1349-0.3669-0.22880.13020.01280.01190.0824-0.01260.113742.6656-6.397571.4372
26.7824-7.04154.67178.5685-3.13595.98080.2839-0.2746-0.6294-0.09440.0560.546-0.0871-0.2199-0.34570.1269-0.0205-0.00210.11910.0110.161224.8379-1.036959.6418
36.062-4.8444-0.88644.89910.28132.89830.65231.46120.891-0.5467-0.29880.2325-0.5898-0.7663-0.61610.24140.06430.06440.34910.05290.271214.339710.9656.8858
43.39-4.74463.23936.5663-4.51313.06450.17510.0589-0.2303-0.0915-0.09490.19490.0873-0.1133-0.12090.15110.02150.02210.17350.0070.088228.91672.123361.7016
56.0082-0.82365.34822.4384-1.75638.8432-0.17250.24090.3064-0.00130.0235-0.1151-0.28850.19520.23860.12260.00190.01420.0718-0.0180.147938.71472.496261.1196
67.1301-0.64530.02065.43655.445.5269-0.15470.92891.4306-0.66240.2046-0.6632-1.45860.039-0.17180.4898-0.1076-0.07070.32680.11350.472233.04089.53549.642
76.4769-0.77591.42673.11-0.29046.6287-0.0728-0.58360.0961-0.5190.01110.4255-0.02690.0429-0.0170.1837-0.0424-0.04720.0943-0.03260.148732.96474.860572.2266
86.204-4.06875.62923.6252-4.24985.4437-0.21570.05130.40420.0473-0.1614-0.0542-0.32550.13520.15450.20230.02410.00620.1237-0.01170.125129.58966.865962.5822
99.4139-3.64230.59137.62793.28362.03060.25370.8484-0.614-0.9044-0.24030.62850.1737-0.2887-0.01020.4188-0.0734-0.12190.30810.01220.251722.27844.120144.6278
103.2973-4.40742.58925.8761-3.5052.15850.04010.54440.0158-0.17-0.1877-0.0572-0.11420.30980.08430.1672-0.00190.01180.1656-0.00530.093934.16980.708753.4613
116.1993-0.456-0.93396.0478-1.96342.38940.17490.532-0.2362-0.3185-0.0563-0.52260.7040.3545-0.02290.16620.04870.03090.1514-0.00810.134543.1789-5.618459.2991
128.4019-0.66961.55225.92090.47432.2974-0.0950.1149-0.694-0.21880.11391.41290.4147-0.3159-0.10210.2499-0.073-0.05720.27010.01170.411925.4258-3.841751.9858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 12 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 13 through 21 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 22 through 30 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 31 through 41 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 42 through 50 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 51 through 61 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 62 through 69 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 70 through 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 78 through 83 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 84 through 90 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 91 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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