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万見
- PDB-5ci3: Ribonucleotide reductase Y122 2,3,5-F3Y variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ci3
タイトルRibonucleotide reductase Y122 2,3,5-F3Y variant
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / unnatural amino acid / fluorotyrosine / ferritin superfamily / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Funk, M.A. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)0645960 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Biophysical Characterization of Fluorotyrosine Probes Site-Specifically Incorporated into Enzymes: E. coli Ribonucleotide Reductase As an Example.
著者: Oyala, P.H. / Ravichandran, K.R. / Funk, M.A. / Stucky, P.A. / Stich, T.A. / Drennan, C.L. / Britt, R.D. / Stubbe, J.
履歴
登録2015年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9936
ポリマ－43,4811
非ポリマー5125
水3,765209
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,98612
ポリマ－86,9622
非ポリマー1,02410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.216, 92.216, 207.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

SO4

21A-516-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta / Protein B2 / Protein R2 / Ribonucleotide reductase 1


分子量: 43480.832 Da / 分子数: 1 / 変異: Y122(FY3) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: nrdB, ftsB, Z3491, ECs3118 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P69925, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: large, three-dimensional, yellow-green hexagons
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 1.1 M (NH4)2SO4, 0.9-1.2 M KCl, and 0.1 M Tris; 1:1 protein to precipitant; crystals grow over 1-3 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 20961 / Num. obs: 20961 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ALX

2alx


解像度: 2.401→43.436 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 988 4.93 %
Rwork0.1659 --
obs0.1682 20042 94.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→43.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2857 0 23 209 3089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8574119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4051114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4007-2.52730.34721040.27352177X-RAY DIFFRACTION78
2.5273-2.68560.30221400.22562638X-RAY DIFFRACTION94
2.6856-2.89290.26631440.20262775X-RAY DIFFRACTION98
2.8929-3.18390.23651490.18922802X-RAY DIFFRACTION99
3.1839-3.64450.23581490.1642825X-RAY DIFFRACTION99
3.6445-4.59080.18661470.13632844X-RAY DIFFRACTION98
4.5908-43.44270.1951550.16532993X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22370.91980.20262.38791.15172.2779-0.01880.3422-0.31110.25420.5051-0.25860.41910.1135-0.42590.70460.1219-0.23520.7168-0.20220.6564-28.9545-31.6976-11.4434
21.31330.2079-0.91931.8631-0.35541.87040.21520.3883-0.29410.77220.528-1.20420.19451.1709-0.48880.87970.2646-0.50411.1364-0.57011.359-12.0203-36.3863-8.5586
31.51260.77110.31832.52020.00661.98610.087-0.0491-0.16541.25080.2927-0.7590.24930.3039-0.34061.15370.1915-0.31150.6981-0.20620.7876-23.1865-25.1772.6423
40.7369-0.7648-0.58331.70830.0490.80360.33430.1566-0.43451.0038-0.02790.13330.2161-0.117-0.37771.44280.2497-0.1741.0405-0.17980.8356-30.5993-23.15148.2637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 205 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 206 through 318 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 319 through 349 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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