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- PDB-5chb: Crystal structure of nvPizza2-S16H58 coordinating a CdCl2 nanocrystal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5chb
タイトルCrystal structure of nvPizza2-S16H58 coordinating a CdCl2 nanocrystal
要素nvPizza2-S16H58
キーワードDE NOVO PROTEIN / Computational Protein design / Metalloproteins / Cadmium / Symmetrical protein / Biomineralization / nano-crystal
機能・相同性Thrombin, subunit H - #500 / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Voet, A.R.D. / Noguchi, H. / Addy, C. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Biomineralization of a Cadmium Chloride Nanocrystal by a Designed Symmetrical Protein
著者: Voet, A.R.D. / Noguchi, H. / Addy, C. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H.
履歴
登録2015年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年7月22日ID: 4ZCO
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nvPizza2-S16H58
B: nvPizza2-S16H58
C: nvPizza2-S16H58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,42716
ポリマ－26,4443
非ポリマー98313
水2,954164
1
A: nvPizza2-S16H58
B: nvPizza2-S16H58
C: nvPizza2-S16H58
ヘテロ分子

A: nvPizza2-S16H58
B: nvPizza2-S16H58
C: nvPizza2-S16H58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,85532
ポリマ－52,8886
非ポリマー1,96626
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,x+1,-z1
Buried area13910 Å2
ΔGint-380 kcal/mol
Surface area16600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.200, 61.200, 109.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-102-

CD

21B-103-

CD

31C-102-

CD

41B-243-

HOH

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要素

#1: タンパク質 nvPizza2-S16H58


分子量: 8814.698 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: ammonium sulphate, cadmium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 35015 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZCN

4zcn


解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.367 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1875 1737 5 %RANDOM
Rwork0.1519 ---
obs0.1537 33236 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.1 Å2 / Biso mean: 21.649 Å2 / Biso min: 11.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 0 17 164 1997
Biso mean--18 31.23 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0191881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1291.9252574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15334042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7575259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.8925.14370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74415256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.843156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3822.0271021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3282.0251020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4553.0341273
LS精密化 シェル解像度: 1.552→1.592 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 121 -
Rwork0.208 2337 -
all-2458 -
obs--96.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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