PDB-5cgz: Crystal structure of GalB, the 4-carboxy-2-hydroxymuconate hydrat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cgz

タイトル

Crystal structure of GalB, the 4-carboxy-2-hydroxymuconate hydratase, from Pseuodomonas putida KT2440

要素

4-oxalmesaconate hydratase

キーワード

LYASE / GalB / hydratase / metalloenzyme / Rossmann fold / helical hairpin / gallic acid / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

4-oxalomesaconate hydratase / gallate catabolic process / 4-oxalmesaconate hydratase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.103 Å

データ登録者

Mazurkewich, S. / Brott, A.S. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Kinetic Characterization of the 4-Carboxy-2-hydroxymuconate Hydratase from the Gallate and Protocatechuate 4,5-Cleavage Pathways of Pseudomonas putida KT2440.
著者: Mazurkewich, S. / Brott, A.S. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.

履歴

登録	2015年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cgz.cif.gz	129.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cgz.ent.gz	101.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cgz_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cgz_full_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示
XML形式データ	5cgz_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	5cgz_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/5cgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/5cgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wgf-d 1yac-1 7lol-1 3shp-1 4zdf-1 4wh0-d 6p2t-1 4zde-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-oxalmesaconate hydratase

B: 4-oxalmesaconate hydratase

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-oxalmesaconate hydratase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	14_444	-y-1/4,-x-1/4,-z-1/4	1
crystal symmetry operation	19_444	-x-1/4,-z-1/4,-y-1/4	1
crystal symmetry operation	24_444	-z-1/4,-y-1/4,-x-1/4	1

2

B: 4-oxalmesaconate hydratase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
167 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	7_454	-z-1/2,-x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	10_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	13_454	y-1/4,x+1/4,-z-3/4	1
crystal symmetry operation	19_444	-x-1/4,-z-1/4,-y-1/4	1
crystal symmetry operation	22_554	z+1/4,-y+1/4,x-1/4	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	201.660, 201.660, 201.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	4-oxalmesaconate hydratase / OMA hydratase / Gallate degradation protein B 分子量: 27056.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncation of the 4 N-terminal residues 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain KT2440) (バクテリア) 株: KT2440 / 遺伝子: galB, PP_2515 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88JX8, 4-oxalomesaconate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.52 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→48.91 Å / Num. obs: 81108 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 35.56 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 17.88 / Num. measured all: 638484

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15		1.043	2.23	46886	5900	5899	0.776	1.117	100
2.15-2.21		0.774	2.99	45773	5773	5760	0.863	0.829	99.8
2.21-2.28		0.649	3.55	44468	5594	5590	0.895	0.695	99.9
2.28-2.35		0.524	4.33	43423	5462	5460	0.926	0.561	100
2.35-2.42		0.447	5.06	42025	5286	5280	0.947	0.478	99.9
2.42-2.51		0.338	6.54	40764	5138	5122	0.969	0.362	99.7
2.51-2.6		0.248	8.84	39550	4975	4969	0.98	0.266	99.9
2.6-2.71		0.204	10.45	37920	4779	4768	0.988	0.219	99.8
2.71-2.83		0.158	13.36	36469	4595	4585	0.991	0.169	99.8
2.83-2.97		0.123	16.6	34779	4392	4386	0.994	0.132	99.9
2.97-3.13		0.093	20.69	33174	4187	4184	0.996	0.1	99.9
3.13-3.32		0.076	25.02	31283	3975	3964	0.997	0.081	99.7
3.32-3.55		0.057	30.89	29538	3764	3754	0.999	0.061	99.7
3.55-3.83		0.046	37.46	27128	3484	3476	0.999	0.049	99.8
3.83-4.2		0.039	43.07	25126	3254	3240	0.999	0.042	99.6
4.2-4.7		0.034	47.72	22782	2951	2949	0.999	0.037	99.9
4.7-5.42		0.034	47.14	20218	2634	2631	0.999	0.036	99.9
5.42-6.64		0.034	45.43	16973	2252	2251	0.999	0.037	100
6.64-9.39		0.028	52.46	13120	1786	1783	0.999	0.03	99.8
	9.39	0.027	53.59	7085	1081	1057	0.999	0.03	97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.85 Å	48.91 Å
Translation	5.85 Å	48.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.103→48.91 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1701	4055	5 %
R_work	0.1502	145934	-
obs	0.1512	81105	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.83 Å² / B_iso mean: 38.6597 Å² / B_iso min: 23.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.103→48.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3810	0	226	512	4548
B_iso mean	-	-	67.34	47.27	-
残基数	-	-	-	-	480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4111
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	5561
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	730
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.837	1531

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1033-2.1272	0.2847	258	0.2658	4829	5087	100
2.1272-2.1522	0.2795	255	0.2513	4853	5108	100
2.1522-2.1784	0.2693	263	0.2403	4906	5169	100
2.1784-2.206	0.2567	259	0.2346	4846	5105	100
2.206-2.235	0.25	255	0.219	4885	5140	100
2.235-2.2656	0.2291	254	0.2211	4877	5131	100
2.2656-2.298	0.2215	257	0.2124	4846	5103	100
2.298-2.3323	0.2183	256	0.2063	4840	5096	100
2.3323-2.3688	0.2113	256	0.1993	4894	5150	100
2.3688-2.4076	0.2466	251	0.204	4868	5119	100
2.4076-2.4491	0.2469	258	0.1998	4864	5122	100
2.4491-2.4936	0.2125	257	0.185	4845	5102	100
2.4936-2.5416	0.1931	257	0.1695	4870	5127	100
2.5416-2.5935	0.2099	255	0.1653	4865	5120	100
2.5935-2.6499	0.183	250	0.1676	4882	5132	100
2.6499-2.7115	0.195	250	0.164	4831	5081	100
2.7115-2.7793	0.1855	252	0.1594	4897	5149	100
2.7793-2.8544	0.1721	261	0.1529	4863	5124	100
2.8544-2.9384	0.2096	256	0.1592	4862	5118	100
2.9384-3.0333	0.168	262	0.1492	4870	5132	100
3.0333-3.1416	0.1767	258	0.1423	4872	5130	100
3.1416-3.2674	0.177	260	0.144	4838	5098	100
3.2674-3.4161	0.1533	260	0.1441	4887	5147	100
3.4161-3.5961	0.1491	251	0.1308	4862	5113	100
3.5961-3.8214	0.1409	251	0.1147	4867	5118	100
3.8214-4.1163	0.1251	250	0.1116	4858	5108	100
4.1163-4.5302	0.1396	258	0.1092	4852	5110	100
4.5302-5.1851	0.1322	256	0.1179	4889	5145	100
5.1851-6.5303	0.1379	254	0.1383	4858	5112	100
6.5303-48.9229	0.1472	256	0.1548	4858	5114	99

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