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- PDB-5cgz: Crystal structure of GalB, the 4-carboxy-2-hydroxymuconate hydrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cgz
タイトルCrystal structure of GalB, the 4-carboxy-2-hydroxymuconate hydratase, from Pseuodomonas putida KT2440
要素4-oxalmesaconate hydratase
キーワードLYASE / GalB / hydratase / metalloenzyme / Rossmann fold / helical hairpin / gallic acid / hexamer
機能・相同性
機能・相同性情報


4-oxalomesaconate hydratase / gallate catabolic process / 4-oxalmesaconate hydratase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LmbE-like / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-oxalmesaconate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Mazurkewich, S. / Brott, A.S. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
National Science and Engineering Research Council of Canada Discovery Grant238284 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Kinetic Characterization of the 4-Carboxy-2-hydroxymuconate Hydratase from the Gallate and Protocatechuate 4,5-Cleavage Pathways of Pseudomonas putida KT2440.
著者: Mazurkewich, S. / Brott, A.S. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-oxalmesaconate hydratase
B: 4-oxalmesaconate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,71820
ポリマ－54,1132
非ポリマー1,60418
水9,224512
1
A: 4-oxalmesaconate hydratase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,70666
ポリマ－162,3406
非ポリマー5,36660
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_444-y-1/4,-x-1/4,-z-1/41
crystal symmetry operation19_444-x-1/4,-z-1/4,-y-1/41
crystal symmetry operation24_444-z-1/4,-y-1/4,-x-1/41
Buried area40150 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area46030 Å2
手法PISA
2
B: 4-oxalmesaconate hydratase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,60154
ポリマ－162,3406
非ポリマー4,26048
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
crystal symmetry operation13_454y-1/4,x+1/4,-z-3/41
crystal symmetry operation19_444-x-1/4,-z-1/4,-y-1/41
crystal symmetry operation22_554z+1/4,-y+1/4,x-1/41
Buried area37240 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area44980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.660, 201.660, 201.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 4-oxalmesaconate hydratase / OMA hydratase / Gallate degradation protein B


分子量: 27056.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncation of the 4 N-terminal residues
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain KT2440) (バクテリア)
株: KT2440 / 遺伝子: galB, PP_2515 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88JX8, 4-oxalomesaconate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.52 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.91 Å / Num. obs: 81108 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 17.88 / Num. measured all: 638484
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.151.0432.2346886590058990.7761.117100
2.15-2.210.7742.9945773577357600.8630.82999.8
2.21-2.280.6493.5544468559455900.8950.69599.9
2.28-2.350.5244.3343423546254600.9260.561100
2.35-2.420.4475.0642025528652800.9470.47899.9
2.42-2.510.3386.5440764513851220.9690.36299.7
2.51-2.60.2488.8439550497549690.980.26699.9
2.6-2.710.20410.4537920477947680.9880.21999.8
2.71-2.830.15813.3636469459545850.9910.16999.8
2.83-2.970.12316.634779439243860.9940.13299.9
2.97-3.130.09320.6933174418741840.9960.199.9
3.13-3.320.07625.0231283397539640.9970.08199.7
3.32-3.550.05730.8929538376437540.9990.06199.7
3.55-3.830.04637.4627128348434760.9990.04999.8
3.83-4.20.03943.0725126325432400.9990.04299.6
4.2-4.70.03447.7222782295129490.9990.03799.9
4.7-5.420.03447.1420218263426310.9990.03699.9
5.42-6.640.03445.4316973225222510.9990.037100
6.64-9.390.02852.4613120178617830.9990.0399.8
9.390.02753.597085108110570.9990.0397.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.85 Å48.91 Å
Translation5.85 Å48.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.103→48.91 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1701 4055 5 %
Rwork0.1502 145934 -
obs0.1512 81105 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.83 Å2 / Biso mean: 38.6597 Å2 / Biso min: 23.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.103→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 226 512 4548
Biso mean--67.34 47.27 -
残基数----480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d15561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8371531
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1033-2.12720.28472580.265848295087100
2.1272-2.15220.27952550.251348535108100
2.1522-2.17840.26932630.240349065169100
2.1784-2.2060.25672590.234648465105100
2.206-2.2350.252550.21948855140100
2.235-2.26560.22912540.221148775131100
2.2656-2.2980.22152570.212448465103100
2.298-2.33230.21832560.206348405096100
2.3323-2.36880.21132560.199348945150100
2.3688-2.40760.24662510.20448685119100
2.4076-2.44910.24692580.199848645122100
2.4491-2.49360.21252570.18548455102100
2.4936-2.54160.19312570.169548705127100
2.5416-2.59350.20992550.165348655120100
2.5935-2.64990.1832500.167648825132100
2.6499-2.71150.1952500.16448315081100
2.7115-2.77930.18552520.159448975149100
2.7793-2.85440.17212610.152948635124100
2.8544-2.93840.20962560.159248625118100
2.9384-3.03330.1682620.149248705132100
3.0333-3.14160.17672580.142348725130100
3.1416-3.26740.1772600.14448385098100
3.2674-3.41610.15332600.144148875147100
3.4161-3.59610.14912510.130848625113100
3.5961-3.82140.14092510.114748675118100
3.8214-4.11630.12512500.111648585108100
4.1163-4.53020.13962580.109248525110100
4.5302-5.18510.13222560.117948895145100
5.1851-6.53030.13792540.138348585112100
6.5303-48.92290.14722560.15484858511499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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