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- PDB-5cg8: NgTET1 in complex with 5hmC DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cg8
タイトルNgTET1 in complex with 5hmC DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*AP*(5HC)P*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
  • Tet-like dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / dioxygenase / 5-hydroxymethylcytosine / NgTET1 / OXIDOREDUCTASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine dioxygenase activity / double-stranded methylated DNA binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Double-stranded beta-helix - #30 / Double-stranded beta-helix / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / DNA / DNA (> 10) / Tet-like dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Pais, J.E. / Dai, N. / Zhang, X. / Zheng, Y. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM105132 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structure of Naegleria Tet-like dioxygenase (NgTet1) in complexes with a reaction intermediate 5-hydroxymethylcytosine DNA.
著者: Hashimoto, H. / Pais, J.E. / Dai, N. / Correa, I.R. / Zhang, X. / Zheng, Y. / Cheng, X.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22015年12月23日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tet-like dioxygenase
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*CP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*AP*(5HC)P*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5165
ポリマ－39,3153
非ポリマー2012
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.802, 107.360, 167.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tet-like dioxygenase


分子量: 30725.766 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 57-321 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
遺伝子: NAEGRDRAFT_55029 / プラスミド: pET28b-His-sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: D2W6T1

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*GP*TP*TP*CP*CP*A)-3')


分子量: 4239.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*AP*(5HC)P*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4349.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 5分子

#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550, 10 mM ZnSO4, and 100 mM MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→27.6 Å / Num. all: 20985 / Num. obs: 20985 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 82.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.69→2.79 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.977 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LT5

4lt5


解像度: 2.702→27.554 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 1049 5.01 %Random selection
Rwork0.1909 ---
obs0.1928 20958 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.702→27.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 570 11 3 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8923906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.361029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.702-2.84430.36961450.31182761X-RAY DIFFRACTION98
2.8443-3.02230.33111490.28732812X-RAY DIFFRACTION100
3.0223-3.25530.28681480.27092820X-RAY DIFFRACTION100
3.2553-3.58230.27431500.22092837X-RAY DIFFRACTION100
3.5823-4.09920.2651500.19842849X-RAY DIFFRACTION100
4.0992-5.1590.16551520.16052887X-RAY DIFFRACTION100
5.159-27.55560.21121550.16242943X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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