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- PDB-5cg0: Crystal structure of Spodoptera frugiperda Beta-glycosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cg0
タイトルCrystal structure of Spodoptera frugiperda Beta-glycosidase
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / GH1 Glycosil-hydrolase / Spodoptera frugiperda Beta-glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Tamaki, F.K. / Souza, D.P. / Souza, V.P. / Farah, S.C. / Marana, S.R.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)08/55914-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)14/19439-5 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)08/57908-1 ブラジル
Instituto Nacional de Ciencias e Tecnologia para o Bioetanol574002/2008-1 ブラジル
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Using the Amino Acid Network to Modulate the Hydrolytic Activity of beta-Glycosidases.
著者: Tamaki, F.K. / Souza, D.P. / Souza, V.P. / Ikegami, C.M. / Farah, C.S. / Marana, S.R.
履歴
登録2015年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
B: Beta-glucosidase
C: Beta-glucosidase
D: Beta-glucosidase
E: Beta-glucosidase
F: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,74118
ポリマ－337,0716
非ポリマー2,67012
水23,7441318
1
A: Beta-glucosidase
B: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4506
ポリマ－112,3572
非ポリマー1,0934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area34800 Å2
手法PISA
2
C: Beta-glucosidase
D: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2476
ポリマ－112,3572
非ポリマー8904
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area34750 Å2
手法PISA
3
E: Beta-glucosidase
F: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0446
ポリマ－112,3572
非ポリマー6874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area33530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.825, 64.994, 257.189
Angle α, β, γ (deg.)93.160, 92.040, 112.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta-glucosidase


分子量: 56178.477 Da / 分子数: 6 / 変異: L325F, I326F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: O61594
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM Bis-Tris-HCl, 100 mM NaCL, 22% (w/v) PEG 3350
PH範囲: 6.1 - 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月24日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX HF OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→60 Å / Num. obs: 173155 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 12.451 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 566584
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.183.20.539170760.7090.3560.65190
2.18-2.263.20.415168450.7940.2760.5021.00189.3
2.26-2.373.20.337166810.8730.2240.407188.1
2.37-2.493.10.261165300.9120.1740.316187.3
2.49-2.653.10.201164280.9490.1340.2431.00286.9
2.65-2.853.10.151166600.970.10.182187.6
2.85-3.143.10.104173630.9850.0690.125191.9
3.14-3.593.20.071182720.9930.0460.085196.3
3.59-4.523.70.053185690.9960.0320.062198
4.52-603.90.052187310.9960.0310.061199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VIF

3vif


解像度: 2.09→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.707 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 8675 5 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.1952 164477 90.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.35 Å2 / Biso mean: 42.899 Å2 / Biso min: 18.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23565 0 174 1318 25057
Biso mean--74.88 44.2 -
残基数----2906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01924536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0221946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.94233384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.826350481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99752923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20323.8811278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.86153804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.65415153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.23429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02128061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0734.12811662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0724.12611655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2756.18114570
LS精密化 シェル解像度: 2.091→2.145 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 592 -
Rwork0.344 11359 -
all-11951 -
obs--84.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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