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- PDB-5cfq: Crystal structure of anemone STING (Nematostella vectensis) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cfq
タイトルCrystal structure of anemone STING (Nematostella vectensis) in complex with 2',3' cGAMP, c[G(2',5')pA(3',5')p]
要素Stimulator of Interferon Genes
キーワードIMMUNE SYSTEM / STING / cyclic-dinucleotide binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / autophagosome / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cGAMP / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nematostella vectensis (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Kranzusch, P.J. / Wilson, S.C. / Lee, A.S.Y. / Berger, J.M. / Doudna, J.A. / Vance, R.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI063302 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Ancient Origin of cGAS-STING Reveals Mechanism of Universal 2',3' cGAMP Signaling.
著者: Kranzusch, P.J. / Wilson, S.C. / Lee, A.S. / Berger, J.M. / Doudna, J.A. / Vance, R.E.
履歴
登録2015年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of Interferon Genes
B: Stimulator of Interferon Genes
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3185
ポリマ－43,4512
非ポリマー8673
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.497, 77.971, 101.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of Interferon Genes / Predicted protein


分子量: 21725.723 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 193-377 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク)
遺伝子: v1g246111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7SLZ2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 500 mM LiSO4, 2% PEG-8000 / PH範囲: 4.0 - 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→42.49 Å / Num. obs: 19434 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.099→2.16 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.099→38.985 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 968 5.01 %Random selection
Rwork0.2423 ---
obs0.2432 19337 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→38.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2963 0 55 56 3074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7334264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0851166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.099-2.20930.34911320.34492499X-RAY DIFFRACTION97
2.2093-2.34770.38571350.38592567X-RAY DIFFRACTION99
2.3477-2.5290.35991370.32282611X-RAY DIFFRACTION100
2.529-2.78340.37041380.30442604X-RAY DIFFRACTION100
2.7834-3.1860.3231370.2942621X-RAY DIFFRACTION100
3.186-4.01340.25941410.22582675X-RAY DIFFRACTION100
4.0134-38.99210.18451480.18562792X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8985-1.56660.43921.9728-0.684-0.1754-0.1612-0.09220.2114-0.62550.27920.2542-0.4870.1181-0.05750.5394-0.171-0.03570.40320.00470.28712.291589.1596112.195
21.1292-1.1288-2.46644.18093.39654.29020.3781-0.7934-0.05661.7329-0.86010.0230.09741.7394-0.29710.9029-0.4469-0.0831.02880.04330.774829.696687.3511118.5342
31.31380.6451.24395.3403-2.94382.6847-0.16280.64970.37320.93410.74360.7743-2.0141-0.21830.52111.4505-0.0460.19340.579-0.02170.57146.494293.8791122.9559
40.7038-0.3789-0.191-0.18480.03851.27920.6303-0.11610.21050.1885-0.4884-0.1261-0.29380.63050.11450.8692-0.30330.060.5310.03860.457122.150194.1862112.8312
50.7282-0.93350.20243.4085-1.53410.7518-0.0890.3546-0.2476-0.2848-0.2923-0.26870.34910.6429-0.00290.2968-0.00470.03590.61640.02890.537118.697670.5068118.8593
60.67180.0549-1.83282.5809-0.17791.42180.00810.6922-0.2212-0.25950.0275-0.36140.4020.1262-0.00050.8935-0.0716-0.02410.63560.04370.587721.985784.6661105.8347
71.66151.1289-0.37980.8790.77694.35520.2684-0.1503-0.29210.048-0.1224-0.4607-0.89790.42080.15680.3287-0.0539-0.01150.42210.02790.396512.593179.9708134.7459
80.69260.00670.28330.25740.00740.0896-0.0107-1.37030.78460.13410.36070.4647-0.5270.21570.0011.17510.01070.09450.8778-0.1140.8313.651593.618147.1588
92.54791.08680.42450.79590.20151.57220.9897-0.0715-0.2387-1.613-0.6310.15470.3217-1.02090.25461.16710.2505-0.06240.5891-0.0410.6522-7.005983.0514133.4683
101.5189-1.1241-0.40031.74862.41619.0244-0.0675-0.2776-0.15560.91990.19791.0459-2.2433.6572-0.08161.4659-0.40630.3837-0.02280.05770.721813.646292.6515130.5414
112.125-0.04880.0536-0.65710.34260.84270.4022-0.11840.44880.1504-0.06680.2627-0.9828-0.48720.00940.95590.13570.26640.36980.03010.5902-1.491888.6683140.3253
123.83740.7726-1.20562.9543-0.70371.6627-0.08250.0349-0.3688-0.11370.04190.49450.5571-0.351-0.00150.2812-0.0254-0.0130.32650.02070.58022.315669.3168125.9169
130.53240.2335-1.17053.18290.82641.81380.1607-0.6483-0.4190.0164-0.21150.3541-0.02990.05580.00010.6208-0.005-0.02420.480.10510.4842-1.190677.3432142.8446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 193 through 239 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 240 through 261 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 262 through 277 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 278 through 302 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 303 through 340 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 341 through 372 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 193 through 219 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 220 through 233 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 234 through 261 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 262 through 277 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 278 through 302 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 303 through 341 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 342 through 371 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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