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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cfa | ||||||
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タイトル | Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING/PEPTIDE / Bbp / Fibrinogen / Sdr / MSCRAMM / Staphylococcus aureus / PROTEIN BINDING-PEPTIDE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane ...blood coagulation, common pathway / induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein polymerization / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of vasoconstriction / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet aggregation / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / extracellular vesicle / Platelet degranulation / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / blood microparticle / cell adhesion / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, Y. / Zhang, X.Y. / Gu, J.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015 タイトル: Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus reveal the ligand binding mechanism with Fibrinogen alpha 著者: Zhang, X.Y. / Wu, M. / Zhuo, W. / Gu, J.K. / Zhang, S.S. / Ge, J.P. / Yang, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cfa.cif.gz | 169.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cfa.ent.gz | 130.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cfa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5cfa_validation.pdf.gz | 450 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5cfa_full_validation.pdf.gz | 452.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5cfa_validation.xml.gz | 35.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5cfa_validation.cif.gz | 56.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36500.008 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 272-598 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: bbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14U76 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1666.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02671 #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000 protein ...詳細: peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000 protein concentration was 30mg/ml |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 116230 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 16.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.408 / Net I/av σ(I): 26.812 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 591166 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CF3 解像度: 1.45→36.56 Å / FOM work R set: 0.8246 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.31 Å2 / Biso mean: 22.46 Å2 / Biso min: 8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→36.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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