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万見
- PDB-5cef: Cystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cef
タイトルCystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Cryptococcus neoformans
要素Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


homoserine biosynthetic process / aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, peptidoglycan lacking / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, conserved site / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase signature. / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...: / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, peptidoglycan lacking / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, conserved site / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase signature. / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dahal, G.P. / Viola, R.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI077720 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of a fungal form of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Cryptococcus neoformans.
著者: Dahal, G. / Viola, R.E.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
B: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
C: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
D: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3265
ポリマ－161,2644
非ポリマー621
水11,151619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area52570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.590, 130.960, 91.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 365 / Label seq-ID: 6 - 367

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Aspartate-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 40316.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21 (菌類)
遺伝子: CNA02450 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5KPK7, aspartate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→66.05 Å / Num. obs: 55730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3hsk

3hsk


解像度: 2.6→66.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.473 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.605 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2202 2849 5.1 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1831 52836 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.76 Å2 / Biso mean: 45.009 Å2 / Biso min: 16.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8 Å20 Å21.87 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----2.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→66.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10796 0 4 619 11419
Biso mean--49 40.69 -
残基数----1436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0210745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.96715046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.183324707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44951428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39723.929448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.562151728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9621576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5254.2975736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5224.2965735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3486.4337156
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A219160.05
12B219160.05
21A218240.06
22C218240.06
31A216550.07
32D216550.07
41B219260.06
42C219260.06
51B219110.06
52D219110.06
61C218510.06
62D218510.06
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 234 -
Rwork0.248 3875 -
all-4109 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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