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万見
- PDB-5ce6: N-terminal domain of FACT complex subunit SPT16 from Cicer arieti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ce6
タイトルN-terminal domain of FACT complex subunit SPT16 from Cicer arietinum (chickpea)
要素FACT-Spt16
キーワードTRANSCRIPTION / FACT complex / SPT16 / Histone chaperone / H3-H4 binding
機能・相同性
機能・相同性情報


FACT complex / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA replication / DNA repair
類似検索 - 分子機能
FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily ...FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / FACT complex subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cicer arietinum (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Are, V.N. / Ghosh, B. / Kumar, A. / Makde, R.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and dynamics of Spt16N-domain of FACT complex from Cicer arietinum.
著者: Are, V.N. / Ghosh, B. / Kumar, A. / Gadre, R. / Makde, R.D.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FACT-Spt16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7315
ポリマ－52,5511
非ポリマー1804
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.019, 69.112, 71.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FACT-Spt16


分子量: 52550.668 Da / 分子数: 1 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cicer arietinum (マメ科) / 遺伝子: LOC101489759 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A0A182DWB2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 50 mM sodium acetate, pH 4.2, 200 mM K acetate, 10 mM MgCl2, 15 mM CaCl2, 34% PEG 3350, 5% glycerol, 10 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月13日 / 詳細: mirros
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.1 Å / Num. obs: 47708 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSdata processing
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CB6

3cb6


解像度: 1.7→34.888 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 2389 5.01 %
Rwork0.1803 --
obs0.1818 47646 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3226 0 10 217 3453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9764493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4971196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.73480.30131450.27182532X-RAY DIFFRACTION96
1.7348-1.77250.26751290.25332623X-RAY DIFFRACTION96
1.7725-1.81380.25121360.23382571X-RAY DIFFRACTION97
1.8138-1.85910.28271170.2242593X-RAY DIFFRACTION97
1.8591-1.90940.24181330.21472640X-RAY DIFFRACTION98
1.9094-1.96560.26781440.18662645X-RAY DIFFRACTION100
1.9656-2.0290.20591490.17152704X-RAY DIFFRACTION100
2.029-2.10150.22371210.17092695X-RAY DIFFRACTION100
2.1015-2.18560.19561400.17342691X-RAY DIFFRACTION100
2.1856-2.28510.2171450.17272671X-RAY DIFFRACTION100
2.2851-2.40550.19931490.17512677X-RAY DIFFRACTION100
2.4055-2.55620.2111390.18042723X-RAY DIFFRACTION100
2.5562-2.75350.20621470.18142668X-RAY DIFFRACTION100
2.7535-3.03050.2151600.18412680X-RAY DIFFRACTION100
3.0305-3.46860.19871300.18392710X-RAY DIFFRACTION100
3.4686-4.36880.16481490.15432699X-RAY DIFFRACTION100
4.3688-34.89520.2051560.16872735X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.1559 Å / Origin y: 13.4567 Å / Origin z: 28.4251 Å
111213212223313233
T0.0637 Å20.0156 Å2-0.0007 Å2-0.0757 Å20.0251 Å2--0.1189 Å2
L0.5729 °20.1068 °2-0.2713 °2-1.182 °20.1696 °2--1.8344 °2
S-0.0074 Å °0.0616 Å °0.037 Å °-0.1073 Å °0.0201 Å °-0.0147 Å °-0.0058 Å °0.0001 Å °-0.0114 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ( CHAIN A AND ( RESID 22:456 OR RESID 501:504 OR RESID 601:817 ) )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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