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- PDB-5ce1: Crystal Structure of Serine protease Hepsin in complex with Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ce1
タイトルCrystal Structure of Serine protease Hepsin in complex with Inhibitor
要素Serine protease hepsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / HEPSIN / PROSTATE CANCER / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepsin / pilomotor reflex / Signaling by MST1 / positive regulation of thyroid hormone generation / cochlea morphogenesis / serine-type exopeptidase activity / positive regulation of plasminogen activation / basement membrane disassembly / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / MET Receptor Activation ...hepsin / pilomotor reflex / Signaling by MST1 / positive regulation of thyroid hormone generation / cochlea morphogenesis / serine-type exopeptidase activity / positive regulation of plasminogen activation / basement membrane disassembly / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / MET Receptor Activation / response to thyroid hormone / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation by host of viral transcription / positive regulation of hepatocyte proliferation / potassium ion transmembrane transport / serine-type peptidase activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / peptidase activity / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / apical plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepsin, SRCR domain / Hepsin, SRCR domain / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Hepsin, SRCR domain / Hepsin, SRCR domain / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-50K / Serine protease hepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rao, K.N. / Anita, R.C. / Sangeetha, R. / Anirudha, L. / Subramnay, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Serine protease Hepsin in complex with Inhibitor
著者: Rao, K.N. / Anita, R.C. / Sangeetha, R. / Anirudha, L. / Subramnay, H.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _entity_src_gen.plasmid_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease hepsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8262
ポリマ－40,4921
非ポリマー3341
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14440 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.583, 47.678, 60.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine protease hepsin / Transmembrane protease serine 1


分子量: 40491.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPN, TMPRSS1 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P05981, hepsin
#2: 化合物 ChemComp-50K / 2-[6-(1-hydroxycyclohexyl)pyridin-2-yl]-1H-indole-5-carboximidamide


分子量: 334.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 % / 解説: Crystals were grown as long rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Activated hepsin was incubated with 10 mM Benzamidine at 4 oC for 2 hours and concentrated to7 mg/ml using 10 KDa cut off centricon [Millipore]. 1microlit of protein was mixed with 1 microlit ...詳細: Activated hepsin was incubated with 10 mM Benzamidine at 4 oC for 2 hours and concentrated to7 mg/ml using 10 KDa cut off centricon [Millipore]. 1microlit of protein was mixed with 1 microlit of reservoir buffer containing 100 mM sodium Cacodylate (6.0), 22% PEG 3350, and 200 mM ammonium fluoride. Plate clusters with a dimension of 50 micron m x 100 micron m were observed after 2 days of crystallization set up.
PH範囲: 5.8 - 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月12日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 26276 / Num. obs: 10137 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 2.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z8G

1z8g


解像度: 2.5→58.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 10.623 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE REASON FOR POOR ELECTRON DENSITY IS THAT THE REGION BETWEEN A LEU 158 AND RESIDUE A ILE 163 HIGHLY DISORDERED AND HENCE THE ATOMS POSITIONS ARE NOT STABILIZED IN THE CRYSTAL. HYDROGENS ...詳細: THE REASON FOR POOR ELECTRON DENSITY IS THAT THE REGION BETWEEN A LEU 158 AND RESIDUE A ILE 163 HIGHLY DISORDERED AND HENCE THE ATOMS POSITIONS ARE NOT STABILIZED IN THE CRYSTAL. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2815 485 4.8 %RANDOM
Rwork0.18714 ---
obs0.19165 9554 86.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0 Å2-0.09 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→58.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 0 25 46 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.9523715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8873.0065621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8875356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.37323.01103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.35815369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4881517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 41 -
Rwork0.23 701 -
obs--88.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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