PDB-5cbh: Structural and Functional Characterization of a Calcium-activated...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cbh

タイトル

Structural and Functional Characterization of a Calcium-activated Cation channel from Tsukamurella Paurometabola

要素

Ion transport 2 domain protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / calcium activated non-selective ion channel / 2TM helix ion channel family / tetrameric cation channel / ion transport

機能・相同性

Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / membrane / metal ion binding / Ion transport 2 domain protein

機能・相同性情報

生物種

Tsukamurella paurometabola

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.37 Å

データ登録者

Dhakshnamoorthy, B. / Rohaim, A. / Rui, H. / Blachowicz, L. / Roux, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural and functional characterization of a calcium-activated cation channel from Tsukamurella paurometabola.
著者: Dhakshnamoorthy, B. / Rohaim, A. / Rui, H. / Blachowicz, L. / Roux, B.

履歴

登録	2015年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2017年9月27日	Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 2.2	2018年3月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cbh.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cbh.ent.gz	101.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cbh_validation.pdf.gz	486.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cbh_full_validation.pdf.gz	513.7 KB	表示
XML形式データ	5cbh_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	5cbh_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cbfC 5cbgC 2ahyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cbf-1 5cbg-2 5cbg-3 4yk5-1 5ayi-d 3hmq-d 2im5-2 5gsa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ion transport 2 domain protein

B: Ion transport 2 domain protein

C: Ion transport 2 domain protein

D: Ion transport 2 domain protein

E: Ion transport 2 domain protein

F: Ion transport 2 domain protein

ヘテロ分子

85 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ion transport 2 domain protein

B: Ion transport 2 domain protein

D: Ion transport 2 domain protein

E: Ion transport 2 domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
56.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ion transport 2 domain protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
56.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: Ion transport 2 domain protein

ヘテロ分子

F: Ion transport 2 domain protein

ヘテロ分子

F: Ion transport 2 domain protein

ヘテロ分子

F: Ion transport 2 domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
56.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.475, 116.475, 128.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-201- CA
2	1	F-202- CA

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 106 / Label seq-ID: 5 - 106

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

詳細

SEC-MALS indicates that the biological assembly is a tetramer.

#1: タンパク質	Ion transport 2 domain protein 分子量: 14118.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tsukamurella paurometabola (strain ATCC 8368 / DSM 20162 / JCM 10117 / NBRC 16120 / NCTC 13040) (バクテリア) 株: ATCC 8368 / DSM 20162 / JCM 10117 / NBRC 16120 / NCTC 13040 遺伝子: Tpau_1687 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 Blue / 参照: UniProt: D5UM26
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 200, magnesium chloride, cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97902 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月24日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97902 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3 % / 数: 34996 / R_merge(I) obs: 0.209 / Χ²: 1.34 / D res high: 3.36 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11662 / % possible obs: 96.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
9.1	50	1	0.119	4.493	2.8
7.23	9.1	1	0.121	2.424	3.1
6.32	7.23	1	0.154	1.471	3.2
5.74	6.32	1	0.167	0.993	2.7
5.33	5.74	1	0.207	1.072	2.9
5.02	5.33	1	0.196	1.176	3.1
4.77	5.02	1	0.176	1.779	3.1
4.56	4.77	1	0.196	1.543	3.2
4.38	4.56	1	0.218	1.778	3.1
4.23	4.38	1	0.229	1.712	3.1
4.1	4.23	1	0.328	1.409	3
3.98	4.1	1	0.278	1.035	2.6
3.88	3.98	1	0.353	1.091	2.8
3.78	3.88	1	0.382	0.884	2.9
3.7	3.78	1	0.388	0.926	3
3.62	3.7	1	0.459	0.755	3.1
3.55	3.62	1	0.615	0.62	2.9
3.48	3.55	1	0.588	0.578	3.1
3.42	3.48	1	0.74	0.567	3.1
3.36	3.42	1	0.867	0.587	3.1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.888
1	1	-H, K, -L	2	0.112

反射

解像度: 3.36→50 Å / Num. obs: 11662 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 3.7

反射シェル

解像度: 3.36→3.42 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.74 / % possible all: 98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AHY

2ahy

解像度: 3.37→48.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.879 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.852 / SU B: 14.223 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	565	4.7 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.234	11407	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.37→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4620	0	8	1	4629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.948	1.964	6450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.415	5	606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.313	21.304	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.493	15	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.105	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.91	8.569	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.995	12.812	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.294	8.998	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.37→3.45 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	33	-
R_work	0.161	798	-
obs	-	-	94.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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