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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cbf | ||||||
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タイトル | Structural and Functional Characterization of a Calcium-activated Cation channel from Tsukamurella Paurometabola | ||||||
要素 | Ion transport 2 domain protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / calcium activated non-selective ion channel / 2TM helix ion channel family / tetrameric cation channel / ion transport | ||||||
機能・相同性 | Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / membrane / metal ion binding / Ion transport 2 domain protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tsukamurella paurometabola | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å | ||||||
データ登録者 | Dhakshnamoorthy, B. / Rohaim, A. / Rui, H. / Blachowicz, L. / Roux, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structural and functional characterization of a calcium-activated cation channel from Tsukamurella paurometabola. 著者: Dhakshnamoorthy, B. / Rohaim, A. / Rui, H. / Blachowicz, L. / Roux, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cbf.cif.gz | 128.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cbf.ent.gz | 100.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cbf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5cbf_validation.pdf.gz | 482 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5cbf_full_validation.pdf.gz | 509.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5cbf_validation.xml.gz | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5cbf_validation.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 106 / Label seq-ID: 5 - 106
NCSアンサンブル:
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詳細 | SEC-MALS indicates that the biological assembly is a tetramer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14118.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tsukamurella paurometabola (strain ATCC 8368 / DSM 20162 / JCM 10117 / NBRC 16120 / NCTC 13040) (バクテリア) 株: ATCC 8368 / DSM 20162 / JCM 10117 / NBRC 16120 / NCTC 13040 遺伝子: Tpau_1687 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 Blue / 参照: UniProt: D5UM26 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 200, cacodylate, magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97902 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97902 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 4.8 % / 数: 47646 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 0.85 / D res high: 3.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 10003 / % possible obs: 99.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 10003 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 2.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.66 Å / 冗長度: 4.4 % / % possible all: 99.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CBG 解像度: 3.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 31.295 / SU ML: 0.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.715 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 114.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.61→50 Å
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拘束条件 |
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