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- PDB-5ca9: Structures of the candida albicans sey1p GTPase in complex with G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ca9
タイトルStructures of the candida albicans sey1p GTPase in complex with GDPAlF4-
要素Protein SEY1
キーワードHYDROLASE / ER / Sey1p / membrance fusion / dynamin
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum inheritance / hexose transmembrane transport / endoplasmic reticulum membrane fusion / cortical endoplasmic reticulum / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
RHD3/Sey1 / Sey1/RHD3-like, three-helix bundle domain / Root hair defective 3 GTP-binding protein (RHD3) GTPase domain / Sey1 three-helix bundle domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein SEY1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yan, L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation81322023 中国
973 Program2013CB911103 and 2014CB542802 中国
Postdoctoral Science Foundation2014M550713 中国
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2015
タイトル: Structures of the yeast dynamin-like GTPase Sey1p provide insight into homotypic ER fusion
著者: Yan, L. / Sun, S. / Wang, W. / Shi, J. / Hu, X. / Wang, S. / Su, D. / Rao, Z. / Hu, J. / Lou, Z.
履歴
登録2015年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SEY1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6944
ポリマ－79,1241
非ポリマー5703
水2,072115
1
A: Protein SEY1
ヘテロ分子

A: Protein SEY1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3898
ポリマ－158,2482
非ポリマー1,1416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y+1/2,z1
Buried area8010 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area65820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.272, 120.527, 190.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Protein SEY1


分子量: 79124.000 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-692 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: SEY1, NAG6, CaO19.2151, CaO19.9698 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C0L9, dynamin GTPase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1. SEQUENCE CONFLICTS D270G, A337T AND I479V ARE BASED ON BAB43823.1 ACCORDING TO DATABASE Q9C0L9 ...1. SEQUENCE CONFLICTS D270G, A337T AND I479V ARE BASED ON BAB43823.1 ACCORDING TO DATABASE Q9C0L9 (SEY1_CANAL). 2. THE CODON CUG (MRNA CUG CORRESPONDS TO CTG IN DNA) WILL ENCODE SER IN CANDIDA ALBICANS BUT LEU IN ESCHERICHIA COLI. SO 89S,221S,665S IN CANDIDA ALBICANS SEY1P(BAB43817) WILL BE TRANSLATED INTO LEU IN ESCHERICHIA COLI BL21.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 160 mM Lithium sulfate monohydrate, 80 mM Tris pH 8.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 40 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 6% w/v Polyethylene glycol 4,000, 20 mM spermidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 21774 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.28 % / Net I/σ(I): 43.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000data processing
PHENIXモデル構築
精密化解像度: 2.8→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 30.112 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27901 1121 5.1 %RANDOM
Rwork0.25277 ---
obs0.2541 20650 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.318 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0 Å20 Å2
2--0.48 Å2-0 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5303 0 34 115 5452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0195426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7631.9627337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.999311938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4255654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.14325.714273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.70715993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5671518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.9447.8682622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9447.8652621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.59611.7883274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.59511.7913275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2367.9612804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.247.9742796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.7811.8614051
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.39860.6396526
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.39860.6396521
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.484 76 -
Rwork0.443 1332 -
obs--88.5 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.0635 Å / Origin y: 19.4937 Å / Origin z: 24.972 Å
111213212223313233
T0.2508 Å2-0.0477 Å2-0.0123 Å2-0.0786 Å20.0347 Å2--0.0285 Å2
L0.0343 °20.0487 °20.1296 °2-0.0816 °20.1639 °2--0.8198 °2
S0.0563 Å °-0.0476 Å °-0.0152 Å °0.0395 Å °-0.0774 Å °-0.0317 Å °0.1716 Å °-0.1459 Å °0.0211 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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