PDB-5c8x: ZHD-Intermediate complex after ZHD crystal soaking in ZEN for 20min

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c8x

タイトル

ZHD-Intermediate complex after ZHD crystal soaking in ZEN for 20min

要素

Zearalenone hydrolase

キーワード

HYDROLASE / lactonase / alpha-beta fold / zearalenone degrade intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / response to toxic substance / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clonostachys rosea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hu, X.-J. / Qi, Q. / Yang, W.-J.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Chinese High-tech Research and Development program	2013AA102803B	中国
Chinese High-tech Research and Development program	2014AA021301	中国
the 973 Program of the Ministry of Science and Technology of China	2009CB918602	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Case Study of Lactonase ZHD
著者: Ming, D.-M. / Qi, Q. / Yang, W.-J. / Sun, K.-L. / Xu, T.-Y. / Huang, Q. / Hu, X.-J. / Lv, H.

履歴

登録	2015年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c8x.cif.gz	233.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c8x.ent.gz	188.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c8x_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c8x_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5c8x_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	5c8x_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c7yC 5c81C 5c8z C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c7y-d 5c81-d 6jrb-d 5xmw-d 5c8z-d 5xo6-1 6jrd-d 6jr5-d 6jr2-d 6jr9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Zearalenone hydrolase

B: Zearalenone hydrolase

ヘテロ分子

62.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.580, 89.030, 113.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Zearalenone hydrolase 分子量: 31018.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clonostachys rosea (菌類) / 遺伝子: zhd101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NKB0
#2: 化合物	ChemComp-ZFR / (1E,10S)-1-(3,5-dihydroxyphenyl)-10-hydroxyundec-1-en-6-one / (2S,10E)-2-ヒドロキシ-11-(3,5-ジヒドロキシフェニル)-10-ウンデセン-6-オン分子量: 292.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	ZFR and FMT are used to simulate the intermediate in the crystal structure.
配列の詳細	The strain of Clonostachys rosea is different from UNP Q8NKB0.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1.2 M ammonium dibasic phosphate, 200 mM KCl, 100 mM imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 70514 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.8→47.744 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1684	3510	4.98 %	Random selection
R_work	0.1502	-	-	-
obs	0.1511	70440	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.744 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4082	0	56	336	4474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4458
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.072	6117
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.445	1613
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	806

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8247	0.2041	136	0.1665	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8247-1.8507	0.1924	153	0.1488	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8507-1.8784	0.1567	138	0.1432	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8784-1.9077	0.1966	132	0.1354	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9077-1.939	0.1664	132	0.1328	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9724	0.1624	154	0.132	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9724-2.0083	0.1488	132	0.1332	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0083-2.0469	0.1773	151	0.1416	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0469-2.0887	0.1802	143	0.137	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0887-2.1341	0.1554	147	0.1397	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1838	0.1451	149	0.1356	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1838-2.2384	0.1751	138	0.1379	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2384-2.2989	0.1787	144	0.1422	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2989-2.3665	0.1652	120	0.146	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3665-2.4429	0.1824	144	0.1439	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5302	0.1494	125	0.1451	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5302-2.6315	0.1713	133	0.1495	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6315-2.7513	0.1697	140	0.1466	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7513-2.8963	0.1432	124	0.145	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8963-3.0778	0.1659	152	0.1509	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0778-3.3153	0.1572	130	0.1446	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3153-3.6489	0.1769	137	0.1448	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6489-4.1766	0.1607	149	0.1495	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1766-5.261	0.166	140	0.1701	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
5.261-47.7605	0.1872	167	0.1908	2863	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -18.2952 Å / Origin y: 15.9064 Å / Origin z: 5.588 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0818 Å²	0.0004 Å²	-0.0027 Å²	-	0.1144 Å²	0.0211 Å²	-	-	0.1161 Å²
L	0.2095 °²	-0.0346 °²	-0.0649 °²	-	0.6218 °²	0.4384 °²	-	-	0.6862 °²
S	0.0139 Å °	-0.0153 Å °	-0.0121 Å °	0.0025 Å °	0.0054 Å °	-0.0218 Å °	-0.0067 Å °	-0.0218 Å °	-0.02 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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