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- PDB-5c7w: 5'-monophosphate Z:P Guanine Riboswitch bound to hypoxanthine. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c7w
タイトル5'-monophosphate Z:P Guanine Riboswitch bound to hypoxanthine.
要素5'-monophosphate Z:P guanine riboswitch
キーワードRNA / expanded RNA / riboswitch / Unnatural base pair
機能・相同性HYPOXANTHINE / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Hernandez, A.R. / Shao, Y. / Hoshika, S. / Yang, Z. / Shelke, S.A. / Herrou, J. / Kim, H.-J. / Kim, M.-J. / Piccirilli, J.A. / Benner, S.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-13-1-0004 米国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)NNX10AT28G 米国
Templeton World Charitable Fund 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: A Crystal Structure of a Functional RNA Molecule Containing an Artificial Nucleobase Pair.
著者: Hernandez, A.R. / Shao, Y. / Hoshika, S. / Yang, Z. / Shelke, S.A. / Herrou, J. / Kim, H.J. / Kim, M.J. / Piccirilli, J.A. / Benner, S.A.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月1日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-monophosphate Z:P guanine riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,97610
ポリマ－21,5511
非ポリマー1,4259
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.180, 52.180, 274.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: RNA鎖 5'-monophosphate Z:P guanine riboswitch


分子量: 21550.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 1000, 240 mM NH4OAc, 10 mM K-HEPES, 10 mM Co(NH3)6Cl3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→44.59 Å / Num. obs: 4107 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.54 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 3.22→3.34 Å / 冗長度: 8.95 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALAデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FE5

4fe5


解像度: 3.22→42.923 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2797 220 5.36 %Random selection
Rwork0.2277 ---
obs0.2308 3887 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→42.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1428 66 0 1494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8022618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.134837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0169
LS精密化 シェル解像度: 3.2204→4.0569 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3071 109 -
Rwork0.2335 1861 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.5373 Å / Origin y: -11.246 Å / Origin z: 4.2317 Å
111213212223313233
T0.9364 Å2-0.1644 Å2-0.115 Å2-0.4938 Å2-0.0494 Å2--0.825 Å2
L1.4356 °2-1.6881 °20.5383 °2-3.1439 °2-0.1706 °2--1.2401 °2
S0.2268 Å °0.0051 Å °0.051 Å °0.0529 Å °-0.0878 Å °-1.0337 Å °0.2506 Å °-0.0281 Å °0.3173 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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