PDB-5c73: ATP-driven lipid-linked oligosaccharide flippase PglK in outward-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c73

タイトル

ATP-driven lipid-linked oligosaccharide flippase PglK in outward-occluded conformation

要素

Protein glycosylation K

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter flippase

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type lipopolysaccharide transporter / lipopolysaccharide floppase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / protein N-linked glycosylation / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 5.9 Å

データ登録者

Perez, C. / Locher, K.P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of an active lipid-linked oligosaccharide flippase.
著者: Perez, C. / Gerber, S. / Boilevin, J. / Bucher, M. / Darbre, T. / Aebi, M. / Reymond, J.L. / Locher, K.P.

履歴

登録	2015年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c73.cif.gz	966.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c73.ent.gz	767.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/5c73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/5c73	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5c76C 5c78SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6msm-d 0611 6a6m-1 6hrc-1 4jtz-d 6o2p-d 6s7p-d 3b60-2 6ce1-1 6uy0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

C: Protein glycosylation K

K: Protein glycosylation K

A: Protein glycosylation K

B: Protein glycosylation K

G: Protein glycosylation K

F: Protein glycosylation K

388 kDa, 6 ポリマー
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1

C: Protein glycosylation K

K: Protein glycosylation K

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Protein glycosylation K

B: Protein glycosylation K

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3

G: Protein glycosylation K

F: Protein glycosylation K

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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.030, 200.030, 693.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain C and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )
2	1	chain K and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )
3	1	chain A and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )
4	1	chain B and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )
5	1	chain G and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )
6	1	chain F and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	LEU	LEU	chain C and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	C	A	1 - 88	1 - 88
1	2	ASN	ASN	CYS	CYS	chain C and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	C	A	90 - 269	90 - 269
1	3	ASP	ASP	LYS	LYS	chain C and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	C	A	285 - 564	285 - 564
2	1	MET	MET	LEU	LEU	chain K and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	K	B	1 - 88	1 - 88
2	2	ASN	ASN	CYS	CYS	chain K and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	K	B	90 - 269	90 - 269
2	3	ASP	ASP	LYS	LYS	chain K and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	K	B	285 - 564	285 - 564
3	1	MET	MET	LEU	LEU	chain A and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	A	C	1 - 88	1 - 88
3	2	ASN	ASN	CYS	CYS	chain A and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	A	C	90 - 269	90 - 269
3	3	ASP	ASP	LYS	LYS	chain A and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	A	C	285 - 564	285 - 564
4	1	MET	MET	LEU	LEU	chain B and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	B	D	1 - 88	1 - 88
4	2	ASN	ASN	CYS	CYS	chain B and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	B	D	90 - 269	90 - 269
4	3	ASP	ASP	LYS	LYS	chain B and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	B	D	285 - 564	285 - 564
5	1	MET	MET	LEU	LEU	chain G and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	G	E	1 - 88	1 - 88
5	2	ASN	ASN	CYS	CYS	chain G and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	G	E	90 - 269	90 - 269
5	3	ASP	ASP	LYS	LYS	chain G and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	G	E	285 - 564	285 - 564
6	1	MET	MET	LEU	LEU	chain F and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	F	F	1 - 88	1 - 88
6	2	ASN	ASN	CYS	CYS	chain F and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	F	F	90 - 269	90 - 269
6	3	ASP	ASP	LYS	LYS	chain F and (resseq 1:88 or resseq 90:269 or resseq 285:564 )	F	F	285 - 564	285 - 564

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.190467, -0.088539, 0.977693), (-0.077191, -0.99149, -0.104826), (0.978654, -0.095435, 0.182012)	140.207001, -72.441704, -122.480003
2	given	(0.048284, -0.135657, 0.989579), (0.904585, 0.426055, 0.014269), (-0.423551, 0.894469, 0.143284)	144.054993, -54.637199, -144.516006
3	given	(-0.502668, 0.863692, -0.036899), (-0.85714, -0.503496, -0.108642), (-0.112411, -0.022984, 0.993396)	-21.764299, -14.7637, -2.3119
4	given	(-0.017807, 0.07946, 0.996679), (-0.822267, 0.56595, -0.059811), (-0.568823, -0.820602, 0.05526)	143.630005, -80.313103, -149.181
5	given	(-0.477969, -0.870262, -0.119118), (0.877562, -0.478955, -0.02209), (-0.037828, -0.115091, 0.992634)	-23.8603, 11.8426, -1.21709

#1: タンパク質	Protein glycosylation K / ATP-driven flippase PglK 分子量: 64587.676 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: pglK, wlaB, Cj1130c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P9C4, UniProt: O86150*PLUS, EC: 3.6.3.39

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: Na/K phosphate; NaCl; Ammonium sulfate; ADP; MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 5.9→30 Å / Num. obs: 32005 / % possible obs: 84.56 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 335.48 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.197 / R_rim(I) all: 0.201 / Χ²: 0.992 / Net I/σ(I): 12.97 / Num. measured all: 1600808

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
5.9-6.15		0.679	0.267	1.43	5431	6475	205	1.664	29.2
5.65-5.8		0.63	2.2	1.74	16255	6279	646	2.245	10.3
5.8-5.97		0.541	2.471	1.53	29950	6118	1140	2.519	18.6
5.97-6.15		0.549	2.623	1.43	45723	5950	1736	2.674	29.2
6.15-6.35		0.555	2.364	1.63	64844	5730	2496	2.411	43.6
6.35-6.58		0.525	2.723	1.34	97909	5620	3812	2.778	67.8
6.58-6.83		0.502	2.49	1.3	122069	5317	5256	2.547	98.9
6.83-7.1		0.704	1.984	1.94	148000	5238	5187	2.019	99
7.1-7.42		0.879	1.323	3.1	140758	4937	4923	1.346	99.7
7.42-7.78		0.93	0.9	4.49	131771	4727	4707	0.916	99.6
7.78-8.2		0.977	0.508	7.56	122133	4498	4489	0.518	99.8
8.2-8.7		0.984	0.358	10.04	109557	4310	4304	0.365	99.9
8.7-9.3		0.994	0.21	15.25	95695	3958	3954	0.214	99.9
9.3-10.05		0.998	0.149	23.13	108040	3760	3756	0.151	99.9
10.05-11.01		0.998	0.111	29.69	94878	3401	3399	0.113	99.9
11.01-12.31		0.999	0.102	30.67	82755	3126	3123	0.104	99.9
12.31-14.21		0.999	0.089	32.45	64565	2727	2713	0.091	99.5
14.21-17.4		0.999	0.076	41.84	65173	2297	2277	0.077	99.1
17.4-24.61		1	0.052	49.56	46730	1795	1783	0.053	99.3
	24.61	0.999	0.047	50.22	8572	977	424	0.049	43.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.9 Å	29.94 Å
Translation	5.9 Å	29.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C78

5c78

解像度: 5.9→29.938 Å / SU ML: 1.01 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3171	1624	5.07 %
R_work	0.2843	30381	-
obs	0.286	32005	84.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 843.63 Å² / B_iso mean: 368.9484 Å² / B_iso min: 112.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 5.9→29.938 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16752	0	0	0	16752
残基数	-	-	-	-	3384

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	16752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.861	23346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	3222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	3378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.745	3378

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	2713	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
1	2	K	2713	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
1	3	A	2713	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
1	4	B	2713	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
1	5	G	2713	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
1	6	F	2713	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
5.9002-6.0724	0.5219	29	0.4501	764	793	26
6.0724-6.2667	0.4364	61	0.4293	1095	1156	37
6.2667-6.4885	0.3962	74	0.4102	1672	1746	57
6.4885-6.7455	0.4153	147	0.3875	2752	2899	93
6.7455-7.0487	0.3828	143	0.3557	2938	3081	100
7.0487-7.4149	0.3368	159	0.3171	2990	3149	100
7.4149-7.8716	0.3137	166	0.2711	2944	3110	100
7.8716-8.4666	0.2487	156	0.2212	2978	3134	100
8.4666-9.2954	0.2631	170	0.2026	3002	3172	100
9.2954-10.588	0.2204	186	0.1869	3010	3196	100
10.588-13.149	0.2574	159	0.2448	3057	3216	99
13.149-29.9386	0.435	174	0.3793	3179	3353	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1353	0.0581	-0.6724	2.1002	0.7781	1.6329	-0.8458	1.0102	1.7658	-3.2416	-0.7758	-0.6229	-1.1907	-0.4613	-0.0627	2.4272	1.0249	-0.6395	2.5978	1.957	2.9317	35.7053	-39.0962	-120.898
2	4.2473	-3.394	3.7514	5.8166	-4.2475	3.7672	-1.3186	-0.6026	0.7429	-0.1278	0.3712	-0.0485	-0.5294	0.287	-0.2436	2.0046	1.2343	-1.1579	2.1031	1.6125	3.9379	-0.2525	-34.984	-131.0539
3	1.1346	-0.493	0.938	0.2457	-0.3529	0.4252	0.2796	0.2136	-1.3466	1.1059	-0.5674	-0.5381	0.0548	0.171	-0.4883	4.4521	-2.529	-1.0343	2.5791	-1.1471	4.4809	11.4042	-37.783	-112.0928
4	-0.9176	-0.3591	0.7767	-0.2658	-0.3837	0.3801	-0.053	-0.3638	-0.0523	0.1977	-0.9406	-1.954	0.1115	0.2988	0.0138	3.6821	1.7601	1.2098	-0.8778	0.6054	3.1717	23.5615	-43.8349	-129.3062
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 1 through 193 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 194 through 230 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 231 through 277 )	B
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 278 through 317 )	B
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 318 through 350 )	B
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 351 through 432 )	B
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 433 through 528 )	B
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 529 through 564 )	B
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 1 through 193 )	G
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 194 through 230 )	G
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 231 through 277 )	G
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 278 through 317 )	G
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 318 through 350 )	G
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 351 through 432 )	G
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 433 through 528 )	G
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 529 through 564 )	G
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 1 through 69 )	F
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 70 through 193 )	F
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 194 through 230 )	F
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 231 through 277 )	F
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 278 through 317 )	F
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 318 through 350 )	F
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 351 through 432 )	F
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 433 through 528 )	F
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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