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- PDB-5c70: The structure of Aspergillus oryzae beta-glucuronidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c70
タイトルThe structure of Aspergillus oryzae beta-glucuronidase
要素Glucuronidase
キーワードHYDROLASE / beta-glucuronidase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sun, H.L. / Lv, B. / Huang, S. / Sun, Q.F. / Li, C. / Jiang, T.
引用ジャーナル: Ind Eng Chem Res / 年: 2016
タイトル: Enhancing the Thermostability of beta-Glucuronidase by Rationally Redesigning the Catalytic Domain Based on Sequence Alignment Strategy
著者: Feng, X.D. / Tang, H. / Han, B.J. / Lv, B. / Li, C.
履歴
登録2015年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / pdbx_struct_oper_list / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_ec / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucuronidase
B: Glucuronidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9632
ポリマ－136,9632
非ポリマー00
水00
1
A: Glucuronidase
B: Glucuronidase

A: Glucuronidase
B: Glucuronidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,9254
ポリマ－273,9254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area14340 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area79210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.320, 110.320, 480.722
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Glucuronidase


分子量: 68481.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株: Li-3 / 遺伝子: Pgus / プラスミド: PET28A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A7XS03, beta-mannosidase
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS EU095019.1 FOR THIS SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1 M Succinic acid / PH範囲: 6.8-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.29996 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.29996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 32783 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Χ2: 2.141 / Net I/σ(I): 17.59 / Num. measured all: 421087
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.1-3.2112.70.47131551.39399.9
3.21-3.3413.30.39332021.529100
3.34-3.4913.10.30431761.851100
3.49-3.6813.10.25832412.073100
3.68-3.9113.20.22831982.135100
3.91-4.21130.19432322.334100
4.21-4.6312.90.17432722.50399.9
4.63-5.312.80.15932992.56999.9
5.3-6.6712.70.17333492.543100
6.67-5011.90.11836592.437100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 18.567 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 1641 5.1 %RANDOM
Rwork0.1976 ---
obs0.2003 30703 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.42 Å2 / Biso mean: 46.653 Å2 / Biso min: 23.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å21.01 Å20 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----3.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9320 0 0 0 9320
残基数----1172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0229560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.92613017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.19951167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70723.962472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.424151510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4371558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6541.55828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26629418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68933732
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9384.53599
LS精密化 シェル解像度: 3.101→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 123 -
Rwork0.259 2170 -
all-2293 -
obs--98.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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