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- PDB-5c65: Structure of the human glucose transporter GLUT3 / SLC2A3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c65
タイトルStructure of the human glucose transporter GLUT3 / SLC2A3
要素Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE TRANSPORTER / SUGAR TRANSPORT / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose transmembrane transporter activity / galactose transmembrane transport / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process / D-glucose import across plasma membrane / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport ...galactose transmembrane transporter activity / galactose transmembrane transport / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process / D-glucose import across plasma membrane / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / D-glucose binding / aggresome / D-glucose import / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / transport across blood-brain barrier / specific granule membrane / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / secretory granule membrane / cell projection / perikaryon / carbohydrate metabolic process / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose transporter, type 3 (GLUT3) / Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; ...Glucose transporter, type 3 (GLUT3) / Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Octyl Glucose Neopentyl Glycol / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Quigley, A. / Chu, A. / Tessitore, A. / Xia, X. / Mukhopadhyay, S. / Wang, D. / Kupinska, K. / Strain-Damerell, C. / Chalk, R. ...Pike, A.C.W. / Quigley, A. / Chu, A. / Tessitore, A. / Xia, X. / Mukhopadhyay, S. / Wang, D. / Kupinska, K. / Strain-Damerell, C. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Wellcome Trust092809/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the human glucose transporter GLUT3 / SLC2A3
著者: Pike, A.C.W. / Quigley, A. / Chu, A. / Tessitore, A. / Xia, X. / Mukhopadhyay, S. / Wang, D. / Kupinska, K. / Strain-Damerell, C. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / ...著者: Pike, A.C.W. / Quigley, A. / Chu, A. / Tessitore, A. / Xia, X. / Mukhopadhyay, S. / Wang, D. / Kupinska, K. / Strain-Damerell, C. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2015年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
B: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,13013
ポリマ-105,0392
非ポリマー6,09211
48627
1
A: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4188
ポリマ-52,5191
非ポリマー3,8997
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7125
ポリマ-52,5191
非ポリマー2,1934
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.550, 116.030, 99.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3 / Glucose transporter type 3 / brain / GLUT-3


分子量: 52519.262 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-474 / 変異: N43Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC2A3, GLUT3 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11169
#2: 化合物
ChemComp-37X / Octyl Glucose Neopentyl Glycol


分子量: 568.695 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C27H52O12
#3: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C31H50O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M citrate pH 5.5, 29% PEG400, 0.1M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→73.71 Å / Num. obs: 40188 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 82.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.139 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
xia20.3.6.3データ削減
Aimless0.5.9データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PYP
解像度: 2.65→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9045 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9089 / SU R Cruickshank DPI: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.391 / SU Rfree Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 2006 5 %RANDOM
Rwork0.2054 ---
obs0.2062 40153 99.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 102.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.1544 Å20 Å2-20.9043 Å2
2--1.7267 Å20 Å2
3---6.4277 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.485 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6786 0 418 27 7231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097365HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0210025HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3400SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1040HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7365HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1066SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9072SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 155 5.3 %
Rwork0.2275 2770 -
all0.2285 2925 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9030.3364-0.67482.0720.01573.28610.00330.1711-0.0451-0.5326-0.0491-0.0128-0.1028-0.28280.0458-0.0091-0.00580.081-0.3602-0.0037-0.1614Chain A-0.9508-7.3603-55.7809
23.95250.096-0.42231.41110.13074.79790.1801-1.19130.20650.0931-0.1168-0.0643-0.447-0.0117-0.0633-0.3635-0.10150.04980.1017-0.0933-0.3386Chain B-12.3027-6.1748-12.0055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1all{A|5 - 469}A5 - 469
2X-RAY DIFFRACTION2all{B|6 - 469}B6 - 469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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