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万見
- PDB-5c5z: Crystal structure analysis of c4763, a uropathogenic E. coli-spec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5z
タイトルCrystal structure analysis of c4763, a uropathogenic E. coli-specific protein
要素Glutamyl-tRNA amidotransferase
キーワードHYDROLASE / GGCT-like domain / urea / uropathogenic E. coli
機能・相同性allophanate hydrolase / allophanate hydrolase activity / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Hypothetical upf0131 protein ytfp / transferase activity / Roll / Alpha Beta / Allophanate hydrolase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kim, H. / Choi, J. / Kim, D. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Crystal structure analysis of c4763, a uropathogenic Escherichia coli-specific protein.
著者: Kim, H. / Choi, J. / Kim, D. / Kim, K.K.
履歴
登録2015年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl-tRNA amidotransferase
B: Glutamyl-tRNA amidotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2662
ポリマ－31,2662
非ポリマー00
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.628, 66.364, 69.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glutamyl-tRNA amidotransferase / Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A / Strain ECONIH1 / complete genome


分子量: 15632.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ECONIH1_22510, ERS451419_04892, SY51_21815 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B384(DE3) / 参照: UniProt: E2QI13
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 / 詳細: PEG 400, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.97883, 0.97923, 0.96000
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978831
20.979231
30.961
Reflection冗長度: 28.9 % / 数: 1394843 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 4.51 / D res high: 1.45 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 48282 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.123010.06110.29627.3
2.483.1210.0788.30429
2.172.4810.0926.46729.1
1.972.1710.1035.18829.2
1.831.9710.1283.97429.2
1.721.8310.1633.01829.2
1.631.7210.2072.40129.1
1.561.6310.2612.00329.1
1.51.5610.3171.71928.9
1.451.510.3891.53128.8
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 48241 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 13.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 2.764 / Net I/av σ(I): 64.6 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 697928
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.45-1.514.10.44647661.152100
1.5-1.5614.50.36247661.297100
1.56-1.6314.60.28847611.457100
1.63-1.7214.60.22347601.685100
1.72-1.8314.60.16747602.035100
1.83-1.9714.60.12448222.523100
1.97-2.1714.60.09547963.187100
2.17-2.4814.60.08248433.794100
2.48-3.1214.60.06748964.631100
3.12-3013.80.0550715.74999.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→24.721 Å / FOM work R set: 0.8916 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.55 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 1982 4.12 %Random
Rwork0.188 46140 --
obs0.1887 48122 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.44 Å2 / Biso mean: 16.42 Å2 / Biso min: 6.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→24.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 0 228 2211
Biso mean---22.47 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0842744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.688732
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4491-1.48530.21071340.17563220335498
1.4853-1.52550.21761390.17193232337199
1.5255-1.57040.1831380.171332423380100
1.5704-1.6210.1841410.1723261340299
1.621-1.6790.1631440.169732443388100
1.679-1.74620.20621430.176232963439100
1.7462-1.82560.21091380.177932373375100
1.8256-1.92180.19971460.175932963442100
1.9218-2.04220.19261400.171632993439100
2.0422-2.19980.19271420.17833113453100
2.1998-2.4210.20111390.187733133452100
2.421-2.77090.19291410.198133393480100
2.7709-3.48950.25281460.200433743520100
3.4895-24.72440.19751510.20233476362799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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