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- PDB-5c5k: Structure of the Pfr form of a canonical phytochrome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5k
タイトルStructure of the Pfr form of a canonical phytochrome
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / photosensor
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PHY domain / : / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...PHY domain / : / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / beta-D-glucopyranose / BILIVERDINE IX ALPHA / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Vierstra, R.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1329956 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Deinococcus Phytochrome in the Photoactivated State Reveals a Cascade of Structural Rearrangements during Photoconversion.
著者: Burgie, E.S. / Zhang, J. / Vierstra, R.D.
履歴
登録2015年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
C: Bacteriophytochrome
D: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,56511
ポリマ－226,9334
非ポリマー2,6327
水32418
1
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7536
ポリマ－113,4662
非ポリマー1,2864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area40800 Å2
手法PISA
2
C: Bacteriophytochrome
D: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8125
ポリマ－113,4662
非ポリマー1,3453
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area41040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.399, 192.747, 225.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質
Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 56733.230 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-502 / 変異: F469W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#5: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 24分子

#2: 化合物
ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 3350, sodium chloride, ethylene glycol, MOPS, ammonium acetate, fructose, glucose, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.31→48.8 Å / Num. obs: 55199 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 116.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.242 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 22.4 / Num. measured all: 1137231 / Scaling rejects: 1557
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.31-3.4821.13.6161.49409944640.4690.79399.6
14.34-48.815.50.056124.9125758120.9970.01596.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O9C and 4Q0J

2o9c

4q0j


解像度: 3.31→48.8 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1884 3.64 %
Rwork0.1963 --
obs0.1976 51713 87.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14715 0 192 18 14925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60221010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1769113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3097-3.39920.427310.3602737X-RAY DIFFRACTION17
3.3992-3.49910.3542880.31842243X-RAY DIFFRACTION52
3.4991-3.61210.32441270.29013321X-RAY DIFFRACTION77
3.6121-3.74110.33941560.28424159X-RAY DIFFRACTION96
3.7411-3.89080.26171630.25494301X-RAY DIFFRACTION100
3.8908-4.06780.23061610.21674309X-RAY DIFFRACTION100
4.0678-4.28220.21091630.1974302X-RAY DIFFRACTION100
4.2822-4.55030.19621630.17764334X-RAY DIFFRACTION100
4.5503-4.90130.21961630.17414327X-RAY DIFFRACTION100
4.9013-5.3940.22571640.18944365X-RAY DIFFRACTION100
5.394-6.17320.28031650.21414393X-RAY DIFFRACTION100
6.1732-7.77250.23811680.20524444X-RAY DIFFRACTION100
7.7725-48.80510.19321720.15654594X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81960.07360.29653.0038-1.53297.03350.2901-0.3695-0.24570.4174-0.0503-0.13230.35270.0613-0.22590.5644-0.10490.0140.7346-0.00750.439715.839-38.871112.6437
23.958-3.98260.84898.6052-3.21562.38030.36810.35521.03350.2160.01630.0667-0.8067-0.6037-0.42861.02060.20110.19171.2150.17220.80953.1662-8.005-8.3704
34.83581.80830.4896.6189-1.45765.41570.22930.6896-0.2399-0.6659-0.1788-0.02490.2504-0.0053-0.08020.69550.12180.02561.20590.15570.296835.9787-40.1871-25.5499
41.51290.76370.22784.51911.11621.84250.4604-0.29080.65640.1317-0.3498-0.1085-0.86710.3216-0.11451.0054-0.16340.26781.15970.04070.721444.7223-14.9477-1.2182
56.29493.86652.867.2294.50886.53490.0278-0.2736-0.09320.44460.17990.72930.0771-1.1997-0.16331.08050.35030.23741.57620.92371.6976-20.47962.7384-31.4699
61.20790.7179-0.26623.9701-0.47225.6244-0.03050.14340.1809-0.35690.78910.8681-0.8812-0.4664-0.76511.09750.19640.21661.80150.91011.8288-15.738210.5598-48.7625
78.77593.3935-3.62223.9882-2.34694.0536-0.1273-0.5266-0.34370.03030.56110.4488-0.24860.12-0.37141.2054-0.14220.0261.31310.41770.738813.753718.7439-64.9148
81.9554-0.3837-0.15942.90381.05673.6007-0.0673-0.2513-0.4036-0.24030.3890.89480.7125-0.448-0.25081.6516-0.5061-0.44151.77070.82741.7595-13.9281-18.435-71.9392
96.2038-1.49273.07763.2977-2.17234.1056-0.63440.70280.5394-0.76270.48430.56510.24360.37590.08151.35330.1401-0.03571.54850.5470.920419.3518-19.8697-50.5879
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 298 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 299 through 502 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 7 through 136 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 137 through 502 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 7 through 109 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 110 through 298 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 299 through 503 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 7 through 298 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 299 through 502 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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