PDB-5c5g: Crystal Structure of Aspergillus clavatus Sph3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c5g

タイトル

Crystal Structure of Aspergillus clavatus Sph3

要素

spherulin-4

キーワード

HYDROLASE / spherulin / (beta/alpha) barrel / glycoside hydrolase

機能・相同性

Spherulation-specific family 4 / Spherulation-specific family 4 / Cell surface spherulin 4-like protein

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus clavatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.248 Å

データ登録者

Bamford, N.C. / Little, D.J. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Sph3 Is a Glycoside Hydrolase Required for the Biosynthesis of Galactosaminogalactan in Aspergillus fumigatus.
著者: Bamford, N.C. / Snarr, B.D. / Gravelat, F.N. / Little, D.J. / Lee, M.J. / Zacharias, C.A. / Chabot, J.C. / Geller, A.M. / Baptista, S.D. / Baker, P. / Robinson, H. / Howell, P.L. / Sheppard, D.C.

履歴

登録	2015年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c5g.cif.gz	153.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c5g.ent.gz	130.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c5g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c5g_validation.pdf.gz	419.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c5g_full_validation.pdf.gz	419.3 KB	表示
XML形式データ	5c5g_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	5c5g_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d6tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d6t-d 6uax-2 5f8b-d 3ceu-1 5xft-d 1m9h-d 4oc7-d 4k6i-d 5j4u-d 4rmd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: spherulin-4

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.748, 60.205, 98.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	spherulin-4 / cell surface Spherulin-4 like protein / SPH3 分子量: 28254.932 Da / 分子数: 1 / 断片: spherulin-4 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus clavatus (カビ) / 株: ATCC 1007 / CBS 513.65 / DSM 816 / NCTC 3887 / NRRL 1 / 遺伝子: ACLA_035820 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1CJQ5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.09 M HEPES:NaOH pH 7.5, 1.26 M sodium citrate, and 10% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	93	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	0.9792
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	1.075

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2014年8月30日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2014年8月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	1.075	1

反射

解像度: 1.248→50 Å / Num. obs: 141016 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 52.5

反射シェル

解像度: 1.248→1.29 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.248→40.748 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1663	10419	7.39 %
R_work	0.1481	130597	-
obs	0.1495	141016	98.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.04 Å² / B_iso mean: 17.2382 Å² / B_iso min: 7.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.248→40.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1981	0	20	227	2228
B_iso mean	-	-	22.82	26.75	-
残基数	-	-	-	-	254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.217	2790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.165	729

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2476-1.2617	0.2595	312	0.2579	3892	4204	89
1.2617-1.2766	0.2873	344	0.2466	4267	4611	96
1.2766-1.2921	0.2568	344	0.2382	4333	4677	98
1.2921-1.3085	0.2506	337	0.2352	4227	4564	97
1.3085-1.3257	0.251	348	0.2159	4294	4642	98
1.3257-1.3439	0.2224	345	0.2135	4365	4710	97
1.3439-1.3631	0.2445	350	0.2046	4331	4681	97
1.3631-1.3834	0.1929	345	0.1875	4300	4645	98
1.3834-1.405	0.1771	344	0.1813	4347	4691	97
1.405-1.4281	0.1976	350	0.1834	4351	4701	99
1.4281-1.4527	0.1917	340	0.1633	4283	4623	98
1.4527-1.4791	0.1625	359	0.1568	4378	4737	99
1.4791-1.5076	0.1673	346	0.1543	4354	4700	98
1.5076-1.5384	0.172	350	0.1447	4383	4733	98
1.5384-1.5718	0.1668	348	0.1426	4359	4707	99
1.5718-1.6084	0.1548	352	0.1409	4365	4717	99
1.6084-1.6486	0.1583	353	0.1339	4377	4730	99
1.6486-1.6932	0.1667	346	0.1362	4389	4735	99
1.6932-1.743	0.1537	352	0.1407	4410	4762	99
1.743-1.7992	0.1499	341	0.1375	4400	4741	99
1.7992-1.8636	0.1553	352	0.1433	4429	4781	100
1.8636-1.9382	0.141	351	0.1331	4408	4759	100
1.9382-2.0264	0.1541	343	0.1317	4421	4764	100
2.0264-2.1332	0.1367	351	0.1318	4430	4781	100
2.1332-2.2668	0.1609	352	0.1305	4402	4754	100
2.2668-2.4418	0.1482	352	0.1316	4395	4747	100
2.4418-2.6875	0.164	352	0.1411	4442	4794	100
2.6875-3.0763	0.1609	345	0.1495	4417	4762	100
3.0763-3.8754	0.1666	361	0.1416	4429	4790	100
3.8754-40.7694	0.16	354	0.1405	4419	4773	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.17	-0.5596	1.3093	1.4351	-2.2481	6.6191	0.0314	0.0059	-0.1486	-0.1788	-0.1369	-0.0484	0.3201	0.0214	0.0278	0.1107	-0.0022	0.0269	0.0931	-0.0116	0.1355	31.3662	29.3212	62.8118
2	2.2545	0.778	-0.4261	3.9095	-0.6954	5.1724	0.034	0.0069	-0.2238	-0.0739	0.0043	0.1165	0.4827	-0.1592	-0.0215	0.0985	-0.0124	-0.0232	0.0896	0.0073	0.1136	26.027	26.4339	61.0555
3	1.4997	0.2211	0.7059	2.6498	-0.2801	1.747	0.0241	0.0682	-0.036	-0.252	-0.0021	0.0178	0.0108	0.0098	-0.0296	0.0889	0.0089	0.008	0.0954	-0.0001	0.0718	23.7892	41.4998	54.9569
4	3.5844	1.1841	2.3975	1.766	0.4441	2.8387	-0.0351	-0.0347	0.0521	-0.0996	0.0185	0.0478	-0.0816	-0.1259	0.0148	0.0788	0.0146	0.0173	0.0825	0.0085	0.0639	22.5054	48.0538	59.9413
5	3.9042	4.1337	2.9087	4.8271	2.6971	3.3029	-0.1324	-0.2222	0.4403	0.1028	-0.0232	0.1999	-0.1433	-0.0737	0.1728	0.125	0.0203	-0.0079	0.1057	-0.026	0.1584	24.702	54.9869	69.9252
6	4.0223	0.4533	1.3045	0.9665	0.0803	1.2343	0.0766	-0.0128	0.0031	0.0312	-0.0386	-0.002	-0.0082	-0.0938	-0.0308	0.0918	-0.0001	0.0006	0.1032	0.0104	0.0894	26.1399	44.9506	67.9805
7	1.2826	-0.5789	-0.0559	1.2689	-0.064	1.3877	0.054	-0.0611	0.1293	-0.0063	-0.0832	-0.1412	-0.0269	0.0884	0.0239	0.0744	-0.0185	-0.0087	0.0991	0.0155	0.1069	39.5601	42.0912	70.5325
8	1.3881	-0.6761	-0.6457	1.3188	1.4024	2.9389	0.0149	-0.0953	0.0678	0.0511	-0.0036	-0.1221	-0.0356	0.1417	-0.0029	0.1083	-0.0163	0.0019	0.0889	0.0221	0.1159	40.1814	38.9077	75.2984
9	2.508	-1.2614	-0.2478	3.796	0.0799	1.5763	0.0803	0.0524	-0.0684	-0.0448	-0.0827	-0.1206	0.1834	0.1312	0.0535	0.0745	0.0241	-0.0045	0.0829	0.0222	0.09	43.9671	24.7603	68.0895
10	1.0987	-0.0558	-0.2686	1.9302	-0.2195	3.4154	0.0264	0.0355	-0.0472	-0.1205	-0.0753	-0.0401	0.2229	0.116	0.06	0.0792	0.0236	-0.0006	0.085	0.0151	0.089	37.386	28.8921	62.5383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 73 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 92 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 135 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 136 through 173 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 174 through 189 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 190 through 208 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 209 through 230 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 231 through 253 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 254 through 272 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 273 through 304 )	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)