+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c5g | ||||||
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Title | Crystal Structure of Aspergillus clavatus Sph3 | ||||||
Components | spherulin-4 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / spherulin / (beta/alpha) barrel / glycoside hydrolase | ||||||
Function / homology | Spherulation-specific family 4 / Spherulation-specific family 4 / Cell surface spherulin 4-like protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Aspergillus clavatus (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.248 Å | ||||||
Authors | Bamford, N.C. / Little, D.J. / Howell, P.L. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015 Title: Sph3 Is a Glycoside Hydrolase Required for the Biosynthesis of Galactosaminogalactan in Aspergillus fumigatus. Authors: Bamford, N.C. / Snarr, B.D. / Gravelat, F.N. / Little, D.J. / Lee, M.J. / Zacharias, C.A. / Chabot, J.C. / Geller, A.M. / Baptista, S.D. / Baker, P. / Robinson, H. / Howell, P.L. / Sheppard, D.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c5g.cif.gz | 153.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c5g.ent.gz | 130.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c5g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5c5g_validation.pdf.gz | 419.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5c5g_full_validation.pdf.gz | 419.3 KB | Display | |
Data in XML | 5c5g_validation.xml.gz | 12.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5c5g_validation.cif.gz | 18.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5g | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28254.932 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: spherulin-4 domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aspergillus clavatus (mold) Strain: ATCC 1007 / CBS 513.65 / DSM 816 / NCTC 3887 / NRRL 1 Gene: ACLA_035820 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A1CJQ5 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.09 M HEPES:NaOH pH 7.5, 1.26 M sodium citrate, and 10% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.248→50 Å / Num. obs: 141016 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 52.5 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.248→1.29 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 97.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.248→40.748 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 15.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.04 Å2 / Biso mean: 17.2382 Å2 / Biso min: 7.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.248→40.748 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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