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万見
- PDB-5c4v: Ski-like protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c4v
タイトルSki-like protein
要素
  • Mothers against decapentaplegic homolog 4
  • Ski-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / activin responsive factor complex / atrioventricular valve formation / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer ...: / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / activin responsive factor complex / atrioventricular valve formation / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / muscle structure development / sebaceous gland development / SMAD protein complex / epithelial cell migration / positive regulation of luteinizing hormone secretion / formation of anatomical boundary / RUNX2 regulates bone development / heteromeric SMAD protein complex / filamin binding / regulation of transforming growth factor beta2 production / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / lymphocyte homeostasis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of hair follicle development / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / response to transforming growth factor beta / secondary palate development / neuron fate specification / brainstem development / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / atrioventricular canal development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / lens fiber cell differentiation / sulfate binding / cardiac conduction system development / Germ layer formation at gastrulation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / SMAD protein signal transduction / Formation of definitive endoderm / response to growth factor / Signaling by Activin / activin receptor signaling pathway / Signaling by NODAL / outflow tract septum morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / blastocyst formation / I-SMAD binding / TGFBR3 expression / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Cardiogenesis / endothelial cell activation / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of axonogenesis / adrenal gland development / embryonic digit morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / neural crest cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / ventricular septum morphogenesis / seminiferous tubule development / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / uterus development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / R-SMAD binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of cell differentiation / developmental growth / anatomical structure morphogenesis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / BMP signaling pathway / single fertilization / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / ovarian follicle development / skeletal muscle tissue development / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / collagen binding / extrinsic apoptotic signaling pathway / ERK1 and ERK2 cascade / response to cytokine / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ciliary tip / acrosomal vesicle / axon guidance / transcription corepressor binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity
類似検索 - 分子機能
SAND domain-like / c-SKI SMAD4-binding domain / Transcription regulator SKI/SnoN / c-SKI Smad4 binding domain / c-SKI Smad4 binding domain / SKI/SNO/DAC domain / Ski-like, DNA-binding domain superfamily / SKI/SNO/DAC Dachshund homology domain / SAND domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 ...SAND domain-like / c-SKI SMAD4-binding domain / Transcription regulator SKI/SnoN / c-SKI Smad4 binding domain / c-SKI Smad4 binding domain / SKI/SNO/DAC domain / Ski-like, DNA-binding domain superfamily / SKI/SNO/DAC Dachshund homology domain / SAND domain / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SAND-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / Putative DNA-binding domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Roll / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Ski-like protein / SMAD family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wallden, K. / Nyman, T. / Hallberg, B.M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: SnoN Stabilizes the SMAD3/SMAD4 Protein Complex.
著者: Wallden, K. / Nyman, T. / Hallberg, B.M.
履歴
登録2015年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 4
C: Mothers against decapentaplegic homolog 4
E: Mothers against decapentaplegic homolog 4
B: Ski-like protein
D: Ski-like protein
F: Ski-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,14112
ポリマ－128,7366
非ポリマー4066
水2,342130
1
A: Mothers against decapentaplegic homolog 4
B: Ski-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1876
ポリマ－42,9122
非ポリマー2754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Mothers against decapentaplegic homolog 4
D: Ski-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9773
ポリマ－42,9122
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Mothers against decapentaplegic homolog 4
F: Ski-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9773
ポリマ－42,9122
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.540, 122.830, 51.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13C
23E
14B
24D
15B
25F
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAHISHISAA319 - 54128 - 250
21ALAALAHISHISCB319 - 54128 - 250
12ALAALAHISHISAA319 - 54128 - 250
22ALAALAHISHISEC319 - 54128 - 250
13ALAALATHRTHRCB319 - 54228 - 251
23ALAALATHRTHREC319 - 54228 - 251
14PHEPHEMETMETBD262 - 35126 - 115
24PHEPHEMETMETDE262 - 35126 - 115
15PHEPHEGLUGLUBD262 - 35326 - 117
25PHEPHEGLUGLUFF262 - 35326 - 117
16PHEPHEMETMETDE262 - 35126 - 115
26PHEPHEMETMETFF262 - 35126 - 115

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 4 / Mothers against DPP homolog 4 / Deletion target in pancreatic carcinoma 4 / SMAD family member 4 / hSMAD4


分子量: 28294.082 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 314-549 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD4, DPC4, MADH4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: Q13485
#2: タンパク質 Ski-like protein / Ski-related oncogene / Ski-related protein


分子量: 14617.815 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 238-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKIL, SNO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: P12757

-
非ポリマー , 4種, 136分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.8-3.3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.835
11-1/2H+3/2K, -1/2H-1/2K, L20.165
反射解像度: 2.6→40.3 Å / Num. obs: 39718 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.6→40.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 5.86 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24212 1680 4.2 %RANDOM
Rwork0.20775 ---
obs0.20923 37935 93.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.514 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.28 Å20 Å2-3.56 Å2
2---12.94 Å20 Å2
3---23.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6688 0 11 130 6829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0196881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.026302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.9369335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.616314473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8865849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89723.229319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.666151077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7151544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0217842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3684.0113417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.364.013416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.686.0044256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6816.0054257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1484.1093464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1484.1093464
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.296.0865079
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.92936.90827596
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.92936.90827596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A217600.1
12C217600.1
21A217620.11
22E217620.11
31C219720.09
32E219720.09
41B81200.13
42D81200.13
51B72300.15
52F72300.15
61D69300.15
62F69300.15
LS精密化 シェル解像度: 2.572→2.639 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 58 -
Rwork0.349 1583 -
obs--53.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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