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- PDB-5c3g: Crystal structure of Bcl-xl bound to BIM-MM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c3g
タイトルCrystal structure of Bcl-xl bound to BIM-MM
要素
  • Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1
  • Bcl-2-like protein 11
キーワードAPOPTOSIS / Complex / Bcl-2 Family / BH3 / Stapled Peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP1 inflammasome / synaptic vesicle recycling via endosome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / positive regulation of synaptic vesicle clustering / RAS processing / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription ...The NLRP1 inflammasome / synaptic vesicle recycling via endosome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / positive regulation of synaptic vesicle clustering / RAS processing / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / developmental pigmentation / BH domain binding / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / dendritic cell proliferation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of mononuclear cell proliferation / meiosis I / mammary gland development / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / tube formation / regulation of organ growth / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / cellular response to glucocorticoid stimulus / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / FOXO-mediated transcription of cell death genes / regulation of long-term synaptic depression / response to cycloheximide / clathrin binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / positive regulation of ATP biosynthetic process / NRAGE signals death through JNK / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / thymocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / BH3 domain binding / germ cell development / odontogenesis of dentin-containing tooth / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / B cell homeostasis / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / endomembrane system / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / MDM2/MDM4 family protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / FLT3 Signaling / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of autophagy / mitochondrion organization / cell-matrix adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / post-embryonic development / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / kidney development / response to ischemia / mitochondrial membrane / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to virus / response to radiation / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Bcl-2-like protein 1 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Miles, J.A. / Yeo, D.J. / Rowell, P. / Rodriguez-Marin, S. / Pask, C.M. / Warriner, S.L. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Hydrocarbon constrained peptides - understanding preorganisation and binding affinity.
著者: Miles, J.A. / Yeo, D.J. / Rowell, P. / Rodriguez-Marin, S. / Pask, C.M. / Warriner, S.L. / Edwards, T.A. / Wilson, A.J.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1182
ポリマ－20,1182
非ポリマー00
水543
1
A: Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 11

A: Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2354
ポリマ－40,2354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.220, 106.220, 92.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X / Bcl-xl / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X / Bcl-xl


分子量: 17506.504 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-26,UNP residues 83-209 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Deletion mutation performed to remove flexible loop, removing residues 27-82. Numbering is correct in the pdb file.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Bcl2l1, Bcl2l, Bclx, BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64373, UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 2611.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 56-76 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% Peg 1500, 0.1M Sodium Acetate pH 5.5, 2.5M NaCl, 1.5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→45.99 Å / Num. obs: 11587 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.69 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FDL

3fdl


解像度: 2.45→34.769 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 581 5.02 %
Rwork0.2244 --
obs0.2268 11577 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→34.769 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1256 0 0 3 1259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6911754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.954459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4504-2.69690.37581550.29732646X-RAY DIFFRACTION97
2.6969-3.08690.31671330.27782686X-RAY DIFFRACTION97
3.0869-3.88830.28831380.24532753X-RAY DIFFRACTION98
3.8883-34.77210.24551550.19622911X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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