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- PDB-5c3e: Crystal structure of a transcribing RNA Polymerase II complex rev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c3e
タイトルCrystal structure of a transcribing RNA Polymerase II complex reveals a complete transcription bubble
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • (Synthetic DNA) x 2
  • Synthetic RNA
キーワードTRANSFERASE/DNA/RNA / protein-DNA complex / RNA Polyermase II / transcribing complex / TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of translational initiation / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translation initiation factor binding / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / mRNA processing / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / single-stranded DNA binding / ribosome biogenesis / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 ...RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Homeodomain-like / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Barnes, C.O. / Calero, M. / Malik, I. / Spahr, H. / Zhang, Q. / Pullara, F. / Kaplan, C.D. / Calero, G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM112686 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM097260 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008424 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of a Transcribing RNA Polymerase II Complex Reveals a Complete Transcription Bubble.
著者: Barnes, C.O. / Calero, M. / Malik, I. / Graham, B.W. / Spahr, H. / Lin, G. / Cohen, A.E. / Brown, I.S. / Zhang, Q. / Pullara, F. / Trakselis, M.A. / Kaplan, C.D. / Calero, G.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
R: Synthetic RNA
S: Synthetic DNA
U: Synthetic DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)546,38826
ポリマ－545,75115
非ポリマー63711
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)219.050, 390.940, 278.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II ...RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RNA polymerase II subunit 2 / B150 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P16370
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RNA polymerase II subunit B4 / B32 / DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPB4, YJL140W, J0654 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P20433
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II subunit B7 / B16


分子量: 20152.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPB7, YDR404C, D9509.22 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P34087
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA- ...RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P27999
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / B13.6 / DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38902

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20434
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20435
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20436
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22139
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40422

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#13: RNA鎖 Synthetic RNA


分子量: 2934.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 SU

#14: DNA鎖 Synthetic DNA


分子量: 13819.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 Synthetic DNA


分子量: 13766.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#16: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#17: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 6000, Ammonium Acetate, Sodium Acetate, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→195.47 Å / Num. all: 145314 / Num. obs: 145314 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 59.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.189 / Rrim(I) all: 0.373 / Rsym value: 0.319 / Net I/av σ(I): 1.896 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 515843
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-3.583.21.4130.542222130520.8541.4130.955.4
3.58-3.83.51.1130.663157180600.6511.1131.381.1
3.8-4.063.30.7710.962374189090.4580.7711.890.2
4.06-4.393.30.4641.564588193020.2810.4642.698.6
4.39-4.813.60.3361.965048179850.2010.3363.599.7
4.81-5.383.80.2862.361587163230.1690.2863.999.7
5.38-6.213.80.252.654846144560.1460.254.299.8
6.21-7.63.80.1952.946374122650.1140.1955.199.8
7.6-10.753.80.1453.63605395740.0850.1456.599.7
10.75-90.3633.60.1224.21959453880.0720.1226.799.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.2精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FKI

3fki


解像度: 3.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8855 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8633 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.412
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2197 3691 3.02 %RANDOM
Rwork0.2006 118525 --
obs0.2012 122114 96.43 %-
溶媒の処理Bsol: 100.971 Å2
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 134.22 Å2 / Biso min: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.3655 Å20 Å20 Å2
2--12.4017 Å20 Å2
3----21.7672 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31475 1033 11 0 32519
Biso mean--102.7 --
残基数----4025
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11903SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes873HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4650HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it33717HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4448SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact37640SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d33717HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg45839HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.66
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2866 240 3.13 %
Rwork0.2656 7423 -
all0.2663 7663 -
obs--82.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03620.5763-0.56552.99140.13180.0459-0.00980.00440.08020.01240.0022-0.0268-0.01420.03890.0076-0.03890.1520.0412-0.1608-0.06290.123578.642101.037-1.679
20.256-0.2653-0.30320.15230.332300.0019-0.00160.0017-0.00170.0056-0.00310.0062-0.0038-0.00750.01050.01040.010.0039-0.00060.03269.77369.819-1.396
30.0928-0.01760.05280.04730.0370.09450.00040.0056-0.003-0.0024-0.0012-0.00270.00160.00280.00080.0023-0.0065-0.00510.01020.00660.016261.48380.237-19.769
40.2286-0.0075-0.05840.0771-0.12040.1013-0.0001-0.0017-0.0094-0.004-0.001-0.00160.00420.00250.00110.01050.02950.00470.01080.00850.025186.56864.1431.328
50.2825-0.1246-0.03640.5547-0.14560.16070.0149-0.04180.06650.24970.00920.1609-0.0302-0.0162-0.0240.0812-0.01740.1113-0.0845-0.00540.049497.54942.69318.698
60.29850.22270.01660.668-0.03610.18520.03050.11850.3218-0.0117-0.0172-0.0022-0.07980.0686-0.0133-0.0209-0.01840.0088-0.11480.09260.2725130.87573.068-10.555
72.2029-0.19910.1030.19860.33180.33560.00030.05270.043-0.05430.0057-0.03350.02080.0188-0.0060.00210.0710.0817-0.01050.0919-0.0233113.56241.567-31.675
81.07470.08460.19140.54380.01870.4527-0.01350.01910.0620.0211-0.0280.0631-0.0959-0.10970.0415-0.07420.06440.05260.08990.1228-0.001193.07352.815-38.365
92.05140.71050.84491.0411-1.07030.8213-0.0033-0.00110.0029-0.00430.0042-0.01520.00760.027-0.00090.0376-0.0664-0.11520.02390.01270.0469152.15550.95337.092
100.41840.2939-0.42760-1.39440.90430.0024-0.01270.0013-0.008-0.0130.0377-0.00590.01340.01060.09260.02630.10830.0290.0496-0.020890.32725.39638.089
110.8826-0.00811.06310.5895-0.59830.6750.00310.0101-0.02880.0517-0.0092-0.03950.0156-0.00050.00610.03030.0078-0.02070.04510.0411-0.0426130.75816.56628.511
120.42971.0006-0.30870.8551-0.65880.26860.0001-0.0023-0.0036-0.0009-0.01290.0108-0.0024-0.00280.01280.0326-0.02970.00980.00890.00270.053775.41310.13410.023
131.2070.54830.12660.83051.13280.82340.0011-0.0121-0.00630.0086-0.00320.00320.0039-0.00070.00210.025-0.0091-0.00250.0239-0.00680.03794.53587.868-28.313
141.5133-0.56510.24790.3359-0.28710.09710.00070.0121-0.0062-0.0006-0.00020.0127-0.0034-0.0167-0.00050.0235-0.00140.02420.02220.00450.03293.10846.592-6.056
150.69860.71140.18320.59280.1450.2483-0.00050.0116-0.01-0.0244-0.00690.0106-0.0197-0.02560.00740.01040.0180.00440.01820.00090.064246.82449.052-4.749
160.3166-0.0653-0.03850.0636-0.11670.2546-0.0033-0.01070.0197-0.02740.008-0.0037-0.00710.0261-0.00470.00130.015-0.00720.01360.02680.013695.92555.254-13.18
170.06960.04930.02410.14670.03180.11340.00060.0031-0.00470.00040.0027-0.01260.00250.0052-0.00330.04270.0211-0.02310.0351-0.03720.074774.27136.766-14.785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1142 - A|1274 B|257 - B|325 B|352 - B|400 }A1142 - 1274
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1142 - A|1274 B|257 - B|325 B|352 - B|400 }B257 - 325
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|1142 - A|1274 B|257 - B|325 B|352 - B|400 }B352 - 400
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|237 - B|256 }B237 - 256
5X-RAY DIFFRACTION3{ B|328 - B|349 }B328 - 349
6X-RAY DIFFRACTION4{ B|501 - B|512 }B501 - 512
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|347 - A|808 B|20 - B|61 B|98 - B|121 }A347 - 808
8X-RAY DIFFRACTION5{ A|347 - A|808 B|20 - B|61 B|98 - B|121 }B20 - 61
9X-RAY DIFFRACTION5{ A|347 - A|808 B|20 - B|61 B|98 - B|121 }B98 - 121
10X-RAY DIFFRACTION6{ A|809 - A|1141 A|1275 - A|1394 E|2 - E|215 }A809 - 1141
11X-RAY DIFFRACTION6{ A|809 - A|1141 A|1275 - A|1394 E|2 - E|215 }A1275 - 1394
12X-RAY DIFFRACTION6{ A|809 - A|1141 A|1275 - A|1394 E|2 - E|215 }E2 - 215
13X-RAY DIFFRACTION7{ A|1395 - A|1453 B|1151 - B|1224 }A1395 - 1453
14X-RAY DIFFRACTION7{ A|1395 - A|1453 B|1151 - B|1224 }B1151 - 1224
15X-RAY DIFFRACTION8{ A|2 - A|346 }A2 - 346
16X-RAY DIFFRACTION9{ H|1 - H|146 }H1 - 146
17X-RAY DIFFRACTION10{ J|1 - J|66 J|101 - J|101 }J1 - 66
18X-RAY DIFFRACTION10{ J|1 - J|66 J|101 - J|101 }J101
19X-RAY DIFFRACTION11{ K|1 - K|115 }K1 - 115
20X-RAY DIFFRACTION12{ L|28 - L|70 L|101 - L|101 }L28 - 70
21X-RAY DIFFRACTION12{ L|28 - L|70 L|101 - L|101 }L101
22X-RAY DIFFRACTION13{ S|24 - S|37 U|2 - U|11 }S24 - 37
23X-RAY DIFFRACTION13{ S|24 - S|37 U|2 - U|11 }U2 - 11
26X-RAY DIFFRACTION14{ R|2 - R|10 U|12 - U|26 }R2 - 10
27X-RAY DIFFRACTION14{ R|2 - R|10 U|12 - U|26 }U12 - 26
28X-RAY DIFFRACTION15{ B|62 - B|97 B|122 - B|177 }B62 - 97
29X-RAY DIFFRACTION15{ B|62 - B|97 B|122 - B|177 }B122 - 177
30X-RAY DIFFRACTION16{ A|1801 - A|1804 I|201 - I|202 C|402 - C|402 B|1301 - B|1301 }A1801 - 1804
31X-RAY DIFFRACTION16{ A|1801 - A|1804 I|201 - I|202 C|402 - C|402 B|1301 - B|1301 }I201 - 202
32X-RAY DIFFRACTION16{ A|1801 - A|1804 I|201 - I|202 C|402 - C|402 B|1301 - B|1301 }C402
33X-RAY DIFFRACTION16{ A|1801 - A|1804 I|201 - I|202 C|402 - C|402 B|1301 - B|1301 }B1301
34X-RAY DIFFRACTION17{ U|27 - U|28 }U27 - 28
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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