PDB-5c31: Constitutively active Sin recombinase catalytic domain reveals tw...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c31

タイトル

Constitutively active Sin recombinase catalytic domain reveals two rotational intermediates

要素

Sin, putative plasmid resolvase dimer

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Serine recombinase / Site specific recombinase / Conformational flexibility

機能・相同性

機能・相同性情報

transposition / DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Trejo, C.S. / Rice, P.A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)	T32EB009412	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM086826	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM078450	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Snapshots of a molecular swivel in action
著者: Trejo, C.S. / Rock, R.S. / Star, W.M. / Boocock, M.R. / Rice, P.A.

履歴

登録	2015年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5c31.ent.gz	571.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5c31_validation.pdf.gz	534.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c31_full_validation.pdf.gz	584.9 KB	表示
XML形式データ	5c31_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	5c31_validation.cif.gz	76.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c32SC 5c34C 5c35C 2r0q 3pkz S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pkz-3 5c32-d 3pkz-1 5c35-1 3pkz-2 6ya0-1 2cay-1 5wkj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sin, putative plasmid resolvase dimer

B: Sin, putative plasmid resolvase dimer

C: Sin, putative plasmid resolvase dimer

D: Sin, putative plasmid resolvase dimer

E: Sin, putative plasmid resolvase dimer

F: Sin, putative plasmid resolvase dimer

G: Sin, putative plasmid resolvase dimer

H: Sin, putative plasmid resolvase dimer

I: Sin, putative plasmid resolvase dimer

J: Sin, putative plasmid resolvase dimer

K: Sin, putative plasmid resolvase dimer

L: Sin, putative plasmid resolvase dimer

ヘテロ分子

184 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sin, putative plasmid resolvase dimer

B: Sin, putative plasmid resolvase dimer

C: Sin, putative plasmid resolvase dimer

D: Sin, putative plasmid resolvase dimer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Sin, putative plasmid resolvase dimer

F: Sin, putative plasmid resolvase dimer

G: Sin, putative plasmid resolvase dimer

H: Sin, putative plasmid resolvase dimer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Sin, putative plasmid resolvase dimer

J: Sin, putative plasmid resolvase dimer

K: Sin, putative plasmid resolvase dimer

L: Sin, putative plasmid resolvase dimer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.589, 152.719, 193.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sin, putative plasmid resolvase dimer 分子量: 15151.384 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1-128 / 変異: R54E, I113V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: Sin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20384
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200mM HEPES, pH 7.0, 1.35M (NH4)2SO4, 5% PEG 200, 1mM DTT, 5% propylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 38364 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 82.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.204 / R_pim(I) all: 0.102 / R_rim(I) all: 0.216 / Χ²: 1.906 / Net I/av σ(I): 11.12 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 270396

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
3.1-3.15	5.7	0	1	1542	0.252	0.978	0.975	81.6
3.08-3.14	6.7			1915	0.311	0.909	0.997	99.4
3.14-3.2	7			1895	0.36	0.751	1.043	99.9
3.2-3.26	7			1892	0.466	0.649	1.083	99.9
3.26-3.33	7.1			1903	0.626	0.512	1.128	99.9
3.33-3.41	7.1	0.966		1915	0.703	0.386	1.169	100
3.41-3.5	7.2	0.758		1893	0.801	0.302	1.219	100	0.817
3.5-3.59	7.2	0.648		1914	0.843	0.258	1.252	100	0.698
3.59-3.7	7	0.547		1920	0.866	0.221	1.726	99.9	0.591
3.7-3.82	7.2	0.47		1914	0.918	0.187	1.387	100	0.506
3.82-3.95	7.3	0.349		1914	0.953	0.138	1.427	100	0.376
3.95-4.11	7.3	0.321		1953	0.956	0.127	1.593	100	0.345
4.11-4.3	7.3	0.277		1900	0.964	0.109	1.66	100	0.298
4.3-4.53	7.3	0.228		1934	0.973	0.09	1.796	100	0.245
4.53-4.81	7.3	0.183		1940	0.983	0.073	1.982	99.9	0.197
4.81-5.18	7.2	0.176		1951	0.984	0.07	1.935	100	0.19
5.18-5.7	7.2	0.186		1955	0.981	0.074	1.941	100	0.201
5.7-6.52	7.2	0.207		1987	0.979	0.083	2.15	100	0.223
6.52-8.21	7	0.135		2006	0.992	0.054	3.572	100	0.145
8.21-50	6.5	0.082		2121	0.996	0.034	7.564	100	0.089

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5C32

5c32

解像度: 3.1→49.754 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2863	3548	5.21 %
R_work	0.2273	64548	-
obs	0.2304	38364	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 312.22 Å² / B_iso mean: 94.4994 Å² / B_iso min: 33.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→49.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12152	0	105	40	12297
B_iso mean	-	-	134.55	64.62	-
残基数	-	-	-	-	1501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	12376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.354	16611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.016	1896
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	2129
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.224	4867

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1-3.1425	0.32	139	0.351	2572	2711	99
3.1425-3.1874	0.4383	137	0.3438	2543	2680	100
3.1874-3.2349	0.3494	143	0.3464	2570	2713	100
3.2349-3.2855	0.432	148	0.3574	2636	2784	100
3.2855-3.3393	0.39	136	0.3249	2523	2659	100
3.3393-3.3969	0.331	142	0.312	2602	2744	100
3.3969-3.4586	0.3336	143	0.3024	2625	2768	100
3.4586-3.5252	0.3559	139	0.2955	2531	2670	100
3.5252-3.5971	0.3252	144	0.2744	2622	2766	100
3.5971-3.6753	0.394	140	0.2992	2563	2703	100
3.6753-3.7607	0.2946	142	0.2803	2551	2693	100
3.7607-3.8548	0.2796	148	0.2331	2634	2782	100
3.8548-3.9589	0.3179	139	0.238	2556	2695	100
3.9589-4.0754	0.2814	144	0.234	2597	2741	100
4.0754-4.2069	0.2556	146	0.213	2562	2708	100
4.2069-4.3571	0.2774	142	0.2023	2621	2763	100
4.3571-4.5315	0.2497	143	0.1946	2545	2688	100
4.5315-4.7376	0.247	146	0.1812	2623	2769	100
4.7376-4.9871	0.2626	138	0.1924	2568	2706	100
4.9871-5.2993	0.2921	140	0.1911	2571	2711	100
5.2993-5.7079	0.2278	140	0.2059	2593	2733	100
5.7079-6.2813	0.296	138	0.2295	2577	2715	100
6.2813-7.1879	0.2885	147	0.2253	2603	2750	100
7.1879-9.047	0.2298	139	0.1832	2585	2724	100
9.047-49.7608	0.2457	145	0.1694	2575	2720	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7313	-5.4376	1.4669	8.6845	2.3417	9.4835	0.4076	1.7224	-0.8264	-0.1293	-1.0892	1.0385	0.8479	0.1062	0.5608	0.8871	0.1191	-0.1611	0.8374	-0.2263	0.8974	16.5442	-67.6778	-66.9293
2	5.0393	5.0672	-4.6506	5.6722	-3.8073	5.4626	-0.1791	-1.6209	3.7458	-0.1618	0.5784	2.0637	-0.1862	-1.0199	-0.449	1.1121	-0.0585	-0.4626	1.4139	-0.4215	1.9616	15.0705	-52.5241	-72.3203
3	6.2359	1.9526	3.4714	7.0708	1.5231	7.8028	0.5546	0.481	-0.2499	0.7916	-0.6082	1.2184	0.4179	-0.2069	0.0038	0.7314	0.0228	0.171	0.6345	-0.0768	0.8182	12.4383	-57.2723	-59.2461
4	4.3855	1.6833	2.2085	4.8093	5.0117	5.0953	-0.1678	-1.2149	-2.4072	2.3878	0.5655	1.2653	3.2562	0.7346	1.45	1.4651	0.2433	0.3355	1.0274	0.1736	1.1034	24.6708	-63.4501	-45.233
5	8.0898	-0.8982	-4.8085	5.634	2.7662	8.2596	-0.1431	0.6916	-0.3413	-0.4151	-0.5089	0.1859	-0.8147	-0.7677	0.4996	0.7342	0.1813	-0.1051	0.7215	-0.0098	0.7073	24.5679	-52.1199	-53.6418
6	6.65	3.2023	-2.8329	9.1833	-2.5691	1.9117	-0.2135	-0.4922	-0.369	0.2792	0.8461	-0.2007	0.0096	-1.9683	-0.5626	0.4588	0.1089	0.1627	0.6114	0.0001	0.5103	7.3758	-30.7784	-37.9723
7	9.5392	5.1777	-7.4548	3.2229	-2.6223	9.1343	0.054	-0.7775	-0.1794	-0.7711	-0.4512	-0.0494	-0.5807	0.721	0.1543	0.6922	-0.0262	0.0278	0.5331	-0.0049	0.4468	12.2471	-23.9697	-39.5273
8	6.6993	-1.7064	-2.1343	8.3888	4.2262	5.1631	-0.0165	0.3878	0.3488	0.0607	-0.017	1.2978	0.551	-0.7669	-0.0961	0.5283	-0.0828	0.0842	0.5097	-0.0339	0.6998	4.0755	-34.8302	-45.7236
9	5.8686	5.1782	-0.3092	7.3235	-3.8984	4.3921	0.4909	-0.0114	-1.0963	0.8517	-0.8935	-0.2088	0.6762	0.2473	0.4688	0.6014	0.2438	0.0966	0.4962	-0.0147	0.6102	13.2414	-38.2844	-38.9953
10	9.1267	-1.7243	3.6498	2.4276	1.3559	4.8491	0.6191	0.9203	-0.1231	-0.8172	0.1769	0.532	0.2719	0.2242	-0.671	0.6899	0.1085	0.0835	0.4995	-0.0039	0.6808	11.5378	-40.8002	-50.8489
11	2.6883	-1.9822	-4.226	0.9357	2.6303	8.1919	0.327	-0.4285	-0.207	-1.196	-0.5809	0.1351	-1.4188	2.113	0.8756	0.923	0.0902	-0.047	0.534	0.1423	0.7008	24.1509	-31.784	-51.2991
12	9.4637	-1.9108	-0.511	6.4827	3.0649	5.0027	-0.3326	-0.1601	-0.4353	0.7977	0.1988	-0.0142	0.3597	-0.0609	0.0162	0.5549	0.0968	0.0205	0.5742	0.0554	0.4685	21.6382	-43.3302	-45.5223
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56	5.9559	-3.9336	2.8271	4.8736	1.6001	5.8037	-0.0214	1.8197	-0.1812	0.5777	-0.3677	-0.1009	0.2202	-0.0643	0.3306	0.885	-0.2198	0.2081	0.938	0.078	0.7408	2.6787	-19.2671	9.9928
57	5.0978	-1.9305	-1.3131	8.348	-3.1743	7.4107	-0.5844	-1.3957	-0.1819	0.7725	-0.2684	0.3362	0.0831	-0.4385	0.5525	0.9999	-0.184	0.0588	0.8936	-0.0764	0.6135	-0.1145	-14.0944	12.4956
58	6.8043	0.5606	-4.1635	1.8017	0.0218	3.9647	-2.3624	0.836	-0.2389	-1.1891	0.7547	0.3136	5.1651	-1.4813	1.2976	1.3668	-0.2439	0.224	0.9968	-0.0791	0.9081	4.0476	-28.5541	1.8038
59	4.0774	-1.4081	-2.7822	4.8113	3.1708	7.1074	0.7908	-0.5135	-0.5885	-0.6336	-1.6381	0.7603	0.7572	-2.6009	0.0558	0.7191	-0.3282	0.2112	1.0126	0.0159	0.9023	-8.7338	-18.3414	2.8888
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61	4.8974	-6.4993	-4.5352	9.4837	5.9464	4.7411	0.8767	1.8161	-0.5161	0.0962	-1.7591	0.8181	-0.2422	-1.5574	0.8892	0.7435	-0.0668	-0.0796	0.8847	-0.0767	0.5965	-2.5134	-19.1836	-7.8265
62	4.368	5.022	-5.3374	5.4159	-5.4834	5.7874	0.3142	-0.6716	0.0002	0.4007	-0.9746	0.1177	-0.7261	-0.3554	0.6243	0.6339	-0.0157	-0.0548	0.9422	-0.148	0.6596	-2.702	-4.6588	-2.9881
63	7.0446	-4.9052	5.1898	6.8414	-4.7315	7.0235	0.1166	-0.7091	-0.3069	-0.3456	-0.0849	0.2168	0.5041	-0.4442	0.1676	0.5448	0.0263	0.0544	0.5807	0.0008	0.6417	5.4066	-10.2331	-9.2346
64	5.7786	3.4596	1.1978	3.4377	0.3137	9.1965	1.7164	-0.6104	-0.0666	-0.5885	-0.8422	-0.9606	0.8968	1.7222	-0.7313	1.9375	0.1744	0.536	0.6018	-0.3289	1.2995	13.4643	16.1794	-3.5596
65	6.0044	0.6488	2.6772	3.9451	0.8845	5.9229	3.115	2.7872	-3.0843	-2.2974	-0.8654	0.9118	-1.0742	-3.7662	-0.7888	1.1037	0.71	0.0915	2.6426	-0.5465	1.8877	-0.9397	20.2679	-12.5533
66	3.8686	4.3936	3.2375	7.3507	0.0793	8.4013	-0.1291	-1.3544	1.967	0.9596	-0.6643	1.597	-0.9091	-1.375	0.7387	1.355	-0.0047	0.1339	1.1228	-0.3312	1.2815	6.9203	17.915	-1.0937
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68	6.3944	1.6273	-1.812	8.2038	-2.8479	5.1745	0.8915	-0.3911	0.4323	-0.8377	0.3129	-0.8971	-0.6891	0.2773	-1.0502	1.4987	-0.1664	0.2496	0.7731	-0.2019	0.8167	15.7746	13.4549	-7.7375
69	4.7154	2.1144	-2.5358	8.1676	0.5317	1.978	0.1445	-0.7479	0.2522	0.2829	0.1077	0.1427	-0.6707	-0.1851	-0.2276	0.6401	0.0739	0.0121	0.6989	-0.0369	0.5579	13.7803	1.1119	-8.8905
70	4.2161	-3.9938	4.3887	3.892	-4.0099	4.6239	0.9296	1.1133	-1.2711	0.682	-0.2627	1.2691	-0.6416	1.5441	-0.5694	0.6175	-0.0451	0.0801	0.7672	-0.0294	0.9317	35.7409	-6.3447	-26.0288
71	3.3862	-2.1375	2.735	1.4939	-2.0282	2.8811	2.8614	-0.2099	-1.9681	2.9041	0.2719	-3.3342	5.7935	3.0822	-2.698	1.5323	0.1266	-0.4744	1.0949	0.0142	1.4107	40.0703	-21.6964	-18.513
72	5.1376	-3.6897	5.1143	5.3402	-5.3854	6.2838	0.0921	-0.4852	-0.0497	-0.7201	0.2244	-0.4117	1.6361	0.0433	-0.5257	0.7071	0.183	0.0393	0.6721	0.1607	0.7778	36.1473	-16.8177	-29.6472
73	6.0188	2.4913	7.2534	8.3377	4.2641	9.982	-0.0605	-0.7236	1.0192	-0.2583	-0.3536	0.1354	-0.094	-0.7246	0.0785	0.4993	0.0129	0.0034	0.6365	0.0382	0.6335	37.8317	-7.9204	-28.308
74	6.6073	-0.9631	-4.887	4.8891	0.7921	3.7669	0.2333	-3.169	2.7775	1.4182	1.6322	0.6321	-1.0999	3.4487	-1.6735	1.0507	-0.183	-0.024	1.2587	-0.0445	1.2093	38.5871	-9.3655	-10.7942
75	8.8346	-0.9146	-0.3463	5.1287	-0.3633	4.2334	-0.1213	-0.4502	0.6117	0.0419	-0.0199	-0.3926	-0.6015	0.4708	-0.0578	0.5591	-0.0842	0.0406	0.6353	0.0654	0.6444	33.3252	-4.5164	-21.5573
76	5.4027	3.6836	-4.7652	3.9985	-1.1236	6.867	0.8722	-1.1364	0.2988	0.9523	-0.1104	0.5016	-0.8287	-0.256	-0.566	0.6708	-0.0615	0.0689	0.6313	0.0571	0.5099	26.6912	-1.2234	-14.9195
77	7.5662	-1.079	0.803	1.1316	2.3747	3.1635	-0.22	0.7029	-0.1327	-0.4789	0.7144	1.7462	-0.396	0.0125	-0.6065	0.7778	-0.0542	-0.0285	0.7081	0.245	1.0087	20.1899	-6.4395	-28.1081
78	7.3568	-0.9919	2.9623	7.6736	0.429	6.0027	-0.2571	-0.6425	-0.1409	0.2938	0.2377	0.2218	0.4185	0.4625	-0.0525	0.4849	-0.0108	0.1162	0.5738	0.0729	0.6506	18.3809	-9.5461	-16.6936

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:33 )	A	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 34:43 )	A	34 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 44:90 )	A	44 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 91:102 )	A	91 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 103:126 )	A	103 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1:14 )	B	1 - 14
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 15:25 )	B	15 - 25
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 26:61 )	B	26 - 61
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 62:70 )	B	62 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 71:90 )	B	71 - 90
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 91:102 )	B	91 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 103:126 )	B	103 - 126
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 1:8 )	C	1 - 8
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 9:24 )	C	9 - 24
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 25:34 )	C	25 - 34
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 35:52 )	C	35 - 52
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 53:61 )	C	53 - 61
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 62:90 )	C	62 - 90
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 91:103 )	C	91 - 103
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN C AND RESID 104:125 )	C	104 - 125
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 1:8 )	D	1 - 8
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 9:14 )	D	9 - 14
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 15:24 )	D	15 - 24
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 25:43 )	D	25 - 43
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 44:70 )	D	44 - 70
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 71:102 )	D	71 - 102
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN D AND RESID 103:125 )	D	103 - 125
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN E AND RESID 1:31 )	E	1 - 31
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN E AND RESID 32:70 )	E	32 - 70
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN E AND RESID 71:125 )	E	71 - 125
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN F AND RESID 1:7 )	F	1 - 7
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN F AND RESID 8:33 )	F	8 - 33
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN F AND RESID 34:43 )	F	34 - 43
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN F AND RESID 44:125 )	F	44 - 125
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN G AND RESID 1:24 )	G	1 - 24
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN G AND RESID 25:33 )	G	25 - 33
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN G AND RESID 34:52 )	G	34 - 52
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN G AND RESID 53:90 )	G	53 - 90
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN G AND RESID 91:102 )	G	91 - 102
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN G AND RESID 103:126 )	G	103 - 126
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN H AND RESID 1:7 )	H	1 - 7
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN H AND RESID 8:14 )	H	8 - 14
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN H AND RESID 15:24 )	H	15 - 24
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN H AND RESID 25:33 )	H	25 - 33
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN H AND RESID 34:52 )	H	34 - 52
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN H AND RESID 53:61 )	H	53 - 61
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN H AND RESID 62:70 )	H	62 - 70
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN H AND RESID 71:83 )	H	71 - 83
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN H AND RESID 84:93 )	H	84 - 93
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN H AND RESID 94:102 )	H	94 - 102
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN H AND RESID 103:125 )	H	103 - 125
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN I AND RESID 1:14 )	I	1 - 14
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN I AND RESID 15:61 )	I	15 - 61
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN I AND RESID 62:102 )	I	62 - 102
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN I AND RESID 103:126 )	I	103 - 126
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN J AND RESID 1:14 )	J	1 - 14
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN J AND RESID 15:33 )	J	15 - 33
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN J AND RESID 34:43 )	J	34 - 43
59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN J AND RESID 44:61 )	J	44 - 61
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN J AND RESID 62:70 )	J	62 - 70
61	X-RAY DIFFRACTION	61	( CHAIN J AND RESID 71:83 )	J	71 - 83
62	X-RAY DIFFRACTION	62	( CHAIN J AND RESID 84:102 )	J	84 - 102
63	X-RAY DIFFRACTION	63	( CHAIN J AND RESID 103:125 )	J	103 - 125
64	X-RAY DIFFRACTION	64	( CHAIN K AND RESID 1:7 )	K	1 - 7
65	X-RAY DIFFRACTION	65	( CHAIN K AND RESID 8:14 )	K	8 - 14
66	X-RAY DIFFRACTION	66	( CHAIN K AND RESID 15:33 )	K	15 - 33
67	X-RAY DIFFRACTION	67	( CHAIN K AND RESID 34:43 )	K	34 - 43
68	X-RAY DIFFRACTION	68	( CHAIN K AND RESID 44:70 )	K	44 - 70
69	X-RAY DIFFRACTION	69	( CHAIN K AND RESID 71:126 )	K	71 - 126
70	X-RAY DIFFRACTION	70	( CHAIN L AND RESID 1:7 )	L	1 - 7
71	X-RAY DIFFRACTION	71	( CHAIN L AND RESID 8:14 )	L	8 - 14
72	X-RAY DIFFRACTION	72	( CHAIN L AND RESID 15:24 )	L	15 - 24
73	X-RAY DIFFRACTION	73	( CHAIN L AND RESID 25:33 )	L	25 - 33
74	X-RAY DIFFRACTION	74	( CHAIN L AND RESID 34:43 )	L	34 - 43
75	X-RAY DIFFRACTION	75	( CHAIN L AND RESID 44:70 )	L	44 - 70
76	X-RAY DIFFRACTION	76	( CHAIN L AND RESID 71:83 )	L	71 - 83
77	X-RAY DIFFRACTION	77	( CHAIN L AND RESID 84:102 )	L	84 - 102
78	X-RAY DIFFRACTION	78	( CHAIN L AND RESID 103:125 )	L	103 - 125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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